lncrna研究解决方案测序

1、真核全转录组/lncRNA背景介绍转录组是特定物种、组织或细胞在特定生理状态下转录的所有RNA的集合，包括mRNA和ncRNA,qizhong lncRNA（long non-coding RNA）是一类长度超过200nt的ncRNA，通过多种方式在表观遗传、转录及转录后水平发挥调控作用。全转录组在研究mRNA的同时，能够发现大量的lncRNA，并对其表达水平和转录本结构进行分析。当进一步开展lncRNA与mRNA的关联分析时，就可以深入研究lncRNA的调控网络。技术路线Total RNA文库构建HiSeq生物w re dsan readsMapmRNAlncRNANovel geneKno

2、wn lncRNANovel lncRNAKnown geneDifferential expresAlternative DifferentialsplicingexpresFugenepredictioncSNPlncRNA-mRNA co-expresTF binding site predictionGO/KEGG enrientmiRNA技术参数样本类型：total RNA样本总量：=2 g1 / 3样本浓度：=50 ng/ul数据量：=12 Gb/样本案例案例一大学对玉米籽粒发育重要转录因子 Opaque2 进行下游靶标的深入研携手究。玉米籽粒Opaque2 是一个在玉米籽粒发育与

3、营养代谢中起到关键作用的 bZIP 类转录因子，然而除了少数靶标之外，Opaque2 具体的调控机制还不完全为人所知。该研究中，研究真核生物全转录组/lncRNA服务以及 ChIP-seq 实验对 Opaque2通过的调控模式与下游进行了全转录组和组范围的研究。研究发现，部分 lncRNA 在opaque2 突变体中表达量发生变化，Opaque2对这些差异的 lncRNA 存在着间接的调控关系。原文出处：Lreveals the 27(3):532-45.-wide characterization of ci生物ing DNAPlant Cell.s2015,ork of opaque2 i

4、n maize图：Opaque2 调控网络示意图案例二来自于哥伦比亚大学的团队通过对胚胎干细胞（ESCs）和 B 细胞的 RNA 复合体（RNAexosome）中两个重要的突变体 Exosc10 和 Exosc3 进行了 lncRNA。研究发现，这两个敲除的突变体中，大量 lncRNA，反向 RNA 以及增强 RNA（eRNA）的表达水平均出现大幅提高。对这些 RNA 的转录本富集程度的观察发现，这些非编码 RNA 的稳定性得到了显著增强。lncRNA实验确定了 Exosc10 与 Exosc3 在 RNA 复合物介导的 lncRNA2 / 3降解途径中的重要作用。不仅如此，作者还通过对 lncRNA获得的数据分析后发现，大部分的 lncRNA 同时受到Exosc10 与 Exosc3 这两个亚基的调控。原文出处：Pefanis E, Wang J, Rothschild G, et al. RNA exosome-regulated long non-coding RNA transcrip