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文档简介

1、第三章第三章化学办公软件化学办公软件ChemOfficeChemOffice 分子式和结构式是化学家的语言,这类分子式和结构式是化学家的语言,这类特殊的数据需要专门软件来处理。目前已经特殊的数据需要专门软件来处理。目前已经有了许多化学结构式编辑的软件,其功能主有了许多化学结构式编辑的软件,其功能主要是绘制化合物的结构式化学反应方程式,要是绘制化合物的结构式化学反应方程式,化工流程图、简单的实验装置图等化学常用化工流程图、简单的实验装置图等化学常用的平面图形。使用比较广泛的主要有:的平面图形。使用比较广泛的主要有:Chem Sketch 该软件事该软件事ACD公司开发的功能强大、安公司开发的功能

2、强大、安装简便、小巧灵活的化学绘图软件,其装简便、小巧灵活的化学绘图软件,其免费版本可在该公司网站:免费版本可在该公司网站:http:/下载(部分功下载(部分功能应用受限)能应用受限)绘制平面(绘制平面(2D)和立体()和立体(3D)化学结构式、)化学结构式、反应式和化学图形;反应式和化学图形;绘图功能十分强大,具有丰富的化学图形绘制绘图功能十分强大,具有丰富的化学图形绘制工具和各中化学符号;工具和各中化学符号;内置各种模板工具栏;内置各种模板工具栏;可把平面结构转换为立体图形;可把平面结构转换为立体图形;预测分子结构的一些基本参数、自动命名、提预测分子结构的一些基本参数、自动命名、提供同分异

3、构体等。供同分异构体等。功能和特点:功能和特点:ISIS/Draw 由由MDL Information Systems Inc.公司开发,公司开发,以其强大的功能及与以其强大的功能及与Office套件极佳的兼容性套件极佳的兼容性而在国内化学界广泛流行。该软件为自由软而在国内化学界广泛流行。该软件为自由软件,无需注册,无使用期限。件,无需注册,无使用期限。 http:/ 绘制各种化学分子结构式、化学反应方程绘制各种化学分子结构式、化学反应方程式以及工艺流程图等化学专业图形式以及工艺流程图等化学专业图形 以用户为主导,具有友好的操作界面以用户为主导,具有友好的操作界面 丰富完备的模板及画图工具丰富

4、完备的模板及画图工具功能和特点:功能和特点:ChemWindow 绘制化学图形、化学实验装置、化工工艺绘制化学图形、化学实验装置、化工工艺流程图等流程图等 化学工作者在教学和科研中的有力助手化学工作者在教学和科研中的有力助手 http:/ 编辑化学方程式、制作反应过程关系图、绘制编辑化学方程式、制作反应过程关系图、绘制化学实验装置图、绘制化工工艺流程图化学实验装置图、绘制化工工艺流程图 提供各类化工设备的图形模板库提供各类化工设备的图形模板库 与光谱很好的结合,谱图库庞大,可根据化合与光谱很好的结合,谱图库庞大,可根据化合物的结构式预测物的结构式预测13C-NMR化学位移、红外图谱、化学位移、

5、红外图谱、质谱等,可读入标准格式的质谱等,可读入标准格式的NMR、IR、Roman、UV及色谱图。及色谱图。功能和特点:功能和特点:ChemOffice ChemOffice是世界上最优秀的化学软件,集强是世界上最优秀的化学软件,集强大的应用功能于一身,其结构绘图是国内外重要大的应用功能于一身,其结构绘图是国内外重要论文期刊制定的格式。化学工作者可以用论文期刊制定的格式。化学工作者可以用Chem Office去完成自己的想法,与同行交流化学结构、去完成自己的想法,与同行交流化学结构、模型和相关信息。是化学工作者的必备软件。模型和相关信息。是化学工作者的必备软件。ChemOffice的安装的安装

6、 运行运行Install.exe文件文件 根据提示输入下列信息:根据提示输入下列信息: Name: FCNiSO email: FCNFCN.COM Serial: 011-256104-7199 选择选择“Activate Later”(稍后激活),开始安(稍后激活),开始安装。装。 安装时,仅选择安装时,仅选择ChemOffice2008安装。安装。 安装结束后,从安装结束后,从crack文件夹中运行文件夹中运行crack.reg文件。文件。 从从Crack文件夹中复制文件文件夹中复制文件RegCodeCom11. dll 至安装文件夹中,其路径为:至安装文件夹中,其路径为: C:Prog

7、ramFilesCambridgeSoft Chem Office2008CommonDLLs 安装结束,可以运行文件。安装结束,可以运行文件。 注意:安装结束后有提示是否需要重启计算机,注意:安装结束后有提示是否需要重启计算机,选择选择NO。ChemOffice 构成构成 版本为版本为ChemOffice Ultra 2008版。主要包含如版。主要包含如下软件和组成:下软件和组成: ChemDraw Ultra 11.0:化学结构绘图。:化学结构绘图。 Chem3D Ultra 11.0:分子模型及仿真。:分子模型及仿真。 ChemFinder Ultra 11.0:化学信息搜寻整合系:化学

8、信息搜寻整合系统统 E-Notebook 11.0:整理化学信息、文件和数据,:整理化学信息、文件和数据,并从中取得所要的结果。并从中取得所要的结果。3.1 ChemBioDraw ChemDraw是是ChemOffice中使用最为频繁的组中使用最为频繁的组件,是国际上绝大多数杂志指定的论文排版软件,件,是国际上绝大多数杂志指定的论文排版软件,为不同的杂志备有不同的模板,应用最为广泛。为不同的杂志备有不同的模板,应用最为广泛。 其理念是其理念是“化学家能懂的,化学家能懂的,ChemDraw也应该也应该懂懂”。 丰富的绘图元件、能够绘制和编辑高质量的化学结丰富的绘图元件、能够绘制和编辑高质量的化

