pubmed检索教程PPT课件

2020/6/13,.,1,美国医学文献数据库,2013.4,2020/6/13,.,2,一、数据库概况,（一）编制单位：美国国立医学图书馆(NLM)（二）收录学科内容：主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。,2020/6/13,.,3,一、数据库概况,（三）文献来源：70多个国家和地区；近5000种生物医学期刊美国卫生研究院文献选择技术评估委员会LiteratureSelectionTechnicalReviewCommittee(LSTRC)评估挑选NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。近年数据涉及37种语种，回溯至1949年的数据涉及60种语种。47%为美国本土出版文献，90%为英文文献，79%的文献有文摘。（以上由2009年7月数据库提供）,2020/6/13,.,4,二、MEDLINE的检索平台,广域网免费平台：NCBI-PubMed（含非MEDLINE数据）,2020/6/13,.,5,二、MEDLINE的检索平台,校园网内可用平台（IP控制）OvidSPWebofKnowledgeEBSCOOCLCFirstSearch,2020/6/13,.,6,校园网内可用平台的Medline,2020/6/13,.,7,PubMed数据库,,2020/6/13,.,8,一、PubMed简介,开发机构：NCBI（美国国立生物技术信息中心）任务:利用计算机信息处理技术，建立分子生物学、生物化学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关先进方法的研究。促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。,2020/6/13,.,9,NCBI网站,2020/6/13,.,10,NCBI提供的数据库,检索大分子生物学数据获取GenBank,EMBL等数据库的核酸序列；获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列，从核酸序列翻译到蛋白质的序列；获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数据及大分子模式（MMDB）等其他生物信息数据库检索。PubMed等文献数据。,2020/6/13,.,11,（二）PubMed的特点,广域网免费提供题录和文摘提供与原文的网址链接(部分免费获取）提供检索词智能转换匹配界面简洁，操作简便(须IE7.0以上版本),2020/6/13,.,12,（三）PubMed收录数据,MEDLINEIndexed1966toprensent的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，每条记录标有：PubMed-indexedforMEDLINEOldMEDLINE1949-1965年间的MEDLINE数据，无MeSH字段和摘要，每条记录标有：PubMed-OLDMEDLINEforPre1966,2020/6/13,.,13,（三）PubMed收录数据,MEDLINEInprocess最新的MEDLINE处理中数据，未标引，无MeSH字段。每条记录标有：PubMed-inprocess。Publisher-Supplied出版商提供的电子文献题录，每条记录标有:PubMed-assuppliedbypublisher，分为两类：MEDLINE收录，逐步转为InProcess,Indexed状态。NotMEDLINE：PubMed收录，MEDLINE不收录，一直标注PubMed-assuppliedbypublisher或PubMed,2020/6/13,.,14,二、PubMed的检索功能,基本检索输入框,高级检索,检索指南,检索工具：特定文献检索临床查询专题查询,其他资源：规范词数据库期刊数据库临床试验等,个人空间,2020/6/13,.,15,检索栏可输入一个或多个检索词（系统默认空格为AND检索）如：strokethrombolysis（中风与溶栓）,三、PubMed基本检索规则,2020/6/13,.,16,检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写）如：asthmaAND(therapyORtreatment)字段限定符：，空格按词组匹配试比较：strokeANDthrombolysististrokethrombolysististroketiANDthrombolysististroketithrombolysisti,三、PubMed基本检索规则,2020/6/13,.,17,著者检索：姓全称在前，名首字母在后，au。如:smithabau“paulsene”au思考题：中国学者的名字该如何转换呢？