Chem3D常用功能使用教程最新版本课件

Chem3D介绍提供功能制作结构：立体旋转；读取chemDraw结构；进行结构优化计算进行量化结构；并和数种量子化学软件结合在一起。chem3D是一个三维分子结构演示软件Chem3D介绍提供功能chem3D是一个三维分子结构演示软Chem3D起始界面Chem3D起始界面主界面Chem3D起始界面主界面Chem3D起始界面工具栏模型窗口模型类型三维视图ChemDraw切换图标工具栏模型数据窗口扩大（缩小）窗口消息窗口状态栏工具栏模型窗口模型类型三维视图ChemDraw切换图标工具栏选择轨迹球单键双键三键虚键文本橡皮大小调整选择轨迹球单键双键三键虚键文本橡皮大小调整显示设置显示设置视频设置模型显示设置立体显示弹出信息配体显示结构显示原子标记原子显示色彩选项视频设置模型显示设置立体显示弹出信息配体显示结构显示原子标记显示设置属性ModelType线状模型棒状模型球棍模型圆柱键模型比例模型显示设置属性ModelType线状模型棒状模型球棍模型圆柱带状模型带状模型结构不同显示方式View/Setting/ModelDispaly菜单或F6键：五种WireFrameSticksBall-SticksCylindricalBondsSpaceFilling

结构不同显示方式View/Setting/ModelDi带状模型常用于生物分子带状模型常用于生物分子代表用红蓝两种色彩的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型的部分按观察者的角度不同着色代表显示两个立体结构完全相同的模型代表模拟现实的角度观察模型，使模型更接近真实代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示，这样模型的立体感更强。代表用红蓝两种色彩的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件选择【单键】工具，在模型窗口向右按动圆柱键模型1.利用键工具建立模型建立3D模型选择【单键】工具，在模型窗口向右按动圆柱键模型1.利用键工线状模型线状模型棒状模型棒状模型球棍模型球棍模型比例模型比例模型选择【轨迹球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y轴旋转X、Y轴旋转指示选择【轨迹球】工具，使分子模型X、Y轴旋转指示选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转Z轴旋转指示选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，Z轴旋转指示模型结构信息光标位于原子上，自动显示原子信息模型结构信息光标位于原子上，工具栏显示原子的符号和标号工具栏显示原子的符号和标号光标位于键上，自动显示键信息模型结构信息光标位于键上，模型结构信息模型的进一步信息显示键长变化显示键角变化显示二面角显示所有没有相邻的原子的距离模型的进一步信息显示键长变化显示键角变化显示二面角显示所有模型的键长数据模型的键长数据模型的键长和键角数据模型的键长和键角数据乙烯模型中的双键信息乙烯模型中的双键信息键级改动键级改动显示氢及孤对电子显示氢及孤对电子不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号隐藏或显示其它原子居中移动到色彩调节显示元素符号显示元素编号显示实心球显示点阵表面调整键长破坏键调整键级就近结合添加质心颠倒调整矩阵隐藏所选部分隐藏非选部分显示所有原子显示邻近原子显示背面定义基团隐藏或显示其它原子居中调整键长隐藏所选部分利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构环己烷的椅式构象环己烷的椅式构象使用【文本】工具输入结构式2.利用文本工具建立模型使用【文本】工具输入结构式2.利用文本工具建立模型按【Enter】自动转化为模型按【Enter】自动转化为模型括号表示支链括号表示支链Chem3D常用功能使用教程最新版本课件整理结构整理结构简单优化观察分子变化简单优化4-甲基-2-戊醇模型4-甲基-2-戊醇模型建立1，2-双甲基环戊烷模型建立1，2-双甲基环戊烷模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件整理结构整理结构建立Ibuprofen(布洛芬)模型建立Ibuprofen(布洛芬)模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件建立十肽菌素模型建立十肽菌素模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件建立十二丙氨酸醇分子模型建立十二丙氨酸醇分子模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件改变显示方式模型类型窗口：改变显示方式模型类型窗口：设为线状模型设为线状模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件设为带状模型设为带状模型a-螺旋模型a-螺旋模型使用子结构建立模型3.利用子结构建立模型使用子结构建立模型3.利用子结构建立模型子结构模型库子结构模型库选择所需的子结构，然后复制选择所需的子结构，然后复制粘贴复制结果粘贴复制结果在子结构上进行编辑在子结构上进行编辑4.使用模板建立模型4.使用模板建立模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件ChemDraw中画出的分子结构复制粘贴到Chem3D中5.ChemDraw和Chem3D信息转换ChemDraw中复制粘贴到Chem3D中5.ChemDrChem3D中画出的分子模型复制粘贴到ChemDraw中Chem3D中复制粘贴到（1）查找原子的范德瓦尔斯半径【View】【AtomTypes.