9、学结构图,识别和显示立体结构,具有化学结构式与化构图,识别和显示立体结构,具有化学结构式与化学名称相互转换的功能;学名称相互转换的功能; 内建内建NMR数据库,能够与数据库,能够与Excel数据兼容;数据兼容; 能够进行网络数据库进行检索;能够进行网络数据库进行检索; 预测分子的常见物理、化学性质;预测分子的常见物理、化学性质; 对结构按对结构按IUPAC原则命名;原则命名; 预测质子及预测质子及13C化学位移等。化学位移等。功能和特点:功能和特点: 加入了更多的生加入了更多的生物绘图元素,变为物绘图元素,变为ChemBioDraw新特性:新特性: 可定制的工具栏可定制的工具栏 可根据自己的工

10、作方式修改工具栏。可根据自己的工作方式修改工具栏。 化学绘图功能得到了增强化学绘图功能得到了增强 (1)增强的箭头种类)增强的箭头种类 (2)曲线工具:分为绘制曲线()曲线工具:分为绘制曲线(Draw Curve)和编辑曲线(和编辑曲线(Edit Curve)两个工具。允许徒手)两个工具。允许徒手画曲线,然后编辑曲线。可与填充和褪色功能画曲线,然后编辑曲线。可与填充和褪色功能(Filled and Faded)组合使用,更能与箭头工)组合使用,更能与箭头工具实现互换,在绘图中创建丰富多彩的图形。具实现互换,在绘图中创建丰富多彩的图形。 增加了对结构与性质关系的支持增加了对结构与性质关系的支持

11、(1)Struct=Name(结构(结构=命名)。系统对有确切化学命名)。系统对有确切化学意义的结构,用意义的结构,用IUPAC规则为结构命名;给出一个化合规则为结构命名;给出一个化合物名称,系统那个可将其展开为化学结构,是绘制结构物名称,系统那个可将其展开为化学结构,是绘制结构图更轻松。图更轻松。 (2)ChemNMR是是ChemBioDraw中又一非常实用的功中又一非常实用的功能,可用于估算或显示分子中的能,可用于估算或显示分子中的1H、13C的化学位移。的化学位移。 (3)可从分析()可从分析(Analysis)窗口或化学性质)窗口或化学性质(Chemical Properties)窗口

12、粘贴结构性质数据。)窗口粘贴结构性质数据。 增加了对新的生物绘图工具的支持增加了对新的生物绘图工具的支持 (1)在)在BioDraw工具栏中新增工具栏中新增tRNA工具和核糖工具和核糖核酸工具。核酸工具。 (2)新增了质粒图工具。)新增了质粒图工具。 (3)序列工具。可快速利用别名绘制氨基酸和)序列工具。可快速利用别名绘制氨基酸和核酸链,并对残基进行分别处理,如收缩、展开,核酸链,并对残基进行分别处理,如收缩、展开,改变其外观等。改变其外观等。 增加了对文件系统的支持增加了对文件系统的支持 (1)对)对SD文件支持。文件支持。SD文件是一种许多化学软文件是一种许多化学软件都通用的格式文件,可在

13、一个文件中包括许多件都通用的格式文件,可在一个文件中包括许多结构。结构。 (2)对数据库连接的支持。可及时与)对数据库连接的支持。可及时与Internet连连接并不断更新化学数据。接并不断更新化学数据。 (3)对)对Office2007的支持。可将结构图插入到的支持。可将结构图插入到Word文档、文档、Excel表单、表单、PPT演示文稿及演示文稿及FrontPage网页中。网页中。工具栏工具栏 除包括【除包括【File】、【】、【Edit】、【】、【View】、】、【Window】外,还有【】外,还有【object】(对象)、】(对象)、【Structure】(结构)、【】(结构)、【Tex

14、t】(文本)、】(文本)、【Curves】(曲线)、【】(曲线)、【Color】(颜色)等特】(颜色)等特有的菜单命令。有的菜单命令。 同时还有主工具栏、常用工具栏、对象工具栏、同时还有主工具栏、常用工具栏、对象工具栏、格式工具栏、生物工具栏等各类工具栏及其快捷格式工具栏、生物工具栏等各类工具栏及其快捷按钮。按钮。 3.1.1 3.1.1 主界面主界面选择单键多重键结构透视虚线键楔形键工具波浪键序列工具脂肪链环工具碎片工具擦除文文本本曲线箭头轨道基本绘图工具括号化学符号查询工具制表工具模板工具 选择工具:选择工具: 用于选择对象。用于选择对象。 单键工具:用于画出一个化学单键并设置键属性单键工

15、具:用于画出一个化学单键并设置键属性。 多重键工具:画多重键、配位键多重键工具:画多重键、配位键 并设置键属性。并设置键属性。 曲线工具:曲线工具: 徒手画预定义徒手画预定义 的箭头、轨道等形状的箭头、轨道等形状 基本绘图工具:基本绘图工具: 一些无化学一些无化学 意义的注解、方框或线。意义的注解、方框或线。 轨道工具:轨道工具: 画原子轨道,包含画原子轨道,包含 不同类型的原子轨道。不同类型的原子轨道。 查询工具:查询工具: 用于画立体标记、用于画立体标记、 进行原子反应映射、进行原子反应映射、 在查询结构中指明自由位点、在查询结构中指明自由位点、 指定原子间相互关系等。指定原子间相互关系等

