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文档简介
二实验项目名称：双序列比对实验目的：练习使用动态规划算法进行双序列比对；理解打分矩阵和参数对双序列比对结果的影响；理解动态规划算法的原理。教学基本要求：动态规划算法是序列比对最基本的算法，可以确保找到最优比对。分为全局比对（ Needleman-Wunch algorithm ） 和局部比对算法（Smith-Waterman algorithm）。通过本实验的练习，更好的理解动态规划算法。实验内容提要：对如下的两条序列进行双序列比对分析： Drosophila Sex-lethal proteinASNTNLIVNYLPQDMTDRELYALFRAIGPINTCRIMRDYKTGYSYGYAFVDFTSEMDSQRAIKVLNG Mouse Huc RBDMDSKTNLIVNYLPQNMTQDEFKSLFGSIGDIESCKLVRDKITGQSLGYGFVNYSDPNDADKAINTLNGL这些蛋白质包含一个 RNA 识别模体（RNA Recognition Motif，RRM）。该模体包含两个高度保守的两个功能区RNP1 和RNP2（已用红色标记）。通过ebi 网站的在线工具完成练习（http:/www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/）。1. RNP1 和RNP2 是否得到比对？选择至少三个（差别大的）空位罚分和延伸值来进行比对，1) .空位罚分： 1 延伸值：0.00052）空位罚分：100 延伸值：0.00053）空位罚分：1，延伸值：10RNP1得到了对比，RNP2没有得到对比。2a. 算法是否找到RNP1 和 RNP2 的正确比对？1是2否b. 当空位开启罚分高时，结果发生什么变化？没变化，空位罚分由10升到100时，序列对比情况完全一样。c. 当空位延伸罚分高时，结果发生什么变化？没变化，延伸值由0.5升到10时，d. 为什么k 个连续的空位罚分要小于k 个间隔的空位罚分？使用PAM250 矩阵重复上述过程。1） 空位1罚分0.00052） 空位100罚分0.00053） 空位1罚分103. 比对结果是否发生变化？有变化继续进行这两条序列的局部比对，通过ebi 网站的在线工具完成练习，网址：（http:/www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/）1） 空位：1 延伸：0.00052） 空位：100 延伸：0.00053） 空位：1 延伸：104a. RNP1 和RNP2 是否在局部比对中得到比对？是b. 局部比对的生物学意义是什么？c. 为什么在这种比对中我们选择局部比对而不是全局比对？采用不同的打分参数和其它打分矩阵。采用PA
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