基因分型技术进展

,SNP基因分型技术进展,,大纲,什么是SNP SNP分型方法,,SNPs概述,单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNPs） 指基因组DNA序列中由于单个核苷酸（A，G，C，T）插入、缺失、转换和颠换等而引起的多态性，而且任何一种等位基因在群体中的频率不小于1%。 二等位基因（bialletic)多态性 高保守性 高密度：每1kb出现1个SNP 第三代遗传标记：第一代RFLP、第二代STR,,SNP的应用,疾病遗传连锁和关联分析，疾病易感基因的定位 药物基因组学 人类起源和进化研究 法医学领域,,法医学领域应用的优缺点,优点： 突变率低 适于高通量技术分析 片段短-适于降解样本分析 缺点 单个位点信息含量比STR低，需同时分析更多位点 应用数据远少于STR,,SNP分型技术,分类方法 区分SNPs特异位点的原理方法 数据的检测分析手段：荧光、发光、质谱等 分析平台：均相、固相支持。,,区分SNPs特异位点的原理方法,等位基因特异性杂交(allele specific hybridization) 引物延伸(primer extension) 寡核苷酸连接(oligonucleotide ligation) 入侵分裂(invasive cleavage),,等位基因特异性杂交,1、利用FRET的均相杂交 双杂交探针（Roche） TaqMan 探针（AB） 分子信标 2、微阵列杂交和荧光检测,,FRET,Fluorescence resonance energy transfer,荧光共振能量传递,光源,发射光,供体,受体,发射-激发,,双杂交探针,D,A,3,5,5,3,5,3,,双杂交探针,,TaqMan,,TaqMan,,分子信标,,分子信标,返回,,微阵列杂交,GeneChip system （Affymetrix） 探针-固相 含SNP位点的PCR产物 SNP位点大规模筛选,,区分SNPs特异位点的原理方法,等位基因特异性杂交(allele specific hybridization) 引物延伸(primer extension) 寡核苷酸连接(oligonucleotide ligation) 入侵分裂(invasive cleavage),,引物延伸,Minisequencing 焦磷酸测序 等位基因特异性延伸,,Minisequencing,电泳-荧光检测：SNaPshot（AB） MALDI-TOF MS 质谱 微阵列-荧光检测 荧光偏振检测,,Minisequencing” (ABI SNaPShot),,Minisequencing” (ABI SNaPShot),Multiplex-不同长度引物对应不同SNP位点,,MALDI-TOF MS,基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱 分子质量与飞行时间相关 PinPoint assay（AB） 10-plex,,微阵列-荧光检测,阵列引物延伸（arrayed primer extension, APEX） Tag-microarrays,,,荧光偏振检测,,,,焦磷酸测序,模板单链 多重能力,,等位基因特异性延伸,,区分SNPs特异位点的原理方法,等位基因特异性杂交(allele specific hybridization) 引物延伸(primer extension) 寡核苷酸连接(oligonucleotide ligation) 入侵分裂(invasive cleavage),,等位基因特异寡核苷酸连接,,商品化试剂盒 SNPlex Illumina system,等位基因特异寡核苷酸连接,,区分SNPs特异位点的原理方法,等位基因特异性杂交(allele specific hybridization) 引物延伸(primer extension) 寡核苷酸连接(oligonucleotide ligation) 入侵分裂(invasive cleavage),,Invader assay,,,SNP检测技术总结,www.peoplespot