16、。 化学符号工具:化学符号工具: 画具有化学意义画具有化学意义 的符号,如电荷、自由基及的符号,如电荷、自由基及 电子对等。电子对等。 括号工具:括号工具: 用于画各种括号。用于画各种括号。 箭头工具:箭头工具: 包含不同类型的箭头。包含不同类型的箭头。 模板工具:模板工具: 用于从模板中选择模型绘制结构提供用于从模板中选择模型绘制结构提供 了数十种模板。了数十种模板。 序列工具:序列工具: 含四类工具,用以创建含四类工具,用以创建 蛋白质、蛋白质、DNADNA、RNARNA序列。序列。 碎片工具:碎片工具: 包含三种工具:包含三种工具: 碎片工具碎片工具 :破坏指定化学键,使分子成为两部分。

17、:破坏指定化学键,使分子成为两部分。 离解工具离解工具 :破坏化学键画出一个离解反应。:破坏化学键画出一个离解反应。 合成工具合成工具 :破坏化学键画出一个逆向合成反应。:破坏化学键画出一个逆向合成反应。 环工具:画环状结构。环工具:画环状结构。 楔形键工具:楔形键工具: 画楔形键。画楔形键。 制表工具:制表工具: 用于多重网格制表。其中用于多重网格制表。其中 薄层色谱板(薄层色谱板(TLCTLC)可以画出)可以画出 多条道的多条道的TLCTLC图,可以方便地调整图,可以方便地调整 溶剂的前沿、斑点的位置和颜色。溶剂的前沿、斑点的位置和颜色。 结构透视工具:结构透视工具: 转动观察结构。转动观

18、察结构。 文本工具:文本工具: 创建原子标注或标题说明。创建原子标注或标题说明。 擦除工具:擦除工具: 删除对象。删除对象。 脂肪链工具:脂肪链工具: 画任何长度的碳链。画任何长度的碳链。 生物绘图工具:【生物绘图工具:【ViewView】/ /【Show BioDraw ToolBarShow BioDraw ToolBar】, , 可以显示生物绘图工具栏,增加了生物和可以显示生物绘图工具栏,增加了生物和 生物化学的基本元素。生物化学的基本元素。 对象工具:对象工具: 【ViewView】/ /【Show Object ToolBarShow Object ToolBar】, , :将对象结

19、合成组合对象:将对象结合成组合对象 :将组合对象拆散为单个对象:将组合对象拆散为单个对象 :将对象按左对齐:将对象按左对齐 :将选定对象置于其他对象上层:将选定对象置于其他对象上层 :将对象按上对齐:将对象按上对齐 :将选定对象置于其他对象下层:将选定对象置于其他对象下层 :将对象按左右居中对齐:将对象按左右居中对齐 :将对象按下对齐:将对象按下对齐 :将对象按右对齐:将对象按右对齐 :将对象按上下居中对齐:将对象按上下居中对齐 ChemDraw主界面自上而下分为菜单栏、工具主界面自上而下分为菜单栏、工具栏和绘图窗口。绘图窗口左侧是垂直工具栏,其栏和绘图窗口。绘图窗口左侧是垂直工具栏,其中的工

20、具和模板是化学专用的。有些模板按钮下中的工具和模板是化学专用的。有些模板按钮下面带有面带有 箭头,单击该按钮不松开,会在其右侧箭头,单击该按钮不松开,会在其右侧弹出子工具栏。弹出子工具栏。 3.1.2 3.1.2 模板工具栏模板工具栏 垂直工具栏上的【模板】包含了多种较复杂的分子垂直工具栏上的【模板】包含了多种较复杂的分子种类和玻璃仪器模板。分别如下:种类和玻璃仪器模板。分别如下:氨基酸(氨基酸(Amino AcidsAmino Acids)氨基酸(氨基酸(AminoAmino Acids Acids Side ChainsSide Chains)芳香族(芳香族(AromaticsAromat

21、ics)双环(双环(BicyclicsBicyclics)玻璃仪器(玻璃仪器(ClipwareClipware)构象异构体(构象异构体(ConformersConformers)环戊二烯(环戊二烯(Cp RingsCp Rings)环烷(环烷(CycloalkansCycloalkans)DNADNA官能团(官能团(Functional GroupsFunctional Groups)己醣(己醣(HexosesHexoses)苯环(苯环(Ph RingsPh Rings)纳米管(纳米管(NanotubesNanotubes)多面体(多面体(PolyhedraPolyhedra)RNARNA立体

22、中心(立体中心(StereocentersStereocenters) 超分子(超分子(SupramoleculesSupramolecules) ChemBioDrawChemBioDraw包括了众多的模板,我们想画包括了众多的模板,我们想画的东西多数已经包括在其中了,熟悉这些模板,的东西多数已经包括在其中了,熟悉这些模板,我们可以根据这些模板迅速组合成希望的分子我们可以根据这些模板迅速组合成希望的分子形状。形状。3.1.3 3.1.3 绘图实例绘图实例 我们主要利用我们主要利用ChemDraw绘制一些结构式,反应方绘制一些结构式,反应方程式,搭建化学反应仪器等。程式,搭建化学反应仪器等。以