如：闻玉梅卢正宏,三、PubMed基本检索规则,2020/6/13,.,18,刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写,so如：JournalofinvestigativedermatologysoJinvestdermatolso,三、PubMed基本检索规则,输入刊名检索发表在该刊上的文献（限定出处字段SO）,2020/6/13,.,19,PubMed记录字段说明,文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期,2020/6/13,.,20,电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称,2020/6/13,.,21,最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号,2020/6/13,.,22,作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子）参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码标准期刊缩写文献标题翻译标题更新文献文献正在更新期刊卷号,2020/6/13,.,23,三、PubMed基本检索规则,截词检索：treat*可检出：treat,treated,treatment.强迫短语检索：“”，不进行自动转换匹配和扩展检索如：“acutelowbackpain”“ang1”（血管紧张素1缩写）检出1085篇比较：ang1检出9956篇，误检多，其中有：,2020/6/13,.,24,2020/6/13,.,25,三、PubMed基本检索规则,自动转换匹配检索词：对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记录字段中匹配。如：livercancerliverneoplasmsMeSHTermsOR(liverAllFieldsANDneoplasmsAllFields)ORliverneoplasmsAllFieldsOR(liverAllFieldsANDcancerAllFields)ORlivercancerAllFields,2020/6/13,.,26,结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换的检索词,2020/6/13,.,27,四、PubMed检索限制,PubMed可以针对检索结果作进一步的限制,2020/6/13,.,28,Articletypes文献类型限定Textavailability全文、免费全文、摘要限定Publicationdates出版日期限定Species研究对象人/动物限定Languages语种限定Sex性别限定Subjects各主题领域限定Journalcategories各种专题子数据库限定Ages年龄限定Searchfields字段限定,2020/6/13,.,29,五、PubMed高级检索,一个网页中集多种功能于一体,其他检索资源,检索历史,检索式编制,检索词索引,基本检索,2020/6/13,.,30,SearchBuilder（检索式编制）：检索框中只能输入检索词，不能输入检索式。多个字段检索要分多次输入。SearchHistory（检索历史）：检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。可组配检索式，如：#1OR#2，#1ANDchild点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。,五、PubMed高级检索,2020/6/13,.,31,六、PubMed其他资源,1.MeshDatabase（规范化医学主题词表）功能：确定规范化主题词查看主题词词义注释、树状结构表选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词进入途径：MeSHDatabase链接：PubMed主页，AdvancedSearch界面MeSH选项：基本检索框前Search下拉菜单的,.,32,文章A著者用词：Livercancer规范主题词MeSH：Liverneoplasms,词表中：livercancerSeeliverneoplasms,（2）医学主题词表（MeSH）,用规范词查找“肝肿瘤”的文献,文章B著者用词：Livertumor规范主题词MeSH：Liverneoplasms,2020/6/13,.,33,进入MeSH,.,34,MeSH注释界面,.,35,MeSH详细注释界面,2020/6/13,.,36,MeSH词检索,例1：检索2009-2013年关于舌根癌治疗的文献。课题分析：舌根癌的不同表达形式（OR）：tonguebasecancer、cancer/carcinoma/tumoroftonguebase、cancerofthebaseoftongue治疗的不同表达形式（OR）：therapy/treat/treatment,surgery,radiotherapy两个概念之间：舌根癌AND治疗,.,37,输入检索词，查找规范词,未匹配到规范词,改用上级概念“舌癌”匹配,2020/6/13,.,38,输入自由词，查找规范词,规范词,同义词,副主题词,规范词隶属关系树,2020/6/13,.,39,选择副主题词,建构检索语句,限定检索主要主题词，只查重点论述的文献,2020/6/13,.,40,输入舌根的自由词检索式，进行AND运算。