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文档简介

1、Haploview 安装使用说明,131017,Haploview是一个进行单倍型分析的一个软件，该软件具有如下功能： 1.连锁不平衡与单倍型分析 2.单倍型人群频率估算 3.SNP与单倍型关系分析 4.相互关系的排列测验 5.可以从HapMap上直接下载基因型信息,Part 1 安装,1、软件： 1） Haploview必须在JAVA环境下才能运行，因此在安装该软件之前，必须先安装一个“JAVA”,2）java安装完之后需要改变环境变量,Java_home变量：C:Program Files (x86)Javajre6,Classpath变量：C:Program Files (x86)Jav

2、ajre6libdt.jar; C:Program Files (x86)Javajre6libtools.jar; C:Program Files (x86)Javajre6bin,Path变量：C:Program Files (x86)Javajre6bin,3）检验java环境是否安装完成 开始-运行-键入“cmd” 键入命令java _version,java,javac几个命令，出现画面，说明环境变量配置成功,4）安装haploview软件,2、haploview使用,1）寻找tag snp,进入hapmap： /,LD Pl

3、ot 表示该基因所以snp 的的连锁情况，各个方 块的颜色由浅至深（白红），表示连锁程度由低到高，深红色表示完全连锁。,2)连锁不平衡和单倍体分析,Data file需要输入的数据格式要求6列 1列：家系的ID，如果你分析的是无关个体，建议用自然序号1,2,3.来替代。 2列：个体的ID，做无关个体的研究则每个个体的编号不能重复 3列，4列：分别表示父亲的ID 、母亲的ID，做无关个体的研究，则第三列，第四列都赋值为0。 5列：个体的性别信息。1代表男性，2代表女性。 6列：个体的患病状态。0表示疾病状态未知；1表示个体未患病，2代表个体患病。,7列之后，每两列代表一个SNP位点 ，由于不能识别A/C/G/T，只能用数字表示： 1代表碱基A；2代表碱基C；3代表碱基G；4代表碱基T。缺失数据用0表示。,在excel表格中整理的有关myd88的snp数据，将其copy至txt文档中，将txt文档命名为 Myd88.txt之后更改扩展名为myd88.ped,整理myd88有关snp位点，以及

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