23、阿司匹林结构式的绘制为例:以阿司匹林结构式的绘制为例:1. 启动启动ChemDraw;2. 选中垂直工具栏最下端的选中垂直工具栏最下端的 按钮,鼠标变成苯环的样子;按钮,鼠标变成苯环的样子;绘制结构式绘制结构式3.在绘图区单击鼠标,出现一个苯环;在绘图区单击鼠标,出现一个苯环;4.单击单击 (单键)按钮,将鼠标移至苯环的一个角上,出(单键)按钮,将鼠标移至苯环的一个角上,出现深色的正方形连接点,如图所示。现深色的正方形连接点,如图所示。5.自连接点横向拉出一根实线单键,松开鼠标,自单键终自连接点横向拉出一根实线单键,松开鼠标,自单键终点向右下方再次拉出一根单键,与前一根单键夹角约为点向右下方再

24、次拉出一根单键,与前一根单键夹角约为109,余类推。,余类推。6.多重键的方法同多重键的方法同5。7. 选中垂直工具栏选中垂直工具栏中的文本工具,分中的文本工具,分别将鼠标移至应该别将鼠标移至应该出现羟基或氧原子出现羟基或氧原子的位置,待出现连的位置,待出现连接点后,点击键盘接点后,点击键盘上的上的O键。键。 在绘制过程中,化学键键角难以精确掌握,且在绘制过程中,化学键键角难以精确掌握,且拖拉化学键或键点的过程中难免会造成键长的变拖拉化学键或键点的过程中难免会造成键长的变化和图形的扭曲,因此需要对图形进行整理。除化和图形的扭曲,因此需要对图形进行整理。除了手动调整外,还可以通过了手动调整外,还

25、可以通过ChemDraw的相关菜的相关菜单命令进行整理。单命令进行整理。8.单击单击 选取框按钮,选中画好的选取框按钮,选中画好的阿司匹林结构式。阿司匹林结构式。9.执行【执行【Structure】/【Clean Up Structure】命令,整理图形,即可】命令,整理图形,即可将结构式整理到最佳状态。该命令将结构式整理到最佳状态。该命令可多执行几次,直到结构式的形状可多执行几次,直到结构式的形状不再变化。不再变化。 使用环工具使用环工具 使用环工具创建环结构,再利用擦除工具得到结构使用环工具创建环结构,再利用擦除工具得到结构骨架,利用键工具改变键型和多重键的对齐方式,骨架,利用键工具改变键

26、型和多重键的对齐方式,最后用热键方式添加原子标签。最后用热键方式添加原子标签。要创建的结构利用环工具创建结构骨架添加双键、双键对齐与添加原子标注反应式的绘制反应式的绘制练习练习 以氨基苯酚合成对氨基水杨酸以氨基苯酚合成对氨基水杨酸画中间体画中间体 画中间体结构画中间体结构 用箭头表示双键电子的流动用箭头表示双键电子的流动 使用曲线工具画箭头使用曲线工具画箭头 使用碎片工具断开结构中的一个或多个键,使用碎片工具断开结构中的一个或多个键,使分子按指定化学键裂成两部分。它模拟质谱使分子按指定化学键裂成两部分。它模拟质谱仪中的分子碎片,但不会预测任何质量,使用仪中的分子碎片,但不会预测任何质量,使用时

27、必须指定要断开的键。时必须指定要断开的键。 碎片工具碎片工具 合成工具合成工具 选用合成工具,点击跨键拖动,将打破化学键并画出逆向合成反应。 离解工具离解工具 选用离解工具,点击跨键拖动,将破坏一个化学键,并画出其离解反应。画多点配位结构画多点配位结构 多点配位结构主要指具有多中心连接点的结构,如二茂铁等一些具有离域性质的有机分子,具有不同配位、位置异构的多点或可变点的配位结构。二茂铁(1 1)从模板中选择一个环戊二烯的结构,在绘图区画出,)从模板中选择一个环戊二烯的结构,在绘图区画出,如图如图a a,并选中。,并选中。(2 2)执行)执行【StructureStructure】/ /【Add

28、 MultiCenterAdd MultiCenter AttachmentAttachment】,在多中心节点上显示一个星号,如图】,在多中心节点上显示一个星号,如图b b。 创建一个多中心连接点创建一个多中心连接点(1 1)【)【ObjectObject】/ /【Fixed LengthsFixed Lengths】(取消固定键长),以便从】(取消固定键长),以便从环内延长键至环外,也可以在拖动时按下【环内延长键至环外,也可以在拖动时按下【AltAlt】(取消固定键长)】(取消固定键长)(2 2)选择单键工具,移动指针指向星号,按下【)选择单键工具,移动指针指向星号,按下【AltAlt】键

29、,创建一】键,创建一个新键,如图个新键,如图c c。(3 3)在新键的另一端输入)在新键的另一端输入“Fe”Fe”,得到图,得到图d d。重复。重复a-ca-c的操作,得的操作,得e e。 从多中心连接点向外画键从多中心连接点向外画键 介绍标准样式表单的使用,并用样式表单创建葡萄糖的介绍标准样式表单的使用,并用样式表单创建葡萄糖的费歇尔投影式。费歇尔投影式。 Special DocumentsSpecial Documents是一种样式表单,本例使用的是是一种样式表单,本例使用的是ACSACS模板,为模板,为ACSACS出版的期刊中所要求的化学绘图格式。出版的期刊中所要求的化学绘图格式。 使用

30、该样式后,所有设置均按该样式进行设置,包括页使用该样式后,所有设置均按该样式进行设置,包括页面设置中的单栏编排(面设置中的单栏编排(One-column LayoutOne-column Layout),制图设置),制图设置中键长固定为中键长固定为0.20.2英寸,文本设置中原子标注为英寸,文本设置中原子标注为1010点大小点大小的的ArialArial或或HelbeticaHelbetica字体等。字体等。费歇尔投影式费歇尔投影式 创建创建ACSACS样式文档样式文档执行【执行【FileFile】/ /【Open SpecialOpen Special】,选择】,选择“ACS Documen

