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文档简介
Preparedon24November2020
MimicsInnovationSuite
基于解剖学的工程学
Mimics培训手册
/公告
这本培训手册是为了帮助用户顺利地开始Mimics软件的使用而编写的,并不能够代替
Mimics用户手册,也不能代替Materialise公司提供的培训。
这本培训手册在不同的练习中使用了Mimics全部的模块,如果没有相关模块的使
用权无法完成练习。请注意:这本培训手册的使用以熟悉Windows系统操作技能
为前提。
听而易忘
见而易记
做而易般
孔子
2011Materialise
Mimics,Materialise,andanyandallMaterialisebrand,product,serviceandfeature
names,logosandslogansmentionedinthisdocumentareregisteredtrademarks
and/ortradenamesofMaterialiseandareprotectedbytrademarklawsintheUnited
Statesorothercountries.Allotherbrand,product,serviceandfeaturenamesor
trademarksarethepropertyoftheirrespectiveowners.Nouserhasanyright,title,or
interestinthosemarksornamesnotpreviouslyexpresslygrantedinwritingtosuch
userbyMaterialise.
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/目录
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/Mimics简介
Mimics是一个连接二维图像数据b,MRI,工业扫描数据和三维工程学应用的图像
处理工具。应用领域包括:解剖学测量、三维分析、有限元分析胃已"、客制化植入体
或装置设计、加法制邀也被称为三维打为以及手术计划和模拟。
通过使用Mimics的图像分割方法,用户能够从医学数据中选择特点的感兴趣区域,
将结果计算成精确的三维模型。
Mimics的功能模块为用户提供了其它应用领域的接口。这意味着Mimics的功能可以
方便的根据用户的需要进行组合。
另外,Mimics是MimicsInnovationSuite的一部分,这一套装也包括了3-matic。在套装中,Mimics
被用来生成精确的三维模型,之后3-matic被用来在解剖学模型的基础上进行设计和
网格操作。因此,3-matic极大程度的扩展了Mimics在基于解剖数据的工程学方面
的应用的可能性。
Mimics被广泛的应用在骨科、颌面外科以及心血管行业的学术及商业研究领域。
Mimics的主要优势:
•Mimics界面友好容易掌握。
•快速的分割工具(基于阈值和轮廓)和精确的三维计算保证了快捷的取道精细的三
维模型。
・Mimics在ISO环境下开发,具有CE初FDA市场认证。
•M\E\cs基于市场要求持续开发,每年有两个版本的更新。
・当Mimics和3-matic被联合应用时,用户可以直接在STL文件的基础上进
行设计和网格操作,无需逆向工程。这使用户可以:
o基于解剖数据改进植入体
o设计客制化的植入体和手术导板
・Mimics的才发旖Materialise是创新软件和加法制造技术的世界领跑者。
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Mimics模块
Mimics包括多个模块。下方的图片给出了基础模块与功能模块之间的链接,以及主要的应用领域。
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/导入图像
这一章的练习会帮助您了解:
如何导入bmp图像以及对图像尺寸进行修改
,如何自动导入DICOM数据
'确以图像方向
注意
Mimics不仅支持Dicom格式数据,而且能够直接导入扫描原始数据。这些数据可以
通过硬盘、光盘或磁盘导入。Mimics也支持BMP,JPEG以及TIFF格式文件的导
Ao源文件可以通过在importwizard的第一步选择torcemanualimport的方式手动
导入。
在开始之前
保证您已经安装了培训数据、头影测量数据库以及牵引器数据库。您可以在培训光盘
中找到这些安装程序。
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练习1.昱Abitmap图像
1.从主工具栏中选择newprojectwizard
2.浏^TrainingData文件夹
(C\MedData\TrainingData)/选择BITMAPjf件夹.
点击Next.
3.在Imageproperties窗口标示出扫描分辨率。
像素大小%256pm,层距为4mm。然后选择Next.
