ChemD常用功能使用教程实用教案

1、1Chem3D起始(q sh)界面第1页/共106页第一页，共107页。2主界面(jimin)Chem3D起始(q sh)界面第2页/共106页第二页，共107页。3工具栏模型(mxng)窗口模型(mxng)类型三维视图(sht)ChemDraw切换图标工具栏模型数据窗口扩大（缩小）窗口消息窗口状态栏第3页/共106页第三页，共107页。4选择(xunz)轨迹球单键(dn jin)双键(shun jin)三键虚键文本橡皮大小调整第4页/共106页第四页，共107页。5显示(xinsh)设置第5页/共106页第五页，共107页。6视频(shpn)设置模型(mxng)显示设置立体(lt)显示弹出信

2、息配体显示结构显示原子标记原子显示色彩选项第6页/共106页第六页，共107页。7显示设置(shzh)属性Model Type线状模型(mxng)棒状模型(mxng)球棍模型圆柱键模型比例模型第7页/共106页第七页，共107页。8带状模型(mxng)第8页/共106页第八页，共107页。9View/Setting/Model Dispaly 菜单菜单(ci dn)或或F6键：五种键：五种Wire FrameSticksBall-SticksCylindrical BondsSpace Filling 第9页/共106页第九页，共107页。10带状模型(mxng)常用于生物分子第10页/共10

3、6页第十页，共107页。11代表用红蓝两种色彩(sci)的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型的部分按观察者的角度(jiod)不同着色代表显示两个(lin )立体结构完全相同的模型代表模拟现实的角度观察模型，使模型更接近真实代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示，这样模型的立体感更强。第11页/共106页第十一页，共107页。12第12页/共106页第十二页，共107页。13选择【单键】工具，在模型(mxng)窗口向右按动圆柱(yunzh)键模型1. 利用(lyng)键工具建立模型建立3D模型第13页/共106页第十三页，共107页。14线状模型(mxng)第14页/共106页第十四

4、页，共107页。15棒状模型(mxng)第15页/共106页第十五页，共107页。16球棍模型(mxng)第16页/共106页第十六页，共107页。17比例(bl)模型第17页/共106页第十七页，共107页。18选择(xunz)【轨迹球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y轴旋转 X、Y轴旋转(xunzhun)指示第18页/共106页第十八页，共107页。19选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型(mxng)在模型(mxng)窗口沿Z轴旋转 Z轴旋转(xunzhun)指示第19页/共106页第十九页，共107页。20模型结构(jigu)信息 光标位于原子上，自动显示(xinsh)原子信

5、息第20页/共106页第二十页，共107页。21工具栏显示原子的符号(fho)和标号第21页/共106页第二十一页，共107页。22光标位于键上，自动显示(xinsh)键信息模型(mxng)结构信息 第22页/共106页第二十二页，共107页。23模型(mxng)的进一步信息 显示(xinsh)键长变化显示键角(jin jio)变化显示二面角显示所有没有相邻的原子的距离第23页/共106页第二十三页，共107页。24模型(mxng)的键长数据 第24页/共106页第二十四页，共107页。25模型的键长和键角(jin jio)数据 第25页/共106页第二十五页，共107页。26乙烯模型(mxn

6、g)中的双键信息 第26页/共106页第二十六页，共107页。27键级改动(gidng) 第27页/共106页第二十七页，共107页。28显示(xinsh)氢及孤对电子 第28页/共106页第二十八页，共107页。29不显示(xinsh)氢及孤对电子的环己烷原子(yunz)名称及序数第29页/共106页第二十九页，共107页。30选择(xunz)工具，双击原子，按顺序改变原子序号第30页/共106页第三十页，共107页。31隐藏或显示(xinsh)其它原子居中(jzhng)移动到色彩调节显示元素符号显示元素编号显示实心球显示点阵表面调整键长破坏键调整键级就近结合(jih)添加质心颠倒调整矩阵隐

7、藏所选部分隐藏非选部分显示所有原子显示邻近原子显示背面定义基团第31页/共106页第三十一页，共107页。32利用【键】工具(gngj)建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】第32页/共106页第三十二页，共107页。33环己烷的椅式构象(u xin)第33页/共106页第三十三页，共107页。34使用(shyng)【文本】工具输入结构式2. 利用(lyng)文本工具建立模型第34页/共106页第三十四页，共107页。35按【Enter】自动(zdng)转化为模型第35页/共106页第三十五页，共107页。36括号(kuho)表示支链第36页/共106页第三十六页，共107页。37第

8、37页/共106页第三十七页，共107页。38整理(zhngl)结构第38页/共106页第三十八页，共107页。39简单(jindn)优化观察分子变化第39页/共106页第三十九页，共107页。404-甲基-2-戊醇模型(mxng)第40页/共106页第四十页，共107页。41建立(jinl)1，2-双甲基环戊烷模型第41页/共106页第四十一页，共107页。42第42页/共106页第四十二页，共107页。43整理(zhngl)结构第43页/共106页第四十三页，共107页。44建立(jinl)Ibuprofen(布洛芬)模型H3CCHCH3CH2CHCOOHCH3第44页/共106页第四十四