31、t ACS Document 1996” 1996” 【Save asSave as】,输入文件名,保存。】,输入文件名,保存。 画结构主干画结构主干 利用单键工具,画出利用单键工具,画出费歇尔投影式的结构费歇尔投影式的结构主干:主干:a-b-ca-b-c 添加原子标注添加原子标注(1)选用文本工具,分别点击最上面与最下面的)选用文本工具,分别点击最上面与最下面的C原子,原子,输入输入“CHO”及及“CH2OH”;(2)在其他位置输入)在其他位置输入“H”,再用文本工具分别双击需要,再用文本工具分别双击需要添加添加H原子的原子的C原子(应用文本工具双击将重复最后一原子(应用文本工具双击将重复最

32、后一次标签),如图次标签),如图c(3)“OH”的添加与的添加与“H”类似。类似。画透视图画透视图 采用环工具、单键工具、楔形键(契合键)采用环工具、单键工具、楔形键(契合键)工具、热键添加原子标签及【工具、热键添加原子标签及【AltAlt】+ +拖动画键拖动画键等技巧,介绍葡萄糖结构透视图的绘制方法。等技巧,介绍葡萄糖结构透视图的绘制方法。 画一个环画一个环(1)执行【)执行【File】/【Open Special】,选择】,选择“New Document”,【,【Save as】,输】,输入文件名,保存。入文件名,保存。(2)选用六元环工具,单击鼠标)选用六元环工具,单击鼠标左键,选择合适

33、的角度,释放左左键,选择合适的角度,释放左键,得图键,得图a。(3)输入)输入O原子符号,得图原子符号,得图b。 添加竖直键添加竖直键 扭曲结构改变其纵横比例扭曲结构改变其纵横比例(1)用选择工具选择所有结构,向上拖动结构下部中间)用选择工具选择所有结构,向上拖动结构下部中间改变对象大小的手柄,直到将结构扭曲成原来大小的改变对象大小的手柄,直到将结构扭曲成原来大小的50%。(2)注意:即使画键时已经考虑到键的长短问题,但在)注意:即使画键时已经考虑到键的长短问题,但在扭曲之后仍会遇到两键相连的问题。因此,在画键时可扭曲之后仍会遇到两键相连的问题。因此,在画键时可按住按住“Alt”键取消固定键长

34、。键取消固定键长。 添加原子标签添加原子标签OHOH与与CH2OHCH2OH 注意:注意:(1)如果图太小放不下原子标签,可)如果图太小放不下原子标签,可执行【执行【View】/【Magnify】放大图形,】放大图形,C5原子上的原子上的OH是是C5原子向下展开的,原子向下展开的,而不是从而不是从C3原子向上展开的。原子向上展开的。(2)CH2OH的热键为的热键为“6”,即键盘工,即键盘工具处于激活状态时,输入具处于激活状态时,输入6即显示即显示CH2OH。 改变前面键的类型改变前面键的类型(1)选用粗单键工具,指向前面中间的键时,即可变为)选用粗单键工具,指向前面中间的键时,即可变为粗键。粗

35、键。(2)选用粗楔形键(契合键)工具,单击环上的两个与)选用粗楔形键(契合键)工具,单击环上的两个与粗键相连的键,指向稍微靠宽边的一端单击。若契合键粗键相连的键,指向稍微靠宽边的一端单击。若契合键指向了错误的方向,再次点击该契合键可使其方向反过指向了错误的方向,再次点击该契合键可使其方向反过来。来。画纽曼投影式画纽曼投影式p 以乙烷的纽曼投影式为例,练习复制、旋转、拖动以乙烷的纽曼投影式为例,练习复制、旋转、拖动等技巧。等技巧。 创建第一个结构创建第一个结构利用单键工具,创建第一个结构,利用单键工具,创建第一个结构,如图如图a。 复制结构复制结构 点击选择工具,最近画的结构自动被选定,按【点击

36、选择工具,最近画的结构自动被选定,按【Ctrl】键的同时,向右上方拖动结构,复制该结构(图键的同时,向右上方拖动结构,复制该结构(图b),),并用单键工具将两个结构中心的并用单键工具将两个结构中心的C原子连接(图原子连接(图c)。)。此时固定键长与键角的设定不起作用。此时固定键长与键角的设定不起作用。 画一个圆画一个圆 点击轨道工具点击轨道工具 ,将指针指向下部的中心碳原子并向,将指针指向下部的中心碳原子并向外拖动。外拖动。 选定上面碎片中的三个键选定上面碎片中的三个键 点击方框(或套绳)选择点击方框(或套绳)选择工具工具 ,指针指向结构上方,指针指向结构上方,并环绕上部的碎片拖动选并环绕上部

37、的碎片拖动选中三个键。连接两个碎片中三个键。连接两个碎片之间的键不选择。之间的键不选择。 旋转选定的对象旋转选定的对象(1)双击选择框上的)双击选择框上的旋转手柄,打开旋转旋转手柄,打开旋转对话框,在文本框中对话框,在文本框中输入输入180,选择,选择CW,并点击,并点击【Rotate】按钮。此】按钮。此过程中,选择框不会过程中,选择框不会消失。消失。(2)旋转完成)旋转完成后点击后点击【Object】/【Bring to Front】,是】,是选定结构置前。选定结构置前。(图(图e-f-g) 移动选定对象与另一碎片重合移动选定对象与另一碎片重合(1)指针指向选择框内,至指针变为手形。)指针指

