实验室业计算机应用技术

11研究背景意义及本文工2基于SVM的植物3植物miRNA功能相似性计4植物miRNA功5总结与植

植物miRNA

出出miRNA的方法，Triplet-miRNA

且只能前体

基于SVM的植植物miRNA功相似性计基于权重PPI植物miRNA功直推式 学11研究背景意义及本文工2基于SVM的植物3植物miRNA功能相似性计4植物miRNA功5总结与 成熟体 pixrand(0,1)*(yiyi表示x的第i个近邻前体前体 模型实验数3126条非冗余且具有单一茎环结构的所有植物前体成熟体成熟体 模型实验数在真实前体miRNA的成 分类分类器性能指标Triplet- 集 模型的推广能分类不同物种下的准确率 11研究背景意义及本文工2基于SVM的植物3植物miRNA功能相似性计4植物miRNA功5总结与 流 maxFx,ynmaxFx,ymnn

max

weight(e)miRNAmiRNA及mRNA数 自miRBase（版本 胁胁迫响应相关miRNA数从数十 中搜集整理了126个拟南芥胁迫响应相蛋白质相互作用网络数据 AtPIN,PAIR,BioGRID,数据蛋白质数及比例关系数目比例度最最平16,20415,6191111

参与不同胁迫响应的miRNA，机产生50组数据得到的结果分参与相同胁迫响应性能对比分 ConnectedComponent 胁迫类相似性得高ath-ath-ath-ath-ath-TMV-ath-ath-ath-ath-ath-11研究背景意义及本文工2基于SVM的植物3植物miRNA功能相似性计4植物miRNA功5总结与采用直推式 分类算 的未知CCiikiiC1NNCi

t0；cr构建miRNA功能相似性网络（边权重>t）且计算cr和随机网络聚类系

tct0.01ct0跳出循环，记ct0.01ct0跳出循环，记t为最终的权重阈crtcrtk2kk3Nk1NN1i 12N1k2i

）（节点为直推式多该算法基于全体样本（包括有和无样本）间的相互关系、有样本的组成信息和平滑假设评估无标签样本的最优组成平滑假设1：相似样本的应该有相似的组成平滑假设2：相似的样本应该有相同的数量mnlmnl1

Wizzj

zWiz0, W 0, W i i222

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据 矩阵中样长比越n 样长比越平 平

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y2)}参与对比的方法：直推式多分类算法（TRAM），有重启的随机算法（RandomWalker），多K最近MF分支上的对比实验Random miRNA将直推式 11研究背景意义及本文工2基于SVM的植物3植物miRNA功能相似性计4植物miRNA功5总结与 方法基 方法 MengJ,LiuD,SunC,etal.Predictionofplantpre-microRNAsandtheirmicroRNAsingenome-scalesequencesusingstructure-sequencefeaturesandsupportv