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文档简介
基因序列中的一些名词区别
在基因与基因工程学习中,经常会出现一些教材中没有详细介绍
的名词。给解题带来困惑。
一、各个名词的逻辑关系
非编码区
DNA内含子
<(
编码区转录hr#NA(nWMA曲体)剪切掉内含子
IJ、外显子>-----------------------
LJ
CDS是褊码一段蛋白产物的序列
r
或热rrRNA(下面都是外显子)
"UTR(译区)
二、各个名词的具体解释
1、基因分为编码区和非编码区,编码区包含外显子和内含子,
一般非编码区具有基因表达的调控功能,如启动子在非编码区。编码
区则转录为mRNA并最终由外显子部分翻译成多肽(蛋白质)。
2、内含子(intron)是真核生物细胞DNA中的间插序列。这些
序列被转录在前体RNA中,经过剪接被去除,最终不存在于成熟RNA
分子中。内含子和外显子的交替排列构成了割裂基因。在前体RNA
中的内含子常被称作“间插序列”。在转录后的加工中,它比外显子
有更多的突变。内含子是一段特殊的DNA序列。
3、外显子(expressedregion),是真核生物基因的一部分,它
在剪接后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋
白质。外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列,又称表达序列。
既存在于最初的转录产物中,也存在于成熟的RNA分子中的核甘酸
序列。通过确定在多种生物中出现的片段来鉴定编码区域,而外显子
的保守性可以作为这种鉴定的基础。
4、开放阅读框ORF(openreadingframe)它是理论上的蛋白编
码区,一般是先在DNA序列中寻找起始密码子(AUG)对应的序列
ATG,然后按每3个碱基一组向后延伸,一直到出现终止密码子(UAG、
UGA^UAA)对应的序列。
5、CDS(codingsequences)它就是与蛋白序列---对应的DNA
序列,并且序列中间不存在其他与蛋白无关的序列,和真实情况最接
近。
6、UTR(UntranslatedRegions)即非翻译区,是信使RNA(mRNA)
分子两端的非编码片段。5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟喋吟核昔酸
帽延伸至AUG起始密码子,3'-UTR从编码区末端的终止密码子延伸
至多聚A尾巴(Poly-A)的前端。
三、CDS和ORF的区另I」
CDS:它就是与蛋白序列一一对应的DNA序列,并且序列中间不
存在其他与蛋白无关的序列,和真实情况最接近。
ORF:理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主
要是利用电脑程序)得到的。程序会自动在DNA序列中寻找启动因
子(ATG或AUG),然后按每3个核酸一组,一直延伸寻找下去,直
到碰到终止因子(TAA或TAG)。程序把这个区域当成ORF区,认为
理论上可以编码一组氨基酸。但问题是,在一个整体核酸序列中寻找
ATG并不靠谱。因为寻找到的ATG很可能是两个氨基酸编码片段的尾
和头的混合体。
比如AACGCATGCAGC序歹U
如果以T为中心,会有三种编码组合的可能。即:
(1)ATG(T在中心)电脑程序发现的启动因子的组合
(2)CAT(T在最右侧)
(3)TGC(T在最左侧)本例中实际核酸编码的组合。
这就是ORF三种框架的来源。实际上,DNA序列可以按六种框
架阅读和翻译(每条链三种,双链对应六种不同的三联密码子)。
所以,我们说ORF只是理论上的编码区,与真实的情景可能并
不一样。
四、启动子与起始密码子、终止子与终止密码子有何区别?
