lvthw-草稿bader计算最近群里有人在问电荷分析的问题这里将分

1、最近，群里有人在问 bader 电荷分析，在这里，将 bader 分析的基本流程，以及本人写的一个后处理的一下，希望大家不要再纠缠这个问题了。参考：第一步：优化自己的体系结构第二步：bader 电荷分析的计算部分：1）2）将前面优化完的 CONTCAR 重命名为设置 INCAR：LAECHG=.TRUE. LCHARG = .TRUE. NSW = 0IBRION = -1CAR3）4）Kpos 可以用之前优化计算的，也可设置的稍微大些。WAVECAR，CHGCAR 等有的话就读一下（在第二步加上读它们的相关参数）。没有就不读了，这个无关紧要。但是，如果你的体系很难收敛的时候，建议保留上一步的

2、WAVECAR 以便节省计算时间，如果没有的话电子步数适当增加（NELM=500）。第三步：获取 VTST 的1）：（用到里面的 chgsum.pl 这个）nx_64.tar.gz（bader 处理的）到 /bin 文件夹中。2）3）将前面的内容解压，然后如果后面运行的时候遇到权限问题：执行：od u+x/bin/chgsum.pl od u+x/bin/bader第四步：使用 VTST 的处理结果进入计算的目录下面chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2注意： AECCAE0 和 AECCAE2 是由 LAECHG=.TRUE.这个参数控制输出的。如果你计算没有得到这两个文件，仔细

3、检查一下这个参数。运行这个命令：你会得到类似这样的输出结果：结束后，你会得到 CHGCAR_sum 这个文件。3） bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum注意：1） 图中大师兄不把 CHGCAR 删掉了所以没办法呈现完整的流程。放图上去只是想告诉大家，命令是正确的。2） 如果你在服务器上运行，得到了这样的错误。FATAL: kernel too old Segmenion fault那么，你需要将计算到本地电脑上（由于 CHGCAR 等文件很大，该过程比较，需要忍一会儿），然后用自己的电脑运行这个命令。（前提是电脑有 linux 系统，没有的话，我也没办法。）命令结束后，你会

4、得到一些相应输出的文件：ACF.dat, BCF.dat, AVF.dat4） 本人一般 查看的是 ACF.dat 文件：（以 SiH4 为例）如下图：ACF.dat 文件中，第一列的数字对应的是CAR 中的原子顺序。每个原子的电荷对应的是 CHARGE 那一列。注意，该列中的电荷是该原子价层电子中的电子总数。如果你想要知道这个原子是带正电或者负电荷，需要减去 POTCAR 中的电子数目。图中 Si 为第一个原子：有 1.58 个电子 ，减去 POTCAR 中的 4，为-2.42。表明 Si 失去了电子。2.42 个电子分别转移到了 4 个 H 上面。每个 H 有 1+2.42/4 = 1.6 个电子。第五步： 得到任意原子的电荷信息。如果你对自己体系中的某一个或者某些特定的原子感者已经导出来的 excel 文件。那么可以通过使用下面这个，又不想每次打开 ACF.dat 文件或提取相关的电荷信息。1）运行如下图：命令： get-charge.py 后面加上你感的原子序数注意：A)B)目前只支持一个,如果想查看多个，可以运行该命令若干次，或者使用一个 for 循环即可使用该命令前，请务必确认自己所关注的原子在通过 p4vasp 查看。CAR 中的序数，如果不知道，可以2)内容如下：原理：