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4.空尸一个雄77Editimages,您可以通过调节图像周围的线框的大小来对该项目进行修剪。
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5.在这个窗口,您也可以编辑像素映射图
的属性。完成编辑后,点击Next.
6.在方向窗口标示出图像的方向。点击0K打开Mimics项目,您就可以开始进行图像分割T\
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练习2:反ADICOM图像
1.从主工具栏选择newprojectwizard
2.浏览$11TrainingData文徉夹(C\MedData\TrainingData),选择
DICOM文件夹。点击Next.
3.Mimics会直接读取DICOM图像所带有的标签,自动创建一个Mimics项目
文件。点击
Convert完成转化。
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4.在方向窗口确定图像方向
5.点击0K打开项目。
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/导航&项目管理器
这一章的内容将告诉您如何浏览图像。所涵盖的内容如下:
"一键导航功能的使用
"通过窗口操作增强图像数据的可视性
图像的放大缩小
'图像的平移
"快捷键
"Mimics帮助
选项
项目管理器给您提供了该项目所有对象的概况。在项目管理器中可以通过标签工具栏
迅速实现对象最常用的功能。其余的操作在action的按钮下被列出。
这个练习使用的数据文件来自“自动导入”练习。
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练习t导航
任务1.一键导航、放大缩小、平移
1.在一个视图上(例如轴位视图)点击一次鼠标左键,所有的视图都会立刻
更新显示同一个点。
一键导航在三维模型上也同样适用。
2.点击主工具栏中的,zoorri'工具,按住鼠标左键在感兴趣的区域拖拽一
个方框。
3.4想恢复原来大小,选择'unzoomtoor点击您想要恢复原来大小的区
域。
4.口选择、u\\screed工具将其中一个视图放大到全屏。
_5.选择'PanMeW'工具来平移视图,按住左键移动鼠标。
选择"unzoom”点击想要操作的视图,使视图恢复原来位置。
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任务2.快捷键的使用
1.尝试快捷键的使
用
Shift+鼠标右键平移:按住鼠标右键移动
缩放:按住鼠标右键垂直移动来放
Ctrl+鼠标右键大缩小
ArrowUp/藤超1up进入下一层
ArrowDown/^^down进入前一层
PageUp向上进10层
PageDown向下进10层
CTRL+L使层指示器可见不可见
空格键使鼠标所在视窗放大到全屏
在放大缩小和恢复原始大小之间
回格键切换
任务3.帮助文档
您可以通过Mimics的帮助文档来学习新的技巧。
1.您可以通过访问菜单栏打开帮助文档,访问路径如下He\pGeneral
Help或按F1
打开帮助文档.
2.选择主菜单栏中的“contexthelp"按钮,打开对某一特定工具的帮助文
档。选择后,点击您想要查询的工具,帮助文档就会立刻打开到相关页面。
3.0想了解更多项目相关信息(患者信息,扫描协议等)您可以点击工具栏中
的DisplayProjectInformation按钮。
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练习2.项目管理器
项目管理器是所有Mimics对象的数据库,每个标签都对应着Mimics的一个对象类
型。最常用的工具在项目管理器的每个标签下方列出。当您点击action按钮时,会
看到所有工具的列表。
任务1.熟悉项目管理器的使用
1.盾I点击PM按钮使其变得可见,或者通过View-ProjectManagement
来查看
2.熟悉不同的标签和不同的工具栏。
3.▼每个标签都包含了一个action按钮,列出了所有已选择操作对象可用的
工具。
任务2.视窗操作
视窗操作让您能够将图像的灰度值线形地映射到您的显示器。CT图像的灰度值是以
Hounsfield(HU)痂漫家表示的。这个标度共有4095个梯度02bits),这些梯度映射
到您显示器的256个灰阶型bits)。
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涵盖了直方图上全部范围的视窗可以观察到所有的组织。而范围较窄的视窗使您能够
更好的观察软组织或松质骨内部的细微差别。
1.选择项目管理器中的Contrast标签。
2.左键按住线或两端点其中一点,移动鼠标改变
窗口设置。试着改善软组织结构的对比度。
这一操作只能改变对比度设置,不会影响接下来的阈值分割。
3.观察不同的对比度预设置
任务3.体渲染
体渲染使您能够不经过任何瞬值分割,迅速的实现二维图像的三维可视化。三维对象
基于数据的体素信息而建立。
体素的透明度由灰度值决定。体渲染是纯粹的可视化工具,不能用来做其它操作(例
如数据的导出)。
1.选择Volumerendering标签。从预先确定的设置中,选承Boneand
SoftTissue".