38、向选择框内,至指针变为手形。(2)拖动选定部分至其中心碳原子处于轨)拖动选定部分至其中心碳原子处于轨道正中央,释放鼠标,完成绘制。(图道正中央,释放鼠标,完成绘制。(图h)注意:两个碎片结构重叠时,会看到红色注意:两个碎片结构重叠时,会看到红色警告,不影响观察,可执行【警告,不影响观察,可执行【View】/【Show Chemical Warnings】关闭自】关闭自动警告。(图动警告。(图i)使用立体化学标记使用立体化学标记 介绍使用立体化学标记(介绍使用立体化学标记(StereochemistryStereochemistry)和翻转)和翻转(FlipFlip)命令的使用。)命令的使用。

39、添加原子标注添加原子标注 画骨架结构画骨架结构 添加立体楔形键(契合键)添加立体楔形键(契合键) 添加一个立体化学标记添加一个立体化学标记(1)选择完整结构(图a),执行【Object】/【Show 1)选择完整结构(图a),执行【Object】/【Show Stereochemistry】时,得结构b。Stereochemistry】时,得结构b。(2)选定该结构(图b),执行【Object】/【Flip (2)选定该结构(图b),执行【Object】/【Flip Horizontal】(水平翻转),得结构c。Horizontal】(水平翻转),得结构c。(3)选定结构(图c),执行【Obj

40、ect】/【Flip (3)选定结构(图c),执行【Object】/【Flip Vertical】(竖直翻转,相当于水平旋转180度),得结Vertical】(竖直翻转,相当于水平旋转180度),得结 使用模板时提高绘制效率的最好办法。使用模板时提高绘制效率的最好办法。 先利用相近的模板创建骨架,再进行相关的修改。先利用相近的模板创建骨架,再进行相关的修改。使用模板使用模板菲菲 过氧化二苯过氧化二苯绘制实验装置绘制实验装置 ChemDraw可以用磨口玻可以用磨口玻璃仪器接插件璃仪器接插件迅速搭建化学迅速搭建化学反应装置。反应装置。蒸馏装置蒸馏装置(1)【View】/【Other (1)【Vie

41、w】/【Other ToolBars】/【Clipware,ToolBars】/【Clipware,Part1】或【Clipware,Part2】Part1】或【Clipware,Part2】打开玻璃仪器模板窗口(或从垂打开玻璃仪器模板窗口(或从垂直工具栏中打开)直工具栏中打开)(2)在【Clipware,Part1】和(2)在【Clipware,Part1】和【Clipware,Part2】中依次选择【Clipware,Part2】中依次选择合适的铁架台、铁夹、加热器、合适的铁架台、铁夹、加热器、单口烧瓶、蒸馏头、温度计、直单口烧瓶、蒸馏头、温度计、直形冷凝管、接收器等模板,并将形冷凝管、接

42、收器等模板,并将其绘制出来。其绘制出来。(3)将玻璃一起在磨口处拼接好。(3)将玻璃一起在磨口处拼接好。(4)如果器件前后顺序不对,可在(4)如果器件前后顺序不对,可在器件上单击右键,在弹出的快捷器件上单击右键,在弹出的快捷菜单中选择【Bring to front】菜单中选择【Bring to front】 画好的分子结构图形可以保存为文件,以备画好的分子结构图形可以保存为文件,以备将来使用或修改。将来使用或修改。ChemDraw文件的扩展名为文件的扩展名为“cdx”。 【File】/【Save As】,弹出【另存为】对】,弹出【另存为】对话框,即可保存。【保存类型】有多种选项,可话框,即可保

43、存。【保存类型】有多种选项,可另存为另存为Chem Draw 3.x版的格式(版的格式(“chm”),),或或“gif”、“bmp”图形格式,或另存为图形格式,或另存为ISIS格格式。式。3.1.4 3.1.4 图形存盘图形存盘 如果不改变图形模板的话,在绘图区每单击一如果不改变图形模板的话,在绘图区每单击一次鼠标,就会出现一个选定模板的图形。单击鼠次鼠标,就会出现一个选定模板的图形。单击鼠标左键后不松手,则可以通过移动鼠标使图形旋标左键后不松手,则可以通过移动鼠标使图形旋转,待转动到希望的位置时松手即可。转,待转动到希望的位置时松手即可。3.1.5 3.1.5 图形的旋转或缩放图形的旋转或缩

44、放撤销操作,单击撤销操作,单击 【UndoUndo】。】。 画好的图形也可以旋转和缩画好的图形也可以旋转和缩放。用选取框或套索选中图形,放。用选取框或套索选中图形,此时图形被一灰色框笼罩,上此时图形被一灰色框笼罩,上方中央一点为旋转控制点,鼠方中央一点为旋转控制点,鼠标移至此会变成双箭头,单击标移至此会变成双箭头,单击鼠标可以旋转图形。右下角为鼠标可以旋转图形。右下角为缩放控制点,拖动这个角可以缩放控制点,拖动这个角可以按比例改变图形大小按比例改变图形大小。 ChemDrawChemDraw可以检查绘制的结构是是否有问可以检查绘制的结构是是否有问题,选中结构式后,进行【题,选中结构式后,进行【

