微阵列数据分析工具ppt课件

微阵列数据分析工具,2007-5-31闫微,1,2,3,ExperimentvsControLogRatiol,4,Geneidentifiers,5,表达下调2倍以上的基因有3810个、8倍以上的基因有197如何对这些差异表达的的基因的生物学意义进行解释？,6,需要有一组微阵列实验数据的解释工具GOstatPantherMILANOGenomatix,7,Prepareinputdata,Geneidentifiers1.Genesymbols(e.g.icam3)2.Genedescription(e.g.mitogen-activatedproteinkinase1)3.EntrezgeneidentifierorGeneID(e.g.LOC5166or5166)4.RefSeqID(e.g.NM_02044)5.,8,GOstat,.au/GO数据库是注释和分析基因功能的有效工具.微阵列实验往往会产生大量的基因列表.为了获得这类型数据的生物学意义,我们需要找到这些数据的功能注释或是能代表它们的GO分组.GOstat程序就是用来分析这个的基因列表,根据GO注释的功能进行分类.,9,10,11,12,13,BenefitsofOntologyStats,Oftenfindinsightintochangesincellularfunctionwhichwerenotobviousfromthegenelist.Genesinthesameontologygroupareofteninthesamepathwayorcoregulated.,14,Panther,/PANTHER(ProteinANalysisTHroughEvolutionaryRelationships)分类系统按照基因功能来分类的唯一资源,用公布的科学实验证据和进化关系来预测功能.随着蛋白质数据量的增加,生物学家得到了规范化的通路中的详细的生物相互作用,而且可用交互式的方法显示出来.通过其Geneexpressiontools可用大规模的搜索现有基因的信号通路(Pathway)、分子功能（MolecularFunction)及生物学进程(BiologicalProcess)。PANTHER英文意义是豹，该网站的目的即是生物工作者在大规模的信息中，像猎豹一样搜寻到有意义的信息。,15,Geneexpressiontool,16,17,18,19,MILANO-MicroarrayLiterature-basedAnnotation,http:/milano.md.huji.ac.il/Milano,acoolprogramdevelopedbyRanRubinsteinatTheHebrewUniversityofJerusalemisreleased.ThisprogramperformsautomaticsearchesinPubMedortheGeneRIFcollectionforarticlescontainingco-occurrencesofsearchtermswithalistofgenes(e.g.fromamicroarrayexperiment).TheprogramisusedbypastingthelistofGeneIDsorsymbolsinthePrimarySearchTermfield,andthelistofcross-referencesearchtermsintheSecondarySearchTermfield.Theoutputisatablecontainingthenumberofhitsforeachpairofsearchterms.,20,pastethelistofGeneIDsorsymbols,pastethelistofcross-referencesearchterms,21,22,23,24,Genomatix,http:/www.genomatix.de/用来研究基因调控的分子机制Genomatix网站下属的软件BiblioSphere软件可以将已知的基因进行汇总分析，根据已有的信号通路和文献，得出所有输入基因的相互联系图，对基因中重要基因的筛选有较重要的意义。同时，它也可以将这些基因按照疾病的不同进等分类，有比较好的治疗指导的意义。,25,price,26,软件界面,27,登录之后的界面,28,1.CreateanewProject2.CreateanewAnalysis,Geneidentifierscanbeenteredasalistseparatedbywhitespaces,commasorsemicolons.,29,Viewnetworks,30,Inputgenes+transcriptionfactor,31,Metabolicpathways,Signaltransduction,32,33,FinalOutcome,Byusingacombinationofthetoolsavailablewehopetocom