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2.在三维工具栏中激活volumerendering按钮。
3.通过降低体渲染图表的第二个点来使软组织变得透明。
4.右键点击彩色栏的第五个点。选择Changecolor将显示颜色改为红棕
色。
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操作后请关闭volumerendering按钮。Volumerendering比较占用系统资源,会使操作变慢。
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/测量工具
本章练习帮助您学习不同测量工具的使用:
距离测量
角度测星
密度潮量
例面线
标注
测量结果和坐标信息可以以TXT的格式被输出,在统计软件中进行进一步的分析。
剖面线以图表形式给出了沿着该线的图像密度信息。这个图表是好的阈值分割的第一
步。在下一章中我们会详细解释。
标注工具使您能够在二维图像或三维对象上增加注释。这些注释可以被用于和接下来
的研究人员、修复医师及医生等之间的交流。
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练习1.测量工具
任务1.距离测量
1.激活measurement工具栏。
2./+遴荐distancemeasuretool.在图像上点击两次来指出要测量的距离。
3.现在来创造一个新的距离测量,我们来到measurements标签,点击工具栏
上的‘new"按钮。选择distancemeasure.在图像上点击两次来确定要测量的
距离。
任务2,角度测量
1.使用任务1中的方法在不同层创造角度测量。
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2.选择measurement标签里的一个距离测量。使用locate按钮来定位
这一测量。
任务3.测量的导出
1.将测量以TXT.格式导出,路径Export-Txt...
2.选择要导出的测量结果,点击'add'.
点击“0K”来导出测量结果及坐标信息到指定的目录下。
任务4.密度测量
密度测量工具测量在椭圆或矩形内的平均密度。
1.□。逸萍其中一0'Density”工具,点击想要测量的区域。这一测量会给出
面积,平均密度以及标准差。
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2.按住椭圆或矩形上的点可以改变测量工具的大小。
练习2.剖面线
剖面线给出了沿着该线分布的Hounsfield值或灰度值的分布情况。
1.匕在轴位视窗跨过股骨头画一条剖面线。选择profileline点击图像两次来创造一条剖面线。
2.为了能够更好的观察软组织,皮质骨及松质骨的过渡,选承Scaletofit”选
项。
练习3.评注
使用标注工具可以在图像或三维对象上添加注释。
1.AddTextAnnotation"点击要添加标注的位置。
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2.在跳出的对话框中添加注释,然后点击,0K.
您可以通过按住箭头和内容来移动其位置。
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/基本阈值分割&三维模型操作
阈值分割是从二维图像提取三维信息的非常重要的第一步。Mimics有很多工具帮助您
高效提取您感兴趣区域。
本章练习描述了基于Hounsfield值进行组织提取的方法。从这一选择,或mask开
始,您可以进行3Dmodel的计算,步骤如下:
1.阈值分割:通过选择一定的像素灰度值范围来定义一个对象
2.区域增长:只选择相连的像素
3.计算三维模型:由mask计算三维模型
接下来的练习将为您介绍不同的三维操作工具:
旋转和平移
放大缩小
透明度选项
在二维视窗显示三维模型的轮廓
剖切
三维定位
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练习1.髅部的分割
任务1.阈值分割(使用剖面线)
口阈值分割是通过选择一定的像素灰度值范围来定义一个对象的一种分割方法。
1.一、到measurement标签中,选择profileline,点击locate按钮来定位
profileline。
2.通过选择properties按钮打开profileline对话框。
3.点击'startthresholding*',您可以通过按住鼠标左键选择绿色的线移动来改
变最低阈值。当最低阈值降低后,您可以看到您选择了软组织。当您选择
了一个较高的阈值,您会发现您只选择了致密的骨皮质。
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在CT图像中选择骨组织的经验方法是将最低阈值放在皮质骨峰的1\3处。在这个项目中,选择骨组织
的合适最低阈值为255。
在进行阈值分割操作时,您仍然可以进行图像的导航。这有利于您确定自己选择的正
确性!
