POPGENE、NTSYS、AMOVA软件使用心得

1、、八、前言做分子标记的同学都知道，数据分析基本全靠软件。目前网上有很多软件可以用，POPGENE、NTSYS、AMOVA是最常用的，几乎所有文献中都有用到这三种，另外如果要计算异交率、自交率还要用到MLTR软件，但是这个软件我在网上找了好久都没有中文的使用说明，自己摸索了一段时间，虽然数据格式算是弄懂了，但数据分析时参数的设置还是搞不懂，所以索性没用这个软件分析了。我的课题是用ISSR检测遗传多样性的，当时在网上搜罗软件的时候就发现，各种软件都有热心网友进行了总结，也写了使用攻略，只是一般都是单个软件写的，找起来挺麻烦，当时找了好几个论坛才找齐，所以我当时对自己说，等我写好论文，我要把这些软件

2、的使用方法全总结在一起，方便大家使用，现在论文撰写总算告一段落了，也该实践这个承诺了。下面我就依次把POPGENE、NTSYS、AMOVA的使用方法通过图文的方式展现给大家,数据用我自己论文的数据。不过我的水平有限，也只会对有限的几个参数进行检测，这篇文章也只能作抛砖引玉了，希望有更多的朋友把自己的心得发上来，如果有会用MLTR的也希望能把使用方法拿出来共享一下啦！生物秀ID：bobolove第一部分POPGENE1.32POPGENE这个软件可以用来测很多遗传多样性参数，包括等位基因数（Na,Ne）、Neis遗传多样性指数（He）、shannons多样性信息指数（I）、多态位点百分率（PPB

3、）、遗传分化值（Gst）、基因流（Nm）、遗传距离等等，是用来检测遗传多样性最普遍的软件，使用起来也不难，只要把数据格式弄好就可以了。1.1数据格式数据格式在所有软件使用里都是最重要的，把我们检测到的条带在EXCLE里转换成01矩阵后，要再输入TXT里才能在POPGENE中使用。图1-1是在TXT文档里的数据格式。Numberofloci=Locusname:78位点数，即条带数k*DiploidISSRData*/k这牛不重要，只是一牛说明而已NumberoFpopulations=10:居群牛数123456789101112136061626364656667686914151617181

4、920212223242526272829303132333470位点命名，于数要跟上面对应上dFxname12:打开软件，载入数据name=dtt-“”I0100010101010101010101000101&10101000&0000&00000000000000000000000000110010010100001&10101000100101010101010101010101010101&10101I01010101010101010101010101&10000000000000000000000000000010001011011010101010010111010110111

5、0000101000011101110101000000&00&000101010101010101010101010101010101010101010101010101&101010101010001000001010100I000000000001001101181101101181101101181101101181101101101100d图霁liPOPGENE数据格式01011100011000110100010001110110011111011111100010001100101&000010010010011001000000&00000&0010&00&00&100010000000000000000000000000000000000000000000000000010111010&Q0&Q0&Q0&Q0011110101111010011101011110101111010000000111010111010011&10111010111010111&101110010011001000000000000000&1011000000000011010001010101010101010101010101010101000101010101010101010000&10001&00&00&101000000000000000000000000&00&0