,2020/6/13,.,41,初步结果，未限定年份,2020/6/13,.,42,设定的限制,2020/6/13,.,43,自由词检索最新文献,输入(tonguetiANDbasetiAND(cancertiORcarcinomatiORtumorti)AND(therapyORtreatORsurgeryORradiotherap*ORrehabilitat*),加工中，无MeSH词,2020/6/13,.,44,合并两次检索结果,2020/6/13,.,45,文献归类功能,Abstract格式提供全文链接、规范词等信息,排序方式选择,免费全文链接,点击标题显示文摘增强格式,2020/6/13,.,46,文摘增强格式,相关论文,MeSH词、物质名、文献类型等信息,LinkOut外部资源链接,全文链接，我校订购的数据库可链全文，需在校园网内设免费代理,相关的网上免费医学指南信息,全文链接,2020/6/13,.,47,2020/6/13,.,48,输出方式选择,2020/6/13,.,49,八.输出方式选择（sendto）,File：保存检索结果为文本文件Clipboard剪贴板，多次检索，可暂存每次检索需下载的记录，最后一起保存。最多允许存储500条，保留8小时。Email:通过邮件发送Collections：将检索结果存到MyNCBI中Order：全文传递服务，需帐号、收费。,2020/6/13,.,50,订阅最新结果,点击后点“XML”按钮,2020/6/13,.,51,需IE7.0以上版本,2020/6/13,.,52,定期点击链接，接收课题最新相关论文,2020/6/13,.,53,MeSH词检索,例2：用MeSH检索2003-09年期间关于霉酚酸酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。课题分析：匹配物质名称：mycophenolatemofetil匹配主题词：renalfailure,treatmenteffect（AND）匹配副主题词：drugtherapy,surgery,therapy,rehabilitation,.,54,药物名称MeSH检索,2020/6/13,.,55,疾病概念MeSH检索,.,56,.,57,疗效观察MeSH检索,.,58,.,59,MeSH检索的优点,查全同义词:如：renal/kidneyinsufficiency;tonguecancer/tumor查全子概念:如：acutekidneyinjury;ATN;chronickidneyinsufficiency;,.,60,查全子概念：自动扩展检索下位词,勾选后不扩展下位词,树形结构,上位词,MeSH检索的优点,查全同义词,2020/6/13,.,61,MeSH检索的优点,根据树形结构调整检索词缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词；扩大：选用上位词，或选用多个同位词；了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考,款目词：规范词所替代的不同表达形式的自由词,2020/6/13,.,62,MeSH检索的优点,提高文献相关度标有MeSH词的都是文章的主题，筛去非主题的文章MajorTopicHeadings（加权，重点论述的主题）,带*的是文献重点论述的主题,2020/6/13,.,63,MeSH检索的缺陷,人工标引费时，最新论文还未标MeSH词（InProcess），用MeSH会漏检。Medline不收录的文献，Suppliedbypublisher的文献，不标MeSH词。新词、一些很专指的概念没有对应的规范词。如：SARS（03年词表中没有），舌根癌查上述类型的文献需结合自由词检索,2020/6/13,.,64,九、PubMed其他资源,2.JournalinNCBIDatabase（期刊信息库）通过输入刊名全称或缩写、ISSN号等浏览期刊出版社等详细信息。提供期刊：在PMC中的免费全文链接在Nucleotide，Protein，Pubmed等库中的记录链接。相关的其他期刊,.,65,输入待检期刊名,期刊详细信息,全文等链接,2020/6/13,.,66,十、PMC(PubMedCentral),生命科学免费期刊资源中心免费提供900多种期刊的10多万篇全文其中部分文献被PubMed涵盖,2020/6/13,.,67,进入PubMedCentral,下拉主页滚动条至底,2020/6/13,.,68,PMC首页进入高级检索,2020/6/13,.,69,查找肾衰竭的药物疗法,2020/6/13,复旦大学图书馆文献检索教研室,69,全文链接,.,70,GoPubmed文献分析,2020/6/13,.,71,GoPubmedPubMed文献分析工具,GoPubMed是德国Transinsight公司和德国德累斯顿大学合作开发，对PubMed检索结果进行筛选、分析的工具。智能搜索、交互式筛选找出重要论文。,.,72,为什么GoPubMed有如此大的功能？,包括生物医学所有概念及其语义关系,.,73,GoPubMed可以告诉我们4W,What,Who,Where,When,.,74,.,75,自动显示备选主题词鼠标移动至主题词可显示注解、同义词等,.,76,统计,顶尖作者,.,77,案例分析,H1N1流感的研究进展利用GoPubMed查找相关文献，并了