任务2.计算三维模型
Calculate3D工具基于mask计算三维模型。
1.♦在mask标签栏您会发现出现了一个绿色的masko
为了计算三维模型,选择greenmask点击
"calculate3D”按钮。您可以在mask标签的工具栏中
找到这个按钮。
2.在calculate3D对话框,您可以选择不同的模型质量。选择高质量的设置
需要更长的计算时间,但是会得到更精确的三维模型。
在这个练习中,我们只是快速的预览一下我们的三维模型,所以选择Low.
点击'Calculate”梗计堂继续。
3.一个跳出的窗口提示要生成的模型包含多个部分。点击,Yes”继续。
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通过对感兴趣区域的区域增长可以避免此类对话框的弹出。这一功能键我们会在下个
任务中详细说明。
4.结果:
任务3.区域增长
区域增长从选择的对象中分离去掉离散的体素。
1.我们用区域增长的方法来将静脉以及一些离散的体素从髓部上分
离出来。
从segmentation工具栏或mask标签栏的action列表中选择“regiongrowing”工具。
在区域增长前需要先进行阈值分割,因为当阈值改变,所有之前的工作都会的丢失。
2.在骨头的部分点击鼠标,所有相连的体素都会被添加到新的yellowmask
中。
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KeepMultiplelayer,不选LeaveOriginalMask。区域增长会在多层,而不只是一层进行。
3.*重新计算三维模型来观察结果。
在mask标签中选择yellowmask点击calculate3D按钮。这次的质量选择为optimal.
4.结果:
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练习2.分离动脉I;
阈值法
任务1.阈值分割(使用剖面线)和区域增长
1.单击mask标签的"new/'创造一个新的mask。
2.£\点击跳出阈值分割窗口的Apply,然后点击clearmask按钮。
3.在动脉上画一条剖面线。点击'startthresholding’.
将最低阈值设为176,最高阈值设为280o
4.用区域增长来把动脉和骨组织分开。
任务3.计算三维模型
1.在mask标签栏选择Fuchsiamask.再次点击mask的名字:Tuchsia",您现在可以改变
mask的名■先把名字改为Artery。用同样的方法,您引以把Yellowmask成为Bone。
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2.洪选择其余的mask,单击"delete"按钮来删除它们。
为了方便区分,请给mask重新命名。当您创建了许多mask的时候,重新命名可
以帮助您了解哪个mask包含了什么内容。
3./龙荐Arterymask,点击Calculate3D按钮。
在calculate3D"对话框中,选择customquality,点击options。在选项中
选择不同的质量设置,观察参数是如何变化的。
InterpolationMethod:医学图像通常使用"Contourinterpolation”.Grayvalue
interpolation一般被
用于处理工业CT图像。
Slices:通过规定切层的位置(例如:半个颅部)可以重建特定的部位。
MatrixReduction:
这个选项能够改变创建的三角片的质量(三维模型是由三角片组成的)。
"XY"reduction将像素组合,“
Z"reduction将体素组合。
Shellreduction:使用该选项得到有着最大表面的she"。具体数值会影响生成的
shell的数量。小的shell则不会被计算出来。
Smoothing:5iterations(迭代次数),factor的值在0和1之间,1表示光滑的程度
最高。需要注意的
是进行光顺会损失模型的精度。
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Trianglereduction:使用这个工具来减少三角片的数量不会损失太多的精度。
Tolerance应该设置在
像素值/8左右,EdgeAngle设为20,Iterations设为10。
4.Highqualitysetting透Rsmoothing.在选项对话框中点击'OK然后点击G怎cu\市e3D
计算三维模型。
5.刊点击s央e按钮保存项目。
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练习3.分离动脉II;
动态区域增长法
这次我们使用动态区域增长工具来分离动脉。
动态区域增长是带有动态阈值范围的区域增长工具。由一个种子点开始,向感兴趣区
域生长,并且以动态阈值范围为边界。
这个工具对于分离脉管结构,如动脉或者小气道是非常有用的。
任务1.动态区域增长
1./(segmentation工<栏或mask标签栏的激活菜单选择,dynamicregiongrowing工具。
2.点击图襟中的动脉,所有相连的体素都会被添加到新的orangemask.
