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文档简介
第一章氨基酸
一
蛋白质的水解
根据水解程度完全水解:彻底水解--得到的水解产物是各种AA的混合物。部分水解(不完全水解)--得到的产物是各种大小不等的肽段和AA。三种水解方法:酸,碱,酶1.酸水解:用硫酸(4mol/L)或HCL(6mol/L)水解条件:回流煮沸20h,完全水解优点:不引起消旋作用,得到L-AA缺点:色AA完全被沸酸所破坏羟基AA(丝AA及苏AA)有一小部分被分解天冬酰胺和谷胺酰胺的酰胺基被水解下来3.酶水解胰蛋白酶,糜蛋白酶,胃蛋白酶优点:不产生消旋作用,也不破坏AA缺点:一种酶往往水解不彻底,需要几种酶协同作用才能使蛋白质完全水解所需时间较长,部分水解适用范围:用于蛋白质一级结构分析以获得蛋白质的部分水解产物。二.AA的分类参与蛋白质组成的常见AA只有20种蛋白质AA--20种AA非蛋白质AA--180多种天然AA大多数是不参与蛋白质组成的。这些AA被称为非蛋白质AA。(一)常见的蛋白质AA20种共同点:与羧基相邻的α-碳原子上都有一个NH2,因而称为α-AA。通式:2.分类:
主要区别在侧链R基的不同B按R基的极性性质Non-polarAminoAcidsThereare8non-polaraminoacids:性质:在水中的溶解度比极性R基AA小;丙AA的R基疏水性为最小;它介于非极性R基AA和不带电荷的极性R基AA之间。不带电荷的极性R基AAPolar,UnchargedAminoAcidsThere7polar,unchargedaminoacids:特点:比非极性R基AA易溶于水,含有不离解的极性基,能与水形成氢键半胱AA,酪AA--R基极性最强。
Polar,ChargedAminoAcidsThereare5polarchargedaminoacids:个性氨基酸NotesonHistidineContainsanimidazole(咪唑)ringthatispartiallyprotonated
(质子化)inneutralsolutionOnlythepyridine-like(似吡啶),doublybondednitrogeninhistidine(组氨酸)isbasic.Thepyrrole-like(似吡咯)singlybondednitrogenisnonbasicbecauseitslonepairofelectronsispartofthe6electronaromaticimidazolering
AbbreviationsandCodesAlanine(丙)
A,AlaArginine(精)
R,ArgAsparagine(天冬酰)
N,AsnAsparticacid(天冬)D,AspCysteine(半胱)
C,CysGlutamine(谷氨酰)
Q,GlnGlutamicAcid(谷)
E,GluGlycine(甘)
G,GlyHistidine(组)
H,HisIsoleucine(异亮)I,IleLeucine(亮)
L,LeuLysine(赖)K,LysMethionine(蛋/甲硫)
M,MetPhenylalanine(苯丙)F,PheProline(脯)P,ProSerine(丝)
S,SerThreonine(苏)
T,ThrTryptophan(色)
W,TrpTyrosine(酪)Y,TyrValine(缬)
V,ValLearningtheNamesandCodesThenamesarenotsystematicsoyoulearnthembyusingthem(Theybecomeyourfriends)Onelettercodes–learnthemtooIfonlyoneaminoacidbeginswiththatletter,useit(Cys,His,Ile,Met,Ser,Val)Ifmorethanonebeginswiththatletter,themorecommononeusestheletter(Ala,Gly,Leu,Pro,Thr)Fortheothers,somearephonetic(发音的):Fenylalanine(苯丙),aRginine(精),tYrosine(酪)Trp(色)hasadoublering,henceWAmides(酰胺)havelettersfromthemiddleofthealphabet(Q–Thinkof“Qtamine”forglutamine;asparagine-containsN“Acid”endsinDandEfollows(smallestisfirst:asparticaciD,GlutamicacidE)首先在凝身酶原(prothrombin)中发现,它也存在于某些具有结合Ca2+离子功能的其他蛋白质。一个结构复杂的特有氨基酸叫做锁链素(desmosine),
它是赖氨酸的衍生物,中央的吡啶环结构是由4个赖氨酸分子的侧链组成的。此氨基酸只存在于弹性蛋白(elastin)中。此外,从甲状腺蛋白中分离出3,5-二碘酪氨酸(3,5-diiodotyrosine)和甲状腺素(thyroxine)等,它们都是酪氨酸的衍生物,结构式见"激素"章。
(三)非蛋白质AA180种其他AA这些AA大多是蛋白质中存在的那些L型α-AA的衍生物,也有些是βγδ-AA,有些是β,γ,δ-AA,有些是D-型AAEssentialAminoAcidsAll20oftheaminoacidsarenecessaryforproteinsynthesisHumanscansynthesizeonly10ofthe20Theother10mustbeobtainedfromfood8种:一(异亮)家(甲硫)写(缬)两(亮)三(色)本(苯)书(苏)来(赖);2种半必需:精和组,对幼儿合成速度不能满足需要,但成年后可满足。三、氨基酸的旋光性和光吸收1.D,L之分2."+""-"之分1,2都与糖相同3.α-AA具有旋光性消旋物--旋光性物质在化学反应中,只要其不对称原子经过对称状态的中间阶段,即将发生消旋作用,并转变为D型和L型的等摩尔混合物,称消旋物。蛋白质+碱
共热
水解
有机合成方法合成AA得到的AA无旋光性的DL-消旋物
AA有D,L型之分:与甘油醛比较而确定的
例如丙氨酸的两种旋光异构体不同表现方式如下:L-型氨基酸是自然界存在的主要形式,且仅L-型异构体参与任一个代谢反应(例外甚少)。苏AA的四个异构体P143其中,D-苏AA与L-别-苏AA不存在互成物体与镜像的关系,这种不互成物体与镜象关系的光学异构体,称为非对映体。
胱AA有两个不对称中心,是相同的a.两个不对称中心的构型可以是相同的。产生D,L型两个异构体。b.
两个不对称中心的构型可以是不相同的,一个不对称中心的构型将是另一个不对称中心的构型的镜象。分子内互相抵消而无旋光性。这种胱AA异构体称为内消旋胱AA。氨基酸的光吸收性20种氨基酸在可见光区域无光吸收,在远紫外区(〈220nm〉均有光吸收,在近紫外区(220-300nm)只有Tyr、Phe、Trp有吸收。
Tyr、Phe、Trp的R基含有共轭双键,在220-300nm紫外区有吸收。
λ(nm)ε
Tyr2751.4×103
Phe2572.0×102
Trp2805.6×103
280nM四氨基酸的酸碱性质(重点)1、
氨基酸在晶体和水溶液中主要以兼性离子形式存在
α-氨基酸都含有-COOH和-NH2,都是不挥发的结晶固体,熔点200-350℃,不溶于非极性溶剂,而易溶于水,这些性质与典型的羧酸(R-COOH)或胺(R-NH2)明显不同。三个现象:①晶体熔点高→离子晶格,不是分子晶格。
②不溶于非极性溶剂→极性分子
③介电常数高(氨基酸使水的介电常数增高,而乙醇、丙酮使水的介电常数降低。)→水溶液中的氨基酸是极性分子。原因:α-羧基pK1在2.0左右,当pH>3.5,α-羧基以-COO-形式存在。α-氨基pK2在9.4左右,当pH<8.0时,α-氨基以α-NH+3形式存在。在pH3.5-8.0时,带有相反电荷,因此氨基酸在水溶液中是以两性离子离子形式存在。
