第八章pubmed-检索方法.ppt

1、第八章PUBMED检索系统,刘军凤E-mail:OfficePhone第一节概述一、医学文献分析与检索系统（MEDLARS）医学文献分析与检索系统（MedicalLiteratureAnalysisandRetrievalSystem）简称MEDLARS，是美国国立医学图书馆（NationalLibraryofMedicine，简称NLM）研制开发的一个医学文献数据库检索系统。,MEDLARS拥有近40个数据库，各数据库收录的学科范围涉及医学的各个领域，包括基础医学、临床医学、生物学、药理学、毒理学、环境医学、职业病学、营养卫生、卫生保健、卫生管理、情报学、心理学、

2、医学伦理学、牙科学、护理学、兽医学等。其中，最大的数据库就是Medline数据库。,二、Medline数据库MEDLINE（MEDLARSonLine）：医学文献联机数据库，收录1966年以来70多个国家3900多种生物医学期刊中的约1000万条文献题录。收入美国医学索引（IM）、国际护理索引（INI）、牙科索引（IDL）的全部文献题录。覆盖了临床医学、预防医学、护理学、口腔医学、药理学、基础医学等学科领域。,Internet网络上有三十多个站点提供FreeMedline检索服务，如：PubMed,HealthGate，Medscape，MedicalMatrix，BioMedNet等。但只有

3、PubMed是官方网站。/pubmed,三、Pubmed检索系统PubMed是美国立医学图书馆(NLM)下属的国立生物技术信息中心(NCBI)开发的基于WWW的查询系统，提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE及其他相关数据库的链接与接入服务。,PubMed因和生物医学文献出版商联合，可连接这些出版商网点获取期刊全文数据。PubMed还提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，包括Protein、Nucleotide、Structure、Genome、3DDomains、Gene、PopSet、OMIM、Taxonomy等数据库。,第

4、二节检索方法一、普通检索：在检索输入框中可直接输入主题词、自由词、著者姓名、期刊名等进行检索，也可输入逻辑表达式进行检索或进行字段限定检索。(1)主题检索：须遵循医学主题词表(MedicalSubjectHeadings简称MeSH)中所收集的词汇进行检索。如：lungneoplasms/radiographymh,(2)自由词检索：在检索框中输入一个或多个检索词，确定即可。如：输入braintw和输入brain,结果是不一样的。details:brainMeSHTermsORbrainAllFields,注意词汇自动转换功能：PubMed按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行转换后再检索。

5、MeSH转换表：包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和自由词进行检索。例如：键入Vitaminh，系统将其转换成BiotinMeSHTemsORBiotinAllFieldsORVitaminhAllFields后进行检索。,刊名转换表：包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写JournalName”后进行检索。例如：键入：newenglandjournalofmedicine,PubMed将其转换为NEnglJMedJournalORnewenglandjourna

6、lofmedicineAllFields后进行检索。,短语表：如果PubMed系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短语表。著者索引：如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有12个字母的短语，PubMed即查著者索引。,如果仍然找不到匹配词，PubMed就会把该词断开后再重复上述自动词汇转换过程。或把单个词用AND联一起在全部字段中检索。如：“singlecell”，系统就会自动将其分成两个词，按(singlepersonMeSHTermsOR(singleAllFieldsANDpersonAllFields)ORsingleperson

7、AllFieldsORsingleAllFields)AND(cellsMeSHTermsORcellsAllFieldsORcellAllFields)进行检索。,(3)著者检索：遵循“姓前名后”原则，姓用全称，名用缩写。如：SmithJRSmithJYangAU,(4)刊名检索：可用期刊名全称，也可用MesH期刊名缩写检索。如：MolecularbiologyofthecelltaMolbiolcellta(5)文献类型检索：文献类型标识符PT，如欲检索综述文献可使用检索式reviewPT即可。,(6)出版年代检索：如：1998dporedatormhda(7)地址检索：如：JapanAD

8、(8)语种检索：如：ChineseLA(9)截词检索：在词根或词尾上加上特定的符号（*），可扩大检索范围，防止漏检。如：Comput*,computeer,computers,computed,computize,computized,computization等词的文献全部检出。(10)逻辑组配检索：如：检索“儿童哮喘治疗原语种为英语的综述文献”asthma/therapymhANDreviewptANDchildmhANDenglishla(11)词组检索：当强迫PubMed检索一个词组时，将词组用引号括起，系统关闭自动词语匹配和自动扩展功能。,Pubmed检索规则：Pubmed进行字段限

9、定检索时，字段标识符加在检索词之后；字段标识符必须用方括号括起来；大小写以及检索词与方括号之间有无空格无关紧要。Pubmed处理布尔逻辑表达式是按从左到右的顺序进行的。但可以通过括号来改变运算顺序。如果Pubmed发现检索式中有非限定的词组，它就自动检索该词组，再将该集合与检索式的其它项进行运算。,字段标识符AD：机构、第一作者地址ALL：所有字段AU：作者姓名TA：期刊名LA：语种MAJR：主要概念的医学主题词MH：医学主题词PT：出版类型TW：文本词TI：题名DP:出版日期,练习题：1、查肺肿瘤放射疗法，任选题录、文摘、全文各1篇，按Medline格式显示。（lungneoplasms/r

10、adiographymh）2、比较braintw和brain的检索结果3、检索Vitaminh,查验检索词的转换情况4、比较SmithJRAU和SmithJR的检索结果5、查期刊molecularbiologyofthecell上的文章6、检索肺肿瘤2002年综述文献,二、高级检索：在首页或检索结果页面点击Advanced，即可进入高级检索页面。在高级检索页面可进行检索式的构建检索、可浏览检索历史、还可选择其它更多检索方式检索。,1、Builder：可进行检索式的构建，从索引表中选词检索；可编制及修改检索策略；可预览检索策略和检索结果的记录数并对满意的检索策略进行检索。,2、History：可

11、查看检索策略及检索结果记录数；可将检索表达式重新组合检索；可保存检索策略到“MyNCBI”中做定题检索。SearchHistory仅保存检索式8个小时。,3、MoreResources：可链接进入MeshDatabase、JournalsDatabase、SingleCitationMatcher、ClinicalQueries、Topic-SpecificQueries进行其它检索方式的检索。即MeSH检索、期刊检索、单篇文章匹配检索、临床文献查询、特殊主题查询等。,练习：1.获得性免疫缺陷综合症(AcquiredImmunodeficiencySyndrome)的综述性文献。2.肾衰动物实

12、验文献(kidneyfailure)要带文摘。3.查2008年至今肿瘤方面的论文,带免费全文。4.查T.R.Gordon发表的论文。5.高血压(hypertension)和糖尿病(diabetesmellitus)的关系方面的英文文献。,三、MeSH检索：可进行主题词的查找并检索该主题词的文献；可进行主题词与副主题词组配检索；可进行主题词的加权检索；可进行主题词的扩展检索。,五、保存检索结果（Saving）PubMed系统允许最多可保存5000条记录选择保存格式，点击“sendto”键,练习：1.乙肝病毒(HepatitisBVirus)遗传学(Genetics)方面的文献。2.过敏(Hypersensitivity)的病因学(Etiology)方面的英文文献。3.缺血性心脏病(ischemicheartdisease)引起心力衰竭(heartfailure)老年人方面的文献。4