CN119470888A 细胞互作的检测方法及其应用 （广州国家实验室）

本发明涉及一种检测细胞互作的方法以及包括(1)制备包含第一液滴的第一细胞相，所述第二条形码；以及(3)利用液滴注射的方式将第二细胞相注入第一细胞相形成包含第二液滴的2优选地，所述多种第一液滴分别包含不同类型的表面展4.如前述权利要求任一项所述的方法，其中，利用液滴注优选地，所述多种第二细胞按照细胞类型依次7.如前述权利要求任一项所述的方法，还包括8.如前述权利要求任一项所述的方法，其中，9.如前述权利要求任一项所述的方法，还包括调11.如前述权利要求任一项所述的方法，还包括在合适的条件下孵育所述混合相以使12.如前述权利要求任一项所述的方法，还包括利用液滴注射的方式将裂解液注入所313.如权利要求12所述的方法，其中所述分析的步骤包括将仅含有两种条形码信息的20.如前述权利要求任一项所述的方法，在微流21.如前述权利要求任一项所述的方法，其中所述方法用于检测稀有细胞互作或筛选23.如权利要求22所述的微流控系统，包括一个或多个用于容纳第二细胞相的液滴注24.如权利要求22或23所述的微流控系统，其中所述m个第一液滴生成元件能够生成m25.如权利要求22至24中任一项所述的微流控系统，其中每个所述第一液滴生成元件26.如权利要求22至25中任一项所述的微流控系统，其中所述第二液滴生成元件用于27.如权利要求22至26中任一项所述的微流控系统，其中所述第二液滴生成元件在形428.权利要求1至21中任一项所述的方法，或者权利系统在免疫治疗中筛选候选抗原和TCR的交叉反应和靶外识别中的应用；或者在高通量筛选癌症患者外周血中新抗原特异性TCR中的应用。5侣称为FucoID和EXCELL的化学接触依赖性标记，以及细胞_细胞相互作用的非接触依赖性标记的新技术，如Contact_ID和Split_turboid，这些技术已被证明有很好的实际应用前内在的基因表达信息，预测了毛囊发育早期真皮冷凝液和黑素细胞迁移的关键信号机制，以及COVID_19感染期间脑屏障细胞的炎症信号升高。目前关于细胞_细胞相互作用的研究TCR序列引入T细胞中，获得能够特异性识别肿瘤抗原的TCR_T细胞；(5)TCR_T细胞体外培的方法来识别这种类型的细胞_细胞相互作用是非常必要的。单细胞转录组学有助于广泛6[0009]本申请涉及细胞互作的检测方法及其应用，所述检测方法是基于微流控[0013](3)利用液滴注射的方式将第二细胞相注入第一细胞相形成包含第二液滴的混合多种第一液滴中的每一种液滴包含一种表面展示细胞(SD细胞)，并且不含其他类型的细[0023]在所述第一液滴的一个液滴中包裹多个相同的SD细胞从而增大SD细胞对例如T细78相的步骤以及对经由细胞裂解从所述SD细胞和所述第二细胞的表面释放的第一和第二细[0060]在一些实施方案中，所述方法用于检测稀有细胞互作或筛选功能性抗原或T细胞[0062]通过一系列RT_PCR及PCR反应使得捕获的mRNA先转变为DN[0066]在一些实施方案中，所述方法还包括确定是否当相应的抗原来刺激对应的T细胞[0070](3)利用液滴注射的方式将第二细胞相注入第一细胞相形成包含第二液滴的混合多种第一液滴中的每一种液滴包含一种表面展示细胞(SD细胞)，并且不含其他类型的细9[0080]在所述第一液滴的一个液滴中包裹多个相同的SD细胞从而增大SD细胞对例如T细相的步骤以及对经由细胞裂解从所述SD细胞和所述第二细胞的表面释放的第一和第二细[0117]在一些实施方案中，所述方法用于检测稀有细胞互作或筛选功能性抗原或T细胞[0119]通过一系列RT_PCR及PCR反应使得捕获的mRNA先转变为DN[0123]在一些实施方案中，所述方法还包括判断匹配的组是否有T细胞激活相关基因的多种第一液滴中的每一种液滴包含一种表面展示细胞(SD细胞)，并且不含其他类型的细[0146]在所述第一液滴的一个液滴中包裹多个相同的SD细胞从而增大SD细胞对例如T细系统在免疫治疗中筛选候选抗原和TCR的交叉反应和靶外识别；或高通量筛选癌症患者外胞相的浓度以实现一个液滴包裹多个相同的APC细胞从而增大后续APC对T细胞的刺激，以脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)样品的片段中。条形码可以允许识别和/或定量个体[0191]T细胞受体(TCR)是一种存在于T细胞表面的分子，通常负责将抗原片段识别为与育过程中、疾病状态下以及不同物种中都会发生变化。当TCR与抗原肽和MHC(肽/MHC或成的膜异质二聚体蛋白。已知II类MHC与CD4+T细胞相互作用，并且在人类中包括HLA_DP、[0195]CASB是基于刀豆蛋白A(ConA)的样本编码策略(CASB)，将生物素标记的ConA和[0200]以下所述的是本发明的优选实施方式，本发明所保护的不限于以下优选实施方[0203]图3示出使用本发明实施方式能够准确匹配与Jurkat激活相关的标记基因的表[0212]本实施例选取T2细胞作为APC细胞，在正式分选实验的前一天将两种肿瘤抗原分(各1ml)，取出提前合成好的肿瘤抗原：1G4和DMF5(BeijingLiuheBGICo.,Ltd,10μg/[0219]提前合成16种细胞barcode(100bp的ssDNA,BeijingLiuheBGICo.,Ltd.,6.050.250.050.50.010.10.330.010.1[0226]将两种T2细胞按照1×107个/ml分别重悬于配置好的工作缓冲剂中，准备100μl；两张液滴生成芯片(Dropchip液滴生成芯片)分别生成两种APC细胞液滴，并将它们混合均[0228]将之前准备好的Jurkat细胞按照3×106个/ml重悬于工作缓冲剂中，使用液滴注液滴以及100μl含有10％RNA酶抑制剂的裂解液(50％的1MTris_HCl、20％的0.5MEDTA、[0235]