在这个例子中,为了得到最好的分离效果,将deviation的最大值设为40HU将最小
值设为30HUo
选中FillCavities填补选中mask中小的缝隙,选中MultipleLayer来对整个数
据集而不是单层图像进行操作。
3.♦计算三维模型检查结果。选择mask点击Calculate3D按钮。再次选择
Highquality«
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4.结果:
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练习4.三维导航
对三维对象的导航和对二维图像的导航是基本类似的,有着相同的工具和快捷方式。
任务1.一键导航、放大缩小、平移、旋转
1.通过左键点击三维模型上一点,使所有二维图像迅速追踪到同一点。
2.i&在主菜单栏上点击zoom工具。在三维对象上画一个方框来放大方框内
选中的对象。
3.也要使显示恢复原来大小,unzoomtool,然后点击三维视窗。
4.□选择zoomto“fullscreen”d或按分整建使三维视窗放大至全屏。
5.+从主工具栏或3D工具栏中选择,pad工具进行视图移动。鼠标左键按
住3D视图进行移动。选择,unzoom”点击想要操作的视图,使视图恢复原
来位置。
6.0
选择rotate按钮,在3D视窗中按住鼠标左键移动来旋转3D对象。当松
开鼠标后,旋转视图的功能也就不再处于激活状态了。
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旋转的模式和您点击的部位是有关的。当您点击视窗的周围时,三维对象是绕着垂直
于视窗的轴进行旋转的。点击对象中心时,对象是按照其垂直轴或水平轴来进行旋转
的。
任务2.使用快捷方式进行导航
1.尝试这些快捷键的使用
鼠标右键旋转:长按住鼠标右键移动鼠标
SHIFT平移:长按住鼠标右键和SHIFT键移动进行平移
放大缩小:长按住鼠标右键和CTRL键垂直移动鼠标进
CTRL+鼠标右键行敖夫缩小
ArrowUp/PageUp分步向上旋转
ArrowDown/PageDown分步向下旋转
ArrowRight/End分步向右旋转
ArrowLeft/Home分步向左旋转
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练习5.从骨盆上分离脊椎
在本次练习中,您将学到如何使用Editmasks工具分开相连的两个部分。
1.在复制bonemask,选择要操作的mask点击Duplicate按钮。
2.在冠状位视窗中,您可以清楚的看到脊椎和骼骨相连的情况。
3.,为了把它们分开我们要使用Editmask工具。这个工具让您能够像在
Paint中编辑图片一样的对mask进行编辑。你可以选择以下编辑模式:
'Draw(Ctrl+D):通过光标在像素上移动来对激活的maa增加像素。
'Erase(Ctrl+E):通过在图像上移动光标来擦除激活mask上的像素。
'Threshold(Ctrl+T):这一模式用来设定一个局部阈值。在您光标所在区
域应用该局部阈值分割。
4.将光标的类型设为Circle,选择Erase模式,在轴面视窗移出骼骨所在的
像素。
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按住CTRL键和鼠标左键来改变光标的大小,左/右移动鼠标来使光标变大/小。
为了分开两个部分,您只需要将mask中相连接的部分擦除。您不需要将其中一个部
分完全的擦除。之后我们可以使用区域增长来将已经不相连的两个部分分离开。
需要注意的是,两个部分可能会在不同的层面出现连接的部分。两个部分可能在每一
层已经没有连接的部分,但是在层间还存在连接。所以在编辑的时候范围相对广一
些,以避免这种情况的出现。
5.移除像素后使用regiongrowing工具。选中脊椎,将‘Red"mask重命
名为'Spine”
6.Z我们现在使用Buaean减法来生成只有骨盆的mask
选择Booleanfunction,从Bone中减掉Spine生成新的mask
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7.您现在可以分别计算骨盆及脊柱的三维模型。
您可以使用同样的步骤将股骨从骨盆上分离出来。
记得保存项目!