启动子与起始密码子、终止子与终止密码子看起来似乎差不多,
实际上却是两组截然不同的概念,根本就没有共同点。
简单地说,启动子和终止子都是一段特殊的DNA序列,属于基
因的非编码区,分别位于编码区的上游和下游,负责调控基因的转录。
而起始密码子和终止密码子都是mRNA上的三联体碱基序列,分别决
定翻译的起始和终止。
启动子:DNA分子上能与RNA聚合嗨结合并形成转录起始复合
体的区域,在许多情况下,还包括促进这一过程的调节蛋白的结合位
点。
强启动子(strongpromoter),指对RNA聚合酶有很高亲和力的
启动子,它能指导合成大量的mRNA。
转录起始位点(TSS)指与新生RNA链第一个核甘酸相对应的DNA
链上的碱基,研究表明通常为一个喋吟(A或G),即5'UTR的上
游第一个碱基。
起始密码子:蛋白质翻译过程中被核糖体识别并与起始tRNA(原
核生物为甲酰甲硫氨酸tRNA,真核生物是甲硫氨酸tRNA)结合而作为
肽链起始合成的信使核糖核酸(mRNA)三联体碱基序列。大部分情况
下为AUG,原核生物中有时为GUG等。
终止子:转录过程中能够终止RNA聚合酶转录的DNA序列。使
RNA合成终止。
终止密码子:蛋白质翻译过程中终止肽链合成的信使核糖核酸
(mRNA)的三联体碱基序列。一般情况下为UAA、UAG和UGA,它们
不编码氨基酸。
五、5'UTR区就是启动子区吗?二者什么关系?
5'UTR就是5'端的非翻译区,是针对已经转录过的mRNA而
言,对翻译会有影响,miRNA的作用就与5'UTR有关;而启动子则
是在DNA水平,启动转录的,不存在于转录后的mRNA。两者是不一
样的。
六、转录起始位点是启动子吗?
不是。启动子是一段序列,转录位点是一个碱基。不能相等同。
七、转录因子和转录因子结合位点
转录因子:转录因子(transcriptionfactor)是一群能与基因5'端上
游特定序列专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时
间与空间表达的蛋白质分子。
转录因子的结合位点(transcriptionfactorbindingsite,TFBS)是
转录因子调节基因表达时,与基因模板链结合的区域。按照常识,转
录因子(transcriptionfactor,TF)的结合位点一般应该分布在基因的
前端,但是,新的研究发现,人21和22号染色体上,只有22%的转
录因子结合位点分布在蛋白编码基因的51端。
八、现代真核基因的认识示意图
RBS
5,■■■■■■■■■■■I3,RNA
例、如图为某生物的一种多肽酶的基因内部和周围的DNA组成
情况.其中标出了转录的起始部位(ini)和终止部位(ter),翻译
的起始密码子对应序列(sta)的第一个碱基的位置,终止密码子对
应序列(sto)的第一个碱基的位置,以及基因中内含子的界限(I)
(距离以kb表示,但未按比例画出).
_________ini仙]]如此_________________
^0L2L7£?5?25?88?0
(1)转录的起始部位称为,是一段有特殊结构的
DNA片段,位于基区的首端,它是RNA聚合酶的部位.
(2)翻译时与密码子发生碱基互补配对的是转运RNA上的反密
码子,该物质的主要功能是.可用抗原■抗体杂交的方
法检验翻译的产物,若有出现,则表明目的基因表达
出相应的产物.
(3)基因工程在原则上只能产生的蛋白质.蛋白
质工程是以蛋白质分子的及其与生物功能的关系作为
基础.
解析:1、蛋白质工程是将控制蛋白质的基因进行修饰改造或合
成新的基因,然后运用基因工程合成新的蛋白质.蛋白质工程的过程:
预期蛋白质功能f设计预期的蛋白质结构玲推测应有氨基酸序列玲
找到对应的脱氧核甘酸序列(基因).蛋白质工程得到的蛋白质一般
不是天然存在的蛋白质.蛋白质工程的实质是改造基因.
基因工程是将一种生物的基因转移到另一种生物体内,产生它本
不能产生的蛋白质,进而表现出新的性状,但只能生产自然界已存在
的蛋白质.
2、获得目的基因的方法:①从基因文库中获取②利用PCR技
术扩增③人工合成(化学合成).原核基因采取直接分离获得,真
核基因是人工合成.
(1)启动子是一段有特殊结构的DNA片段,位于基因的首端,
是RNA聚合酶识别和结合的部位,能驱动基因转录出mRNA,最终获
得所需的蛋白质.
(2)基因工程中的目的基因主要是指编码蛋白质的基因.根据
目的基因的有关信息,如核甘酸序列、基因的功能、基因在染色体的
位置、基因的转录产物mRNA等特性从基因组文库中获取目的基
因.该基因文库包括生物的全部基因.
(3)翻译时,mRNA上的密码子与转运RNA上的反密码子发生
碱基互补配对:
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