9、页，共107页。45第45页/共106页第四十五页，共107页。46建立(jinl)十肽菌素模型第46页/共106页第四十六页，共107页。47第47页/共106页第四十七页，共107页。48建立十二(sh r)丙氨酸醇分子模型第48页/共106页第四十八页，共107页。49第49页/共106页第四十九页，共107页。50改变(gibin)显示方式模型类型(lixng)窗口：第50页/共106页第五十页，共107页。51设为线状模型(mxng)第51页/共106页第五十一页，共107页。52第52页/共106页第五十二页，共107页。53设为带状模型(mxng)第53页/共106页第五十三页，

10、共107页。54a-螺旋(luxun)模型第54页/共106页第五十四页，共107页。55使用子结构建立(jinl)模型3. 利用(lyng)子结构建立模型第55页/共106页第五十五页，共107页。56子结构模型库第56页/共106页第五十六页，共107页。57选择(xunz)所需的子结构，然后复制第57页/共106页第五十七页，共107页。58粘贴复制(fzh)结果第58页/共106页第五十八页，共107页。59在子结构上进行(jnxng)编辑第59页/共106页第五十九页，共107页。604. 使用模板(mbn)建立模型第60页/共106页第六十页，共107页。61第61页/共106页第

11、六十一页，共107页。62ChemDraw中画出的分子结构(fn z ji u)复制粘贴到Chem3D中5. ChemDraw和Chem3D信息(xnx)转换第62页/共106页第六十二页，共107页。63Chem3D中画出的分子(fnz)模型复制粘贴到ChemDraw中第63页/共106页第六十三页，共107页。64（1）查找原子的范德瓦尔斯半径 【View】【Atom 】窗口，找到各种元素(yun s)在不同环境的半径计算(j sun)功能演示第64页/共106页第六十四页，共107页。65第65页/共106页第六十五页，共107页。66第66页/共106页第六十六页，共107页。67（2

12、）观察分子的大小建立苯模型。执行【View】【Connolly Molecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动(hudng)到右边，其值为100 第67页/共106页第六十七页，共107页。68第68页/共106页第六十八页，共107页。69第69页/共106页第六十九页，共107页。70第70页/共106页第七十页，共107页。71第71页/共106页第七十一页，共107页。72View/Solvent Accessible 菜单菜单甲苯甲苯(ji bn)结构结构 第72页/共106页第七十二页，共107页。73（3）计算(

13、 j sun)分子体积建立苯模型。执行【Analyze】【Compute Properties】在【Available Properties】选框中双击【Connolly Solvent-Excluded Volume SVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【Selected Properties】框中。单击ok， 第73页/共106页第七十三页，共107页。74第74页/共106页第七十四页，共107页。75第75页/共106页第七十五页，共107页。76第76页/共106页第七十六页，共107页。77第77页/共106页第七十七页，共107页。78第78页/共106页第七十八页，

14、共107页。79(4) 检查结构(jigu)能量第79页/共106页第七十九页，共107页。80模型(mxng)旋转对位(du wi)交叉第80页/共106页第八十页，共107页。81总能量(nngling)计算第81页/共106页第八十一页，共107页。82空间(kngjin)位阻能：计算结果第82页/共106页第八十二页，共107页。83模型(mxng)的二面角数据第83页/共106页第八十三页，共107页。84数据(shj)与模型对应第84页/共106页第八十四页，共107页。85显示(xinsh)原子符号及序号第85页/共106页第八十五页，共107页。86按动旋转(xunzhun)数

15、据相应(xingyng)改变第86页/共106页第八十六页，共107页。87(5) 分子(fnz)轨道(HOMO及LUMO)首先用双键(shun jin)画出乙烯分子第87页/共106页第八十七页，共107页。88显示轨道(gudo)时必须选择第88页/共106页第八十八页，共107页。89选择(xunz)分子轨道第89页/共106页第八十九页，共107页。90选择(xunz)HOMO轨道HOMO轨道(gudo)显示轨道(gudo)选项HOMO和LUMO各6个能量随所选轨道不同而不同实心显示（丝网显示圆点显示半透明显示）第90页/共106页第九十页，共107页。91乙烯分子(fnz)的HOMO

16、轨道第91页/共106页第九十一页，共107页。92选择(xunz)LUMO轨道LUMO轨道(gudo)显示第92页/共106页第九十二页，共107页。93乙烯(y x)分子的LUMO轨道第93页/共106页第九十三页，共107页。94第94页/共106页第九十四页，共107页。95第95页/共106页第九十五页，共107页。96第96页/共106页第九十六页，共107页。97第97页/共106页第九十七页，共107页。98第98页/共106页第九十八页，共107页。99第99页/共106页第九十九页，共107页。100第100页/共106页第一百页，共107页。101从头算程序从头算程序(c

17、hngx)：Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序需另外安装这两个程序(chngx)。半经验或分子力学计算半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3)计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析第101页/共106页第一百零一页，共107页。102 模型的输入和输出：以NaCl晶体为例： 【File】【Template】选择【NaCl Crystal.C3T】选择以【Space filling】显示模型。可保存多种格式，默认格式.c3t。可存为jpg等。 还有动画显示功能(gngnng)，可让其绕x轴、y轴、z轴转动，这样可以从不同角度显示结构，更具立体感。【Analyze】【Spin About Y Axis】，可通过左下角调整框放大、缩小、播放、暂停、录制等，还可存成 Windows AVI Movie（*.avi）格式。第102页/共106页第一百零二页，共107页。103第103页/共106页第一百零三页，共107页。104放大(fngd)、缩小播放(b fn)、暂停、录制滑动(hudng)块第104页/共106页第一百零四页，共107页。105第105页/共106页第一百零五页，共107页。106感谢您的观