Gly溶点232℃比相应的乙酸(16.5℃)、乙胺(-80.5℃)高,可推测氨基酸在晶体状态也是以两性离子形式存在。StructuresofAminoAcidsInneutralsolution,theCOOHisionized(解离)andtheNH2isprotonated(质子化)Theresultingstructureshave“+”and“-”charges(adipolarion,orzwitterion(两性离子))Theyarelikeionicsaltsinsolution氨基酸的两性性质2氨基酸的两性解离和酸碱滴定曲线Pk2是AA的NH3+被滴定一半时的pH(
NH3+释放H+)Pk1是AA的coo-被滴定一半时的pH(coo-结合H+)氨基酸的等电点等电点(pI)
当溶液处于某一特定pH时,氨基酸主要以两性离子存在,其净电荷为零,在电场中既不向正极也不向负极移动,这时溶液的pH值叫该氨基酸的等电点,用pI表示。对氨基酸而言,等电点就是它的等离点,即正负离子相等时的pH值。pIDependsonSideChainThe15aminoacidsthiol,hydroxylgroupsorpurehydrocarbonsidechainshavepI=5.0to6.5(averageofthepKa’s)DandEhaveacidicsidechainsandalowerpIH,R,KhavebasicsidechainsandhigherpI氨基酸等电点(pI)的计算中性氨基酸:pI=1/2(pk1+pK2)酸性氨基酸:pI=1/2(pk1+pKR)碱性氨基酸:pI=1/2(pk2+pKR)五、氨基酸的化学反应1、与茚三酮反应茚三酮在弱酸中与α-氨基酸共热,引起氨基酸的氧化脱氨,脱羧反应,最后,茚三酮与反应产物——氨和还原茚三酮反应,生成紫色物质。(λmax=570nm)
定性、定量。2、与DNFP(2.4一二硝基氟苯)反应:Sanger反应二硝基苯基氨基酸(DNP-氨基酸),黄色,层析法鉴定,被Sanger用来测定多肽的NH2末端氨基酸。3、与苯异硫氰酸酯反应:PTH-氨基酸,无色,可以用层析法分离鉴定。被Edman用来鉴定多肽的NH2末端氨基酸。4、生成肽键:5、与苄氧羰基氯反应
氨基酸侧链基团的部分反应R基名称
化学反应
用途及重要性
苯环黄色反应:与硝酸作用产生黄色物质。定性分析Phe,Tyr.
酚基Millon反应:与HNO3,Hg(NO3)2和HNO3反应成红色。Folin反应:酚基可还原磷钼酸,磷钨酸成兰色物质。定性分析Tyr
吲哚基乙醛酸反应:与乙醛酸或二甲基氨甲醛反应,产生紫红色化合物。还原磷钼酸,磷钨酸成钼蓝,钨蓝。鉴定Trp胍基坂口反应(Sakaguchi反应):在碱性溶液中胍基与含有a-萘酚及次氯酸钠的物质反应成红色物质。鉴定Arg咪唑基Pauly反应:与重氮盐化合物结合生成棕红色物质。测定His,Tyr巯基亚硝基亚铁氰酸钠反应:在稀氨溶液中与亚硝基亚铁氰酸钠反应成红色。
Cys的测定羟基与乙酸或磷酸作用成酯。保护Ser,Thr(1)茚三酮反应
AA+水合茚三酮蓝紫色化合物(2)Sanger反应
AA+DNFBDNP氨基酸(黄色)(3)Dansyl-cl反应
AA+DNS-ClDNP氨基酸(荧光)(4)Edman反应
AA+PITCPTC-AAPTH-AA+H2O加热NaHCO3pH8-9、室温pH9.7pH8.3无水HF六、氨基酸的分离和分析1、
电泳分离
电泳的基本原理
举例:Glu、Leu、His、Lys,4种混合样,在pH6.0时,泳动方向及相对速度。
GluLeuHisLys
pI3.225.987.599.742、
滤纸层析和薄层层析分配原理层析法――色层分析法(吸附层析法)系统的组成固定相(静相)流动相(动相)分配系数―描述混合物的在这两相中的分配情况分配定律――当一种溶质在两种一定的互不相溶的溶剂中分配时,在一定的温度下达到平衡后,溶质在两相中的浓度比值为一常数。即分配系数(kd)。
CA――在A相(动相)中的浓度
Kd=――――
CB――在B相(静相)中的浓度物质分配液-液固-液气-液有效分
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