实体瘤常见驱动基因DNA和RNA高通量测序共检专家共识(2025版)

实体瘤常见驱动基因DNA和RNA高通量测序共检专家共识(2025版)一、前言随着精准医学理念在实体瘤诊疗领域的深入普及，基于驱动基因的靶向治疗已成为晚期实体瘤患者的核心治疗策略之一。传统单一DNA高通量测序（NGS）仅能检测基因突变、拷贝数变异等DNA层面的异常，难以全面覆盖基因融合、可变剪接等RNA层面的驱动事件，而RNA高通量测序可有效弥补这一短板。为规范实体瘤常见驱动基因DNA与RNA高通量测序共检的临床应用，提升检测结果的准确性与临床转化价值，国内肿瘤学、病理学、分子生物学及检验医学领域的多学科专家共同制定本共识，为临床实践、实验室检测及报告解读提供统一标准与指导依据。二、适用人群本共识推荐以下实体瘤患者接受DNA与RNA高通量测序共检：晚期或转移性实体瘤患者，拟进行靶向治疗方案制定者；经标准治疗后出现疾病进展或耐药，需明确耐药机制以调整治疗策略者；罕见实体瘤患者，常规检测未发现明确驱动基因，需拓宽变异检测范围者；病理诊断不明确，需通过分子特征辅助诊断及分型者；有家族遗传倾向的实体瘤患者，需同时评估生殖系与体细胞变异及RNA层面异常者。三、检测技术规范（一）样本要求1.组织样本：优先选择福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本，肿瘤细胞占比需≥20%，样本切片厚度为4-6μm，数量≥5张；新鲜或冷冻组织样本需尽快置于-80℃冰箱保存，避免反复冻融。2.液体样本：推荐使用外周血游离DNA（cfDNA）样本，采集量≥10mL，采用EDTA抗凝管，常温下2小时内分离血浆，-80℃保存；若无法及时分离，需置于4℃冰箱且不超过24小时。3.样本质量控制：组织样本需通过HE染色评估肿瘤细胞占比，cfDNA样本需检测浓度（≥10ng/μL）、片段化程度（主峰长度160-180bp）及纯度（OD260/280=1.8-2.0）。（二）测序平台与Panel设计1.测序平台：需选择经国家药品监督管理局（NMPA）批准或符合临床实验室改进修正案（CLIA）认证的高通量测序平台，如IlluminaNovaSeq、ThermoFisherIonTorrent等，确保测序数据的准确性与重复性。2.Panel设计：DNA层面需覆盖实体瘤常见驱动基因，包括但不限于EGFR、ALK、ROS1、BRAF、KRAS、NRAS、MET、RET、HER2、PIK3CA等，涵盖单核苷酸变异（SNV）、插入缺失变异（InDel）、拷贝数变异（CNV）及结构变异（SV）；RNA层面需重点覆盖已知融合基因伴侣（如ALK融合的EML4、TFG等，ROS1融合的CD74、SLC34A2等），同时兼顾可变剪接变异的检测，Panel需包含管家基因以评估样本质量。（三）生物信息分析流程1.数据预处理：对原始测序数据进行质量过滤，去除低质量碱基（Phred质量值＜20）、接头序列及重复序列，确保Q30碱基占比≥90%。2.DNA变异分析：将过滤后的reads比对到人类参考基因组（GRCh37/hg19或GRCh38/hg38），采用GATK、MuTect2等工具检测SNV与InDel，使用CNVkit、ExomeDepth等工具检测CNV，通过BreakDancer、Manta等工具检测SV。3.RNA变异分析：将RNA测序reads比对到参考转录组，采用STAR、HISAT2等比对工具，使用Arriba、FusionCatcher等工具检测基因融合，通过rMATS、SUPPA2等工具分析可变剪接变异。4.变异注释与过滤：使用ANNOVAR、VEP等工具对变异进行功能注释，过滤掉常见多态性位点（人群等位基因频率≥1%）及假阳性变异，保留潜在临床意义的变异。四、临床应用场景（一）初始诊断的分子分型与治疗决策对于晚期非小细胞肺癌、胃肠道间质瘤、黑色素瘤等实体瘤患者，DNA与RNA共检可同时检测EGFR突变、ALK融合、KIT突变等驱动事件，为患者匹配最适宜的靶向治疗方案。例如，非小细胞肺癌患者中，DNA检测可发现EGFR19外显子缺失突变，RNA检测可补充发现EML4-ALK融合，从而分别推荐使用奥希替尼或阿来替尼治疗。（二）耐药机制的探索与后续治疗调整当患者接受靶向治疗后出现疾病进展时，共检可全面分析耐药机制：如EGFRTKI耐药患者中，DNA检测可发现T790M突变、MET扩增，RNA检测可发现EGFR-CSF1R融合等罕见耐药机制，为后续选择奥希替尼联合MET抑制剂或其他新型靶向药物提供依据。（三）罕见实体瘤的驱动基因发掘对于罕见实体瘤如涎腺腺样囊性癌、尤文肉瘤等，常规DNA检测可能无法发现明确驱动事件，RNA检测可发现特异性融合基因（如涎腺腺样囊性癌中的MYB-NFIB融合），为患者提供潜在的治疗靶点及临床试验入组机会。五、检测报告解读规范检测报告需包含以下核心内容，并由具有分子病理资质的医师进行解读：报告模块核心内容样本信息患者基本信息、样本类型、采集日期、肿瘤细胞占比、样本质量评估结果检测方法测序平台、Panel名称与覆盖基因、检测技术流程变异结果变异基因名称、变异类型（SNV/InDel/CNV/SV/融合/剪接变异）、染色体位置、等位基因频率（AF）等临床意义解读按照临床变异分类标准（如ACMG指南）将变异分为致病性、可能致病性、意义未明、可能良性、良性，结合最新临床研究证据说明变异与靶向治疗、预后的相关性治疗建议基于变异结果推荐的靶向药物、化疗方案或临床试验信息局限性与提示说明检测技术的局限性（如无法检测某些罕见变异、样本质量对结果的影响等），建议后续随访或再次检测的情况六、质量控制与实验室管理1.实验室资质：开展检测的实验室需具备临床基因扩增检验实验室资质，检测人员需持有相应的执业资格证书，定期参加室间质评活动。2.全过程质量控制：建立样本接收、处理、测序、生信分析、报告解读的全流程质量控制体系，制定标准化操作流程（SOP），定期对实验试剂、仪器设备进行校准与维护。3.室间质评与能力验证：积极参加国家卫生健康委临床检验中心（NCCL）或国际权威机构组织的室间质评，确保检测结果的准确性与一致性。七、伦理与知情同意1.知情同意：在进行检测前，需向患者或其监护人充分告知检测的目的、意义、检测流程、潜在风险（如隐私泄露、心理压力等）、检测费用及检测结果的不确定性，签署书面知情同意书。2.数据隐私保护：严格保护患者的个人信息与检测数据，按照相关法律法规进行数据存储与使用，禁止未经授权的信息泄露。八、共识总结实体瘤常见驱动基因DNA与RNA高通量测序共检是精准医学时