T∕NXSLX 0606-2025 荷斯坦牛分子育种低密度 10K 功能芯片设 计规范

ICS65.020.30CCSB40NXSLX宁夏饲料工业协会团体标准T/NXSLX0606—2025荷斯坦牛分子育种低密度10K功能芯片设计规范NingxiaHolsteinCattleMolecularBreeding-SpecificationforDesignofLow-Density10KFunctionalChip2025-11-13发布 2025-12-13实施宁夏饲料工业协会  发布T/NXSLX0606T/NXSLX0606—2025前 言本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则 第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定起草。本文件的发布机构对文件内容涉及的技术方法不承担商业应用的专利担保责任。本文件由宁夏大学提出。本文件由宁夏饲料工业协会归口。本文件起草单位：宁夏大学、宁夏回族自治区畜牧工作站、中国农业大学、扬州大学。IT/NXSLX0606T/NXSLX0606—2025PAGEPAGE1荷斯坦牛分子育种低密度10K功能芯片设计规范范围本标准规定了荷斯坦牛分子育种低密度10K功能芯片（以下简称“10K功能芯片”）的术语和定义、设计流程、质量要求与检验及应用要求。本标准适用于荷斯坦牛分子育种领域中，低密度10K功能芯片的设计、开发及相关质量控制过程；畜禽分子育种低密度功能芯片设计可参照本标准执行。规范性引用文件（包括所有的修改单适用于本文件。GB/T40184畜禽基因组选择育种技术规程术语和定义下列术语和定义适用于本文件。10K（Low-density10Kfunctionalchip）10000（以SNPINDEL和目标区段是基于液相探针捕获技术开发的低成本、高准确性分子育种检测芯片。SNP：指在基因组水平上由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性。INDEL：指在DNA序列中，相对于一个参考序列，发生的小片段的插入或缺失变异。设计流程目标位点初步筛选基础数据来源GB/T40184中基因型测定环节的DNA质量及数据完整性要求，即基因型数据完整率≥98%。SNP9000个核心SNP重要遗传功能位点补充在核心SNP位点基础上，需补充收集约1000个与产奶、抗病、繁殖等关键经济性状及品种鉴别、适应性、遗传健康等品种特异性相关的已知功能位点，共同构成约为10000个位点的初步目标位点集。探针设计及合成位点核对将初步目标位点集提交至专业机构，核对位点的基因组位置准确性及序列唯一性，剔除无效位点。探针设计基于GenoBaits液相探针捕获技术的探针设计，需满足以下三项核心质控要求：110bp100bp120bpGC～70之间。5探针设计必须排除基因组中的未测准或未组装区域，包括高度重复序列区及组装缺口区。检测面板（Panel）合成探针测试及优化测试样本选取一定数量具有代表性的群体样本，提取符合质量要求的基因组DNA。位点选择测试应基于涵盖SNP、INDEL及目标区段的基准位点集进行探针捕获与检测，以全面评估探针性能。探针优化基于大规模样本测试结果，通过多维度分层优化实现探针库性能提升，具体优化规则如下：剔除检测失败率高于设定阈值1的探针，减少无效探针对整体检测效率的影响。针对GC含量异常的探针实施序列调整，异常判定标准为GC含量＜30，或＞70，通过序列重构改善探针结合稳定性。优化后需满足核心性能指标，探针组捕获效率保持稳定，其变异系数控制在5以内。位点集的筛选与验证位点集筛选选取经优化后满足性能要求的位点形成最终位点集。位点检出率验证基于足够数量的代表性样本的检测数据完成位点检出率验证，最终10K功能芯片的平均位点检出率需≥99%，单一样本位点检出率≥98.5%，可确认位点集与探针设计合格。质量要求与检验探针质量准确性探针与设计目标序列的一致性应≥99.9。采用Sanger测序法，随机抽取探针总数≥1的探针进行测序，与设计序列进行比对。纯度经高效液相色谱法纯化后，探针纯度应≥95。GB/T40184稳定性在-20℃±5（123。取储存至有效期的探针与同批次新鲜探针，在相同条件下检测同一组标准样本，比较其捕获效率。位点质量特异性目标位点与非目标位点的交叉反应率应≤0.1。PCR重复性对同一样本进行重复检测，位点检出率的变异系数应≤1。33检测性能位点检出率芯片平均位点检出率应≥99，单一样本的位点检出率应≥98.5。DNA（10样本适应性DNA20ng/μL~50ng/μLOD260/2801.8~2.0DNA检测周期从接收合格样本至出具检测结果的总周期应不超过7个工作日。应用要求试剂盒开发10K功能芯片设计合格后，应由专业机构，依据本标准要求开发配套检测试剂盒，试剂盒需包含探针、反应缓冲液、对照品及详细操作说明书。应用场景GB/T40184中畜禽基因组选择育种技术要求，应用场景包括群体遗传多样性评估、关键经济性状的遗传标记辅助选择、品种纯度鉴定等。数据管理参 考 文 献[1]中华人民共和国农业农村部2021年发布《全国奶牛遗传改良计划（2021—2035年）》[2]中华人民共和国农