45、StructureStructure】/ /【Check structureCheck structure】菜单命令,】菜单命令,ChemDrawChemDraw就会就会将一个红色方框罩在有问题的源自或官能团上,将一个红色方框罩在有问题的源自或官能团上,便于用户检查。该功能是自动执行的,如果结构便于用户检查。该功能是自动执行的,如果结构式中有红色方框罩住的原子或官能团,在绘制时式中有红色方框罩住的原子或官能团,在绘制时应引起注意。应引起注意。3.1.6 3.1.6 检查结构错误和整理结构式检查结构错误和整理结构式 ChemDrawChemDraw提供了一种功能,可以根据化合提供了一种功能,可以

46、根据化合物的名称自动给出结构式。化合物名称必须时物的名称自动给出结构式。化合物名称必须时英文名,最好时系统命名的。英文名,最好时系统命名的。 【StructureStructure】/ /【Convert Name to Convert Name to StructureStructure】,弹出对话框】,弹出对话框 在输入框中输入化合物的英文名,点击在输入框中输入化合物的英文名,点击OKOK即可即可出现结构式出现结构式3.1.7 3.1.7 根据化合物名称得到结构式根据化合物名称得到结构式u【StructureStructure】/ /【Convert Name to Convert Nam

47、e to StructureStructure】,弹出】,弹出对话框;对话框;u 在输入框中输入在输入框中输入化合物的英文名,化合物的英文名,点击点击OKOK即可出现结即可出现结构式。构式。 ChemDrawChemDraw也能根据一些化合物的缩写给出结构式,也能根据一些化合物的缩写给出结构式,如如EDTAEDTA。在输入框中输入。在输入框中输入EDTAEDTA,即可出现,即可出现EDTAEDTA的结构的结构式。式。 有时输入化合物的商品名或俗名也能得到结构式,有时输入化合物的商品名或俗名也能得到结构式,如输入如输入“aspirin”aspirin”,即可得到阿司匹林的结构式。,即可得到阿司匹

48、林的结构式。 如输入如输入“morphine”morphine”即可得到吗啡的结构式。即可得到吗啡的结构式。u 并非所有的化合物名称都能得到结构式,如果无法并非所有的化合物名称都能得到结构式,如果无法由名字产生结构式,由名字产生结构式,ChemDrawChemDraw会弹出显示提示信息。会弹出显示提示信息。 绘制化合物结构式绘制化合物结构式 选中此结构,【选中此结构,【StructureStructure】/ /【Convert Structure Convert Structure to Nameto Name】,即可在结构式下面出现系统命名。】,即可在结构式下面出现系统命名。 并非所有的结

49、构式都能给出化合物名称,如果无法由并非所有的结构式都能给出化合物名称,如果无法由结构产生系统命名,结构产生系统命名,ChemDrawChemDraw会弹出窗口给出提示信息。会弹出窗口给出提示信息。3.1.8 3.1.8 根据结构得出化合物命名根据结构得出化合物命名肾上腺素的系统命名肾上腺素的系统命名肾上腺素结构式肾上腺素结构式 ChemDrawChemDraw可以根据结构式预测分子的可以根据结构式预测分子的1 1H H和和1313C C核磁共核磁共振化学位移。振化学位移。 心安得(心安得(propranololpropranolol)是一种心血管药物,能抑是一种心血管药物,能抑制心脏的收缩率,

50、避免过制心脏的收缩率,避免过度兴奋和阻止神经冲动,度兴奋和阻止神经冲动,保证心壁平滑肌的收缩。保证心壁平滑肌的收缩。3.1.9 3.1.9 预测核磁共振化学位移预测核磁共振化学位移 绘制化合物结构式绘制化合物结构式 选中此结构,【选中此结构,【StructureStructure】/ /【Predict 1H-NMR-Predict 1H-NMR-ShiftsShifts】,出现该化合物的】,出现该化合物的1 1H H核磁共振化学位移值及图核磁共振化学位移值及图谱谱 缩小当前窗口,返回绘制结构式的窗口缩小当前窗口,返回绘制结构式的窗口 【StructureStructure】/ /【Predi

51、ct 13C-NMR-ShiftsPredict 13C-NMR-Shifts】,出现】,出现该化合物的该化合物的1313C C核磁共振化学位移值及图谱核磁共振化学位移值及图谱 有了这两张谱图,在实测样品的核磁共振,就会心中有了这两张谱图,在实测样品的核磁共振,就会心中有数。有数。 ChemDrawChemDraw可以对化合物结构进行分析计算。可以对化合物结构进行分析计算。p 选中化合物结构式,【选中化合物结构式,【ViewView】/ /【Show Analysis Show Analysis WindowWindow】,弹出分析窗口,包含该化合物的分子简式、】,弹出分析窗口,包含该化合物的

52、分子简式、摩尔质量、同位素分布图,元素分析组成比例等数据。摩尔质量、同位素分布图,元素分析组成比例等数据。p【ViewView】/ /【Show Chemical Properties WindowShow Chemical Properties Window】,弹】,弹出化学性质窗口,包含该化合物的沸点、熔点、临界温出化学性质窗口,包含该化合物的沸点、熔点、临界温度、临界压力、临界体积、度、临界压力、临界体积、GibbsGibbs自由能、自由能、LogPLogP、MRMR、HerrysHerrys Law Law、生成热、生成热、ClogPClogP、CMRCMR等。等。3.1.10 3.1

53、.10 分析结构估计性质分析结构估计性质以心安得化合物为例:以心安得化合物为例:【Analysis】窗口】窗口【Chemical Properties】窗口】窗口 ChemDrawChemDraw提供了一张使用起来十分方便的元素周期提供了一张使用起来十分方便的元素周期表。表。 【ViewView】/ /【Show Periodic Table WindowShow Periodic Table Window】即可打开】即可打开元素周期表窗口。元素周期表窗口。 单击周期表上的元素符号,就可以得到该元素的物理单击周期表上的元素符号,就可以得到该元素的物理性质。单击表中的性质。单击表中的 按钮,可以

