CN119492840A 一种无扰动血浆蛋白质组学深度覆盖分析方法 （中国人民解放军军事科学院军事医学研究院）

一种无扰动血浆蛋白质组学深度覆盖分析本发明公开了一种无扰动血浆蛋白质组学行深度覆盖参比谱图库引入可以显著增加无扰道同时检测使得日通量增加一倍的同时成本大了1倍日检测通量，对于推动临床大队列研究具2将上述并行深度覆盖参比谱图库样本和待测样本进行化优选地，所述方法还包括并行深度覆盖参比谱图库样4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述化学标记反应选自胺甲基化标签反36.权利要求5所述的蛋白质组学分析样本在检测样本中7.一种无扰动蛋白质组学分析前处理试剂优选地，所述方法还包括对并行深度覆盖参比谱图优选地，利用数据非依赖搜库软件对并行深度覆9.一种计算机可读存储介质，所述计算机可4线性动态变化过程的最佳样本。在血液所携带的生物信息中，蛋白质以更贴近临床表型以及更稳定存在形式成为挖掘血液生物信息的重要选择。针对血浆蛋白质组学已经开发了许多方法来实现其深度覆盖与精准定量。主流技术包括基于抗体亲和的蛋白质组学平台（如Olink）、基于适配体亲和的蛋白质组学平台（如SomaScan）以及基于液相色谱质谱联用液蛋白质组学由于其低成本、高灵敏度以及其独有的翻译后修饰信息挖掘能力在质组学中具有不可替代的作用。基于LC_MS的血液蛋白质组学可以通过抗体亲和柱耗竭血液中前14个高丰度蛋白或者基于蛋白冠富集可以不同程度地提高蛋白覆盖深度，但上述方将上述并行深度覆盖参比谱图库样本和待测样本进行化[0007]进一步，所述并行深度覆盖参比谱图库样本与协同吸附材料的体积比为1:（1_5[0044]本发明的第二方面提供了本发明第一方面所述的方法制备的蛋白质组学分析样[0045]本发明的第三方面提供了本发明第二方面所述的蛋白质组学分析样本在检测样本中蛋白表达谱中的应用。6[0056]本发明的第七方面提供了一种无扰动蛋白质组学分析样本的前处理系统/装置，本申请的方法通过混合血浆中的并行深度覆盖参比谱图库引入可以显著增加无相对于其他质谱方法，本分析方法对样本需求量大幅降低，适合罕见样本的检测。总之，7有技术和科学用语通常具有和本发明所属领域的普通技术人员通常理解的意思相同的意3[0077]在具体的实施方式中，所述还原剂选自（氰一C）三氢硼酸钠（氰基硼氢化钠，NaCNBH3[0079]在一些实施方式中，试剂盒的组分可以以水介质的形式或以冻干的形式来包8MarkupLanguage）文档中的一个或多个脚本中，存储在专用于所讨论的程序的单个文件介质可以是任何包含或存储程序的有形介质，该程序可以被指令执行系统、装置或者器件使用或者与其结合使用。9能够在不存在电源的情况下维持数据的半导体装置。[0098]实施例1.NEATSCOPE实现步骤1.并行深度覆盖参比谱图库肽段制备：样本混合：所有待测样本，取等量混合，待测样本来自10名健康志愿者的血浆300×g离心2分钟完成填料活化；将上步骤中得到的富集样本上清液100μL加入Tip头，采用30kDalton截留值的超滤管辅助FASP样品制备方法进行蛋白酶切，每管加取20μg步骤1得到的混合血浆样本富集的低丰度肽段用mass_shift1通道标记，离后通过OrbitrapExploris480质谱仪进行检测。流动相A和流动相B分别为0.1%甲酸水[0112]质谱数据采用数据非依赖搜库软件搜库。步骤4得到的胺甲基化标记样本使用NEATSCOPE搜库流程。首先使用UniprotHuman数据库（downloadedon2024_02_17,containing20398reviewedsequences）在Python框架上基于深度学习完成质谱二级谱[0113]搜库得到的report.tsv文件，随[0114]步骤2和步骤3得到的无扰动血浆样本直接DIA检测数据与Top14抗体亲和柱耗竭后的血浆样本DIA检测数据搜库和处理参考以下标准：使用UniprotHuman数据库（downloadedon2024_02_17,containing20398reviewedsequences）作为fasta文得到最终结果，此时蛋白和前体离子水平的FDR均小于1%。得到的结果再基于R语言进一步处理获得最终定量矩阵。为成功的Top14耗竭策略相比，NEATSCOPE技术对无扰动血浆的检测能力达到了Top14扰动方法下得到的谱图总数大致在54000张左右，而传统的无扰动血浆蛋白质组学分析策略以及基于抗体亲和柱的高丰度去除策略谱图解析率仅分别为13.78%和20.01%，而NEATSCOPE达到了45.11%。图4的结果显示NEATSCOPE技术在鉴定重现性上和传统无扰动的血浆蛋白质[0116]实施例2.NEATSCO步骤1.无扰动人类血浆肽段制备步骤1和步骤2中得到的人类血浆肽段和牛血清肽段各取2份20μg量的肽段，各自Run1:取massshift1标记的血浆蛋白富集肽段和massshift3标记的无扰动人[0121]Run2:取massshift1标记的血浆蛋白富集肽段，massshift2标记的无扰动人[0122]Run3:取massshift1标记的血浆蛋白富集色谱分离后通过OrbitrapExploris480质谱仪进行检测。流动相A和流动相B分别为0.[0124]质谱数据采用数据非依赖搜库软件搜库。步骤4得到的胺甲基化反应样本使用NEATSCOPE搜库流程。详细步骤同“实施例1.NEATSCOPE实现无扰动血浆样本深度覆盖分[0125]为了进一步考察NEATSCOPE技术的定量能力，通过掺入牛血清肽段模拟高丰度掩变每个通道