SwissPdbViewer软件的使用学习课程

1、蛋白质序列查找CDK2 Homo sapiens第1页/共29页第一页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。序列提交第2页/共29页第二页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。Pdb文件下载第3页/共29页第三页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。蛋白质空间结构的显示 用Swiss-pdbviewer打开结构CDK2第4页/共29页第四页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。蛋白质空间结构的显示 调出Control Panel 选择以ribbon显示肽链并消除棍棒结构 选择以不同的颜色显示螺旋与折叠第5页/共29页第五页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。蛋白质空间结构特征的分析 一不同类型残基的分

2、布 二蛋白质的静电势分析 三残基分布与其的溶剂可及性 四邻近残基的选择及氢键分析第6页/共29页第六页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。一、不同类型残基的分布 碱性残基的分布第7页/共29页第七页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。酸性残基的分布第8页/共29页第八页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。极性残基的分布第9页/共29页第九页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。非极性残基的分布第10页/共29页第十页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。二、蛋白质的静电势分析第11页/共29页第十一页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。三、残基分布与其的溶剂可及性 点“select”，选择“acc

3、essible residues” =30第12页/共29页第十二页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。四、氢键分析 tools选项中选择compute H-bonds第13页/共29页第十三页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。邻近残基的选择及氢键分析第14页/共29页第十四页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。计算氢键第15页/共29页第十五页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。第16页/共29页第十六页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。第17页/共29页第十七页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。五、结构的同源模建 Automated modle第18页/共29页第十八页，编辑于星期六

4、：二十二点 五十四分。第19页/共29页第十九页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。打开序列第20页/共29页第二十页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。打开模板结构第21页/共29页第二十一页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。Fit raw sequence第22页/共29页第二十二页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。序列提交第23页/共29页第二十三页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。返回结果第24页/共29页第二十四页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。六、刚性与柔性colorB-factor第25页/共29页第二十五页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。七、相似性分析第26页/共29页第二十六页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。Magic fitCalculator RMS第27页/共29页第二十七页，编辑于星期六：二十二点 五十四分。 Thank you！第28