54、打开或关闭周期表下按钮,可以打开或关闭周期表下方的物理性质详细列表。方的物理性质详细列表。3.1.11 3.1.11 元素周期表元素周期表(1)输入特殊符号输入特殊符号 有时需要在结构式或反应方有时需要在结构式或反应方程式中输入特殊符号。程式中输入特殊符号。 【ViewView】/ /【Show Character Show Character MapMap】菜单命令即可打开符号窗】菜单命令即可打开符号窗口。口。 单击单击 按钮,可以选择各种按钮,可以选择各种WindowsWindows字体和符号,包括汉字。字体和符号,包括汉字。3.1.12 3.1.12 符号、字体和颜色符号、字体和颜色(2

55、)改变字体改变字体 【TextText】/ /【FontFont】菜单命令可以改变字体。菜单命令可以改变字体。 WindowsWindows的所有的所有字体都可以在字体都可以在ChemDrawChemDraw中使用,也包括汉字字中使用,也包括汉字字体。体。(3 3)改变颜色)改变颜色 默认状态下,默认状态下,ChemDrawChemDraw的文字和绘制的图形是黑的文字和绘制的图形是黑色的,根据实际需要可以变换文字及图形的颜色。色的,根据实际需要可以变换文字及图形的颜色。 选中画好的结构式或图形;选中画好的结构式或图形; 单击单击【ColorColor】,出现下拉菜单,除了黑色之外,还包,出现下

56、拉菜单,除了黑色之外,还包含含6 6种可以选择的颜色;种可以选择的颜色; 单击所选中的颜色,完成改变颜色的操作;单击所选中的颜色,完成改变颜色的操作; 若不喜欢给出的颜色,单击若不喜欢给出的颜色,单击【OthersOthers】选项,弹出选项,弹出【颜【颜色色】调色板,其中由更多的颜色可供选择,还可以自定调色板,其中由更多的颜色可供选择,还可以自定义颜色。义颜色。(1 1)快捷菜单)快捷菜单 ChemDrawChemDraw快捷菜单包含快捷菜单包含了多种选项,使用快捷菜了多种选项,使用快捷菜单能完成常用编辑、属性单能完成常用编辑、属性设置、模板选择等功能。设置、模板选择等功能。 在选中的结构上

57、单击鼠在选中的结构上单击鼠标右键,会弹出快捷菜单。标右键,会弹出快捷菜单。3.1.13 3.1.13 快捷菜单和快捷键快捷菜单和快捷键(2 2)快捷键)快捷键 常用的与结构有关的快捷键:常用的与结构有关的快捷键: Ctrl+Shift+KCtrl+Shift+K:整理结构式:整理结构式 Ctrl+Shift+NCtrl+Shift+N:将化合物名称转换为结构式:将化合物名称转换为结构式 Alt+Ctrl+Shift+NAlt+Ctrl+Shift+N:将结构式转换为化合物名称:将结构式转换为化合物名称 编辑快捷键与其他软件如编辑快捷键与其他软件如wordword相同,常用的与图形编相同,常用的

58、与图形编辑有关的快捷键:辑有关的快捷键: Ctrl+ACtrl+A:全选:全选 ,Ctrl+CCtrl+C:复制,:复制,Ctrl+VCtrl+V:粘贴,:粘贴, Ctrl+XCtrl+X:剪切,:剪切, F F9 9:下标:下标 , F F1010:上标:上标 , Ctrl+RCtrl+R:旋转图形,可以设定旋转角度,:旋转图形,可以设定旋转角度, Ctrl+KCtrl+K:改变图形大小,可以设定键长,:改变图形大小,可以设定键长, Ctrl+Shift+HCtrl+Shift+H:水平翻转图形,:水平翻转图形, Ctrl+Shift+VCtrl+Shift+V:垂直翻转图形。:垂直翻转图形

59、。基本技巧基本技巧选择对象选择对象1. 1. 选择对象选择对象 选择完整结构:使用选择工具双击某个分子结构内任选择完整结构:使用选择工具双击某个分子结构内任何键或原子;何键或原子; 通过点击选择对象:点击选择工具,指向一个对象通过点击选择对象:点击选择工具,指向一个对象(一般为最后编辑的图形),并在该对象上出现一个反(一般为最后编辑的图形),并在该对象上出现一个反衬框,再次点击该对象,则选择对象出现在选择矩形框衬框,再次点击该对象,则选择对象出现在选择矩形框内,指针变为手型;内,指针变为手型; 选择多个对象:先按选择多个对象:先按shiftshift键,再选择其他对象,通过键,再选择其他对象,

60、通过单击双击或使用选择工具可添加选择对象。单击双击或使用选择工具可添加选择对象。 选择所有对象:【选择所有对象:【EditEdit】/ /【Select AllSelect All】2.2.取消选择对象取消选择对象 在选定对象外任意空白处单击。在选定对象外任意空白处单击。 按按EscEsc键。键。 选择不同的工具。选择不同的工具。 按下按下shiftshift键,选择另一个对象。只取消其中一个对键,选择另一个对象。只取消其中一个对象,可在按下象,可在按下shiftshift键的同时点击对象。键的同时点击对象。3.3.对象排列方式对象排列方式 选定对象选定对象 对象页面居中:对象页面居中:【Ob

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