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径计算功能演示（1）查找原子的范德瓦尔斯半径计算功能演示Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件（2）观察分子的大小建立苯模型。执行【View】【ConnollyMolecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为100（2）观察分子的大小Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件View/SolventAccessible菜单甲苯结构View/SolventAccessible菜单（3）计算分子体积建立苯模型。执行【Analyze】【ComputeProperties】在【AvailableProperties】选框中双击【ConnollySolvent-ExcludedVolumeSVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【SelectedProperties】框中。单击ok，（3）计算分子体积Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件(4)检查结构能量(4)检查结构能量模型旋转对位交叉模型旋转对位交叉总能量计算总能量计算空间位阻能：0.977kcal/mol计算结果空间位阻能：0.977kcal/mol计算结果模型的二面角数据模型的二面角数据数据与模型对应数据与模型对应显示原子符号及序号显示原子符号及序号按动旋转数据相应改变按动旋转数据相应改变(5)分子轨道(HOMO及LUMO)首先用双键画出乙烯分子(5)分子轨道(HOMO及LUMO)首先用双键显示轨道时必须选择显示轨道时必须选择选择分子轨道选择分子轨道选择HOMO轨道HOMO轨道显示轨道选项HOMO和LUMO各6个能量随所选轨道不同而不同实心显示（丝网显示圆点显示半透明显示）选择HOMO轨道HOMO轨道显示轨道选项能量随所选轨道不同而乙烯分子的HOMO轨道乙烯分子的HOMO轨道选择LUMO轨道LUMO轨道显示选择LUMO轨道LUMO轨道显示乙烯分子的LUMO轨道乙烯分子的LUMO轨道Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件其他计算从头算程序：GamessGaussian需另外安装这两个程序。半经验或分子力学计算MechanicsMopac(Am1,Mindo/3,Mndo,PM3)计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析其他计算从头算程序：Gamess模型的输入和输出：以NaCl晶体为例：【File】【Template】选择【NaClCrystal.C3T】选择以【Spacefilling】显示模型。可保存多种格式，默认格式.c3t。可存为jpg等。还有动画显示功能，可让其绕x轴、y轴、z轴转动，这样可以从不同角度显示结构，更具立体感。【Analyze】【SpinAboutYAxis】，可通过左下角调整框放大、缩小、播放、暂停、录制等，还可存成WindowsAVIMovie（*.avi）格式。模型的输入和输出：以NaCl晶体为例：Chem3D常用功能使用教程最新版本课件放大、缩小播放、暂停、录制滑动块放大、缩小播放、暂停、录制滑动块Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D介绍提供功能制作结构：立体旋转；读取chemDraw结构；进行结构优化计算进行量化结构；并和数种量子化学软件结合在一起。chem3D是一个三维分子结构演示软件Chem3D介绍提供功能chem3D是一个三维分子结构演示软Chem3D起始界面Chem3D起始界面主界面Chem3D起始界面主界面Chem3D起始界面工具栏模型窗口模型类型三维视图ChemDraw切换图标工具栏模型数据窗口扩大（缩小）窗口消息窗口状态栏工具栏模型窗口模型类型三维视图ChemDraw切换图标工具栏选择轨迹球单键双键三键虚键文本橡皮大小调整选择轨迹球单键双键三键虚键文本橡皮大小调整显示设置显示设置视频设置模型显示设置立体显示弹出信息配体显示结构显示原子标记原子显示色彩选项视频设置模型显示设置立体显示弹出信息配体显示结构显示原子标记显示设置属性ModelType线状模型棒状模型球棍模型圆柱键模型比例模型显示设置属性ModelType线状模型棒状模型球棍模型圆柱带状模型带状模型结构不同显示方式View/Setting/ModelDispaly菜单或F6键：五种WireFrameSticksBall-SticksCylindricalBondsSpaceFilling