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练习6.三维工具
在本次练习中,您可以对应用于三维模型的不同工具有一个概览。
1.「在"3Dobjects''标签中,您可以通过点击信息按钮检查三维模型的属
性。在
properties对语暂声,您可以改变三维模型的颜色以及名字。同时对话框也
给出了不同的测量数据,如表面积、体积、三角片的数量等…
2.在三维模型处于可视的状态时,您可以在二维图像中高亮显示三维模型的轮
廓,在3Dobjects标签中contour栏点亮眼镜。这一轮廓有助您评价三维
模型的精确度。
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3.叵在三维工具栏中选择transparency工具,这使您能够看到三维对象的
内表面形态。您
还可以在3Dobject标签栏或3Dproperties中设置透明的程度。
4.
Transparency工具7T方效是clipping工具,这一工具能够帮助您按照切层
的位置来剖切三维对象。选择Clipping工具进行轴向的剖切,在轴向视窗
滚动鼠标滚轮来改变剖切平面。为了在其它平面进行剖切,选择clipping
标签栏.选择saggital平面。
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Clipping标签中的其它选项如下:
Clip:当该选项位于缺省状态下时,剖切平面的方向由视角来定义。当您选择了其中一
边时,您就固定
了剖切的一半。
Lock:剖切平面的位置通过切层的位置来定义。不选择lock,您就可以通过Clipping
标签底部的滑块
来定义剖切的平面。
Texture:设置剖切平面的质地。您可以选择对象组织、全部切层以及无对象三种质
地。
Clipping标签栏的下拉菜单使您可以选择要进行剖切的三维对象。
前面章节所描述的距离和角度测量同样可以应用于三维对象。
5./到Measurement工具栏中选择DistanceMeasurement/直接在三维对象上标记点。
6.+《:AngleMeasurement的操作同上。
7.』使用MeasureDistanceOverSurface工具测量表面上两点之间的最短
路径。
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练习7.提取膝关节
3D磁性套索功能
3D磁性套索工具国是一种交互式的分割方法,您可以在对象的二维边界指定一些点
来确定轮廓。基于这些轮廓,三维mask能够根据对象的实际边缘被创建。这一功能
非常适合用于分割提取MR以及低分辨率图像。
任务1:使用3D磁性套索提取胫骨
1.宜通过路径File-Openproject打开项目文件。君
是一组膝关节的MR数据。
2.田在segmentation标签栏,点击3DLiveWire按钮。
3.窗口弹出。选择<NewMask>作为Target
4.在冠状位视窗选择切层。
5.用您的鼠标点击选择胫骨的边缘。选
择边缘。当您需要直线的时候,按
CTRL按钮。
双击鼠标闭合曲线。
6.在第*81,和53层重复这一操作。
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7.在矢状位视窗选择第105层。
使用磁性套索选择胫骨的边缘轮廓。
8.在第90,83,64和41层重复这一操作。
9.在轴位视窗,您会看到根据冠状位和矢状位视窗的轮廓线而生成的结构
线。
10.浏览轴位图像。删除不必要的结构线。
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11.点击LiveWire工具栏里的Segment。
创建mask,点LiveWire工具栏里的Close。
12.少浏览图像检查masko在个别部位可能需要手动的编辑。添加mask
缺损的像素或者擦除不属于mask的多余的像素。
13.对GreenMask进行RegionGrowing()
14.'D点击Segmentation工具栏中SmoothMask按钮,光顺mask两次。
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15.%根据yellowmask使用highquality计算三维模型。
16.帮到工具栏的Tools中选择Wrap按钮,对三维模型进行包裹运
算。
17.6皿泼栏Tools中选卒Smoothing按钮,对三维模型进行光顺。
迭代3次。
18.结果如下:
