第一原理计算形成焓的快速如门法

1、形成焓 计算 快速入门法1.安装 secure Shell Client2.添加IP地址在属性上点击高级选项。在高级选项对话框添加一个IP地址注意添加的IP地址不要和其他人的IP地址发生冲突。3.连接服务器点击桌面上的SSH快捷方式点击弹出来的界面Quick Connect在弹出来的方框中输入相应的Host name Uers name密码：111111大家不要去改密码。4.在服务器上建立自己相应的目录使用mkdir命令建立自己的目录5.进入自己建立的目录。使用cd命令进入刚刚建立的目录。6.准备输入文件及PBS文件红色方框中的文件代表基本输入文件，这些文件名是固定的，不能改变。在红色方框下面

2、得文件vasp.pbs文件是运行vasp软件的任务PBS文件。文件名可以随意改变文件名，可以使用mv命令。如： mv vasp.pbs pengyibiao.pbs查看当前目录下的文件使用ll 或者ls命令。7.怎么取准备相应的输入文件和任务提交PBS文件使用vi命令建立新的文件：在键盘上敲入i开始编辑文件按ESC键退出编辑状态 使用shift加：符号，确定是否保存，如保存输入wq，然后敲回车键。如不需要保存输入去q!, 如果对文件没有任何改动输入q就可以了注意：使用cat命令直接查看文件内容。8.各个文件的内容INCARKPOINTSPOSCAR任务提交PBS文件其中蓝色线条所指的部分可以根

3、据计算任务的大小进行修改。示列：#PBS -l nodes=1:ppn=2可以修改为：#PBS -l nodes=2:ppn=1#PBS -l nodes=3:ppn=2#PBS -l nodes=1:ppn=5#PBS -l nodes=2:ppn=4 等等其余部分不要修改。KPIONTS文件在这里只需修改红线和蓝线部分的内容即可。蓝线部分只有两种选择，即M和G。对于hcp结构，采用G。红线部分，有三个数字，分别对应POSCAR文件中的晶格常数，这三个数与这三个数与POSCAR中的晶格常数的倒数成正比中的晶格常数的倒数成正比。当然不可能完全成正比，在尽量保持比列关系的条件下，取偶数。如10

4、8 6等。这三个数不要取得太大，也不能取得太小。太大计算时间就很长了，太小精度够。如果采用G，使用奇数。通常使用MINCAR 文件INCAR文件是最重要的文件，里面有很多参数根据不同的计算需要进行相应的修改大致可以分为两种情况，静态计算，弛豫计算。弛豫计算静态计算POSCAR 文件文件说明，随意比列系数a轴方向b轴方向c轴方向这构成了相应化合物的晶体结构的a b c三个轴，及相应的夹角。 具体元素的个数，这要和POTCAR文件中元素对应4个A原子的坐标3个B原子的坐标采用的是分数坐标还是c坐标建议使用分数坐标，用direct怎么提取一个化合物的结构，从ICSD找到相应化合物的结构，以cif格式

5、保存，然后用vesta软件打开，导出p1文件。在p1文件中会有具体的晶格参数和分数坐标。POTCAR 文件POTCAR 文件指赝势文件，是由各个基本元素的赝势文件组合而成的。要和POSCAR中的元素顺序一一对应，文件很大。但不要自己去产生，只要去进行组合即可。使用grep命令查看POTCAR文件grep VRHFIN = POTCARgrep LEXCH = POTCARgrep TITEL = POTCARgrep ENMAX = POTCAR指出POTCAR文件元素的顺序91PAW最大最小的截断能为多少在这里要注意使用GGA 还是PBE-GGA， 这里给出的只是GGA。POTCAR-PBE

6、如果使用PBE-GGA，使用grep查看的结果是：如果使用GGA，使用grep查看的结果是：这就是使用PBE-GGA和GGA之间的区别，还有LDA，在这里就省略了。建议使用PBE-GGA赝势。在这里Examine 是用来检查的，它包含了几个grep命令的组合。因此使用Examine来检查POTCAR文件。产生POTCAR这里有个一小的linux脚本文件，可以用来产生POTCAR文件：只要修改红线部分中的元素就可以了，中间以空格隔开。如何执行这个文件如产生POTCAR？其中红线部分是文件名，sh是命令。当生成POTCAR文件之后，最好用Examine去检查下POTCAR文件及POSCAR文件，看

7、两个文件的元素是否一一对应。以及使用的是GGA还是PBE-GGA当所有文件准备好之后，查看你所要计算的任务所占内存的大小用makeparam 然后根据使用的内存大小确定需要的cpu个数。生成文件其中红色方框中的文件为输出文件而蓝色线条所指的文件为我们是要关心的输出文件。CONTCAR文件用于静态计算中，要把CONTCAR拷贝成POSCAR文件, 采用cp命令。cp CONTCAR POSCAR就把CONTCAR文件拷贝成POSCAR文件了 OSZICAR文件是以个含能量的文件。在这里CHG CHGCAR WAVECAR文件很大，在最终计算完成之后，要把这三个文件删掉。采用rm命令rm CHGC

8、AR CHG WAVECAROSZICAR文件读取蓝线下面这个数据作为计算出来的总能。注意这个能量还要除以总的原子个数，然和得到一个平均原子的能量。通常要计算一个化合物的形成焓，要计算这个化合物的总能同时也要计算组成这个化合物相应元素的总能。而元素的结构就是稳定存在时的能量。然后根据相应的公式进行相减就可以了。具体计算1一般需要分成两步计算，弛豫计算和静态计算。首先进行弛豫计算，然后在把生成的CONTCAR文件拷贝成POSCAR文件不同计算的时候，使用不同的INCAR文件。在做任何计算之前，要做好文件备份，以备最后检查。具体计算233()() 3()()21.858630 3 ( 5.4596089)3.697342135=-1.782461165eVordeqeqeqfHNi AlENi AlENiEAl 这里有三个数值时从vasp计算结果中取出来的。第一个数据时Ni3Al的总能，后面两个分别是Ni和Al的总能。所有的总能要除以POSCAR文件中的原子总数。这些总能都是从OSZICAR文件中读取出来的