结构不同显示方式View/Setting/ModelDi带状模型常用于生物分子带状模型常用于生物分子代表用红蓝两种色彩的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型的部分按观察者的角度不同着色代表显示两个立体结构完全相同的模型代表模拟现实的角度观察模型，使模型更接近真实代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示，这样模型的立体感更强。代表用红蓝两种色彩的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件选择【单键】工具，在模型窗口向右按动圆柱键模型1.利用键工具建立模型建立3D模型选择【单键】工具，在模型窗口向右按动圆柱键模型1.利用键工线状模型线状模型棒状模型棒状模型球棍模型球棍模型比例模型比例模型选择【轨迹球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y轴旋转X、Y轴旋转指示选择【轨迹球】工具，使分子模型X、Y轴旋转指示选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转Z轴旋转指示选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，Z轴旋转指示模型结构信息光标位于原子上，自动显示原子信息模型结构信息光标位于原子上，工具栏显示原子的符号和标号工具栏显示原子的符号和标号光标位于键上，自动显示键信息模型结构信息光标位于键上，模型结构信息模型的进一步信息显示键长变化显示键角变化显示二面角显示所有没有相邻的原子的距离模型的进一步信息显示键长变化显示键角变化显示二面角显示所有模型的键长数据模型的键长数据模型的键长和键角数据模型的键长和键角数据乙烯模型中的双键信息乙烯模型中的双键信息键级改动键级改动显示氢及孤对电子显示氢及孤对电子不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号隐藏或显示其它原子居中移动到色彩调节显示元素符号显示元素编号显示实心球显示点阵表面调整键长破坏键调整键级就近结合添加质心颠倒调整矩阵隐藏所选部分隐藏非选部分显示所有原子显示邻近原子显示背面定义基团隐藏或显示其它原子居中调整键长隐藏所选部分利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构环己烷的椅式构象环己烷的椅式构象使用【文本】工具输入结构式2.利用文本工具建立模型使用【文本】工具输入结构式2.利用文本工具建立模型按【Enter】自动转化为模型按【Enter】自动转化为模型括号表示支链括号表示支链Chem3D常用功能使用教程最新版本课件整理结构整理结构简单优化观察分子变化简单优化4-甲基-2-戊醇模型4-甲基-2-戊醇模型建立1，2-双甲基环戊烷模型建立1，2-双甲基环戊烷模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件整理结构整理结构建立Ibuprofen(布洛芬)模型建立Ibuprofen(布洛芬)模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件建立十肽菌素模型建立十肽菌素模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件建立十二丙氨酸醇分子模型建立十二丙氨酸醇分子模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件改变显示方式模型类型窗口：改变显示方式模型类型窗口：设为线状模型设为线状模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件设为带状模型设为带状模型a-螺旋模型a-螺旋模型使用子结构建立模型3.利用子结构建立模型使用子结构建立模型3.利用子结构建立模型子结构模型库子结构模型库选择所需的子结构，然后复制选择所需的子结构，然后复制粘贴复制结果粘贴复制结果在子结构上进行编辑在子结构上进行编辑4.使用模板建立模型4.使用模板建立模型Chem3D常用功能使用教程最新版本课件ChemDraw中画出的分子结构复制粘贴到Chem3D中5.ChemDraw和Chem3D信息转换ChemDraw中复制粘贴到Chem3D中5.ChemDrChem3D中画出的分子模型复制粘贴到ChemDraw中Chem3D中复制粘贴到（1）查找原子的范德瓦尔斯半径【View】【AtomTypes.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径计算功能演示（1）查找原子的范德瓦尔斯半径计算功能演示Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件（2）观察分子的大小建立苯模型。执行【View】【ConnollyMolecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为100（2）观察分子的大小Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件View/SolventAccessible菜单甲苯结构View/SolventAccessible菜单（3）计算分子体积建立苯模型。执行【Analyze】【ComputeProperties】在【AvailableProperties】选框中双击【ConnollySolvent-ExcludedVolumeSVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【SelectedProperties】框中。单击ok，（3）计算分子体积Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件Chem3D常用功能使用教程最新版本课件(4)检查结构能量(4)检查结构能量模型旋转对位交叉模型旋转对位交叉总能量计算总能量计算空间位阻能：0.977kcal/mol计算结果空间位阻能：0.977kcal/mol计算结果模型的二面角数据模型的二面角数据数据与模型对应数据与模型对应显示原子符号及序号显示原子符号及序号按动旋转数据相应改变按动旋转数据相应改变(5)分子轨道(HOMO及LUMO)首先用双键画出乙烯分子(5)分子轨道(HOMO及LUMO)首先用双键显示轨道时必须选择显示轨道时必须选择选择分子轨道选择分子轨道选择HOMO轨道HOMO轨道显示轨道选项HOMO和LUMO各6个