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/导出功能
本章内容帮助您对Mimics基础模块和不L+模块的导出选项有一个概要的了解。
在Mimics基础模块中您可以将原始的医学图像以Dicom的格式导出。您也可以将
当前激活的Mask信息,通过将切层以BMP/JPEG的格式导出的方式导出。
灰度值选项,将mask中体素的灰度值和坐标信息一同导出。
导出影片选项帮助您以影片的形式导出正在操作Mimics用户界面,另外这个选项也
能够导出旋转的三维对象影片。
STL+模块让您能够以如下格式导出三维信息:
BinarySTL
ASCIISTL
MGX(STLZip)
DXF
VRML
PLY
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练习1.导出切层
任务1.导出DICOM
1.在Export菜单中,选择ExporttoDicom
2.在Dicomexport对话框中虚择目标文件夹点击OK导出数据。
任务2,导出BMP
1.在Export菜单中,选择ExporttoBMP/JPEG
2.在对话框中,您可以选择您想导出的视窗。您可以选择导出所有图像或其中
的一部分图像。
任务3.导出电影
1.在export菜单中,选择exporttoMovie
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1
2.选择录制按钮开始屏幕捕捉。您可以同时捕捉您的操作过程。点击停止按钮停止捕捉.
如果想录制旋转的三维模型,请在选项中选中Autorotate3Dview并且录制BottomRightView.
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练习2.导出STL
所有不L+的导出方式都和本次练习讲解的导出方式类似。
1.导出STL的操作是很简单的。在export菜单中,选择exporttoBinary
STL。
2.螃3D标签。从列表中选择要导出的对象点击Add次宾•复■制期Objecttoconvert”列表。
3.向您可以通过点击文件夹形按钮来改变输出路径。点击Finish完成导
出。
您也可以从mask开始计算三维模型。这么做的好处是可以为计算三维模型提供更
多的内存。
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/高级分割
本章对高级分割工具进行了介绍,这些工具使分割变得更快捷而简便。本章练习将向
您解释以下操作:
CropMask
Morphologicaloperations
Editmaskin3D
Multipleslicesegmentation
要请您注意的是,为了进行分割我们通常要进行以下步骤:
1.Thresholding:塞干陵敢对家
2.Cropmask:将mask限制至感兴趣的区域
3.RegionGrow:去除离散的像素,分割不同部位
4.Calculate3D:在3D视图下分析分割情况
5.Editmask:将另外一个部分与目标相连的像素去除gS\tmask,multipleslice
edit,Morphologicaloperations)
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练习1.分离脑组织
任务1.修剪感兴趣的区域
1.宜通过路径File-Openproject打开项目。
这是T1加权像脑部磁共振片。
2.对该数据集使用图像滤波器。对比不同滤波器对图像的不同影响。
对于该数据最适合的滤波器是CurvatureFlow,将timestep设为,迭代次数5.
3.跨过脑画一条剖面线。以曲线图为基础定义阈值范围。注意脑的前部比较亮
而后部比较暗。这是MRI常见的鹰像,是由于组织的不均一性造成的。这使
分割变得更困难。在设定阈值时尽量将整个脑部都包括在内。
对这个案幽较合适的阈值范围是400到1330.
4.雷使用CropMask工具将感兴趣的区域限制在脑组织周围。鼠标左键按住
方框的一边拖拽,改变方框的大小,点击0K修剪masko
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5.选择regiongrowing工具,在脑组织上点击,来去除离散的像素。
您会注意到部分头部的软组织和脑还是相连的,我们要在下一个任务中分离
它们。
任务2.形态学操作:
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