实验四蛋白质序列、结构的获取和显示

1、实验4 :蛋白质序列，结构的获得与显示，基因与蛋白质组研究资料分析，1，学习交流PPT，实验项目4 :蛋白质序列，结构的获得与显示， 实验目的和要求：蛋白质序列数据库掌握Uniprot的检索方法和格式特征掌握蛋白质结构数据库PDB的格式特征掌握蛋白质结构显示软件Pymol学习交流PPT，uni prot:universalproteinresource蛋白质序列目录最广它包括三个子库： uniprotkb (uniprotknowledgebase ) uniref (uniprotreferenceclusters ) uniparc (uniprotarchive )和uni。 europ

2、eanbioinformaticsinstitute (embl-ebi )、sibswissinstituteofbioinformatics、属性信息资源(proteinformationresource ) proteinsequencedatabase (PIR-PSD )，4，学习通信PPT，UniProt的网站：5，学习通信PPT，3 .数据查询unippt关牛鼻子字检索，6，通信PPT 例1 :研究依存于象鼻虫细胞周期蛋白质的酪氨酸蛋白激酶(CDK2)的构造数据(网站数据库Uniprot网站(2)在检索栏中“proteinknowledgg7、学习通信PPT、8、学习通信PPT、

3、9、学习通信PPT、10、学习通信PPT、11、学习通信PPT、12、学习通信PPT、与其他数据库的网络链接DT 01-NOV-1999、集成版本/trembl.dt01-nov-1999、序列版本1.dt21-mar。 gn名称=CDK 2； osparameciumtetraurelia.oceukaryota； Alveolata； 刺猬； 国际货币基金组织； OC Oligohymenophorea； 潘妮丝莉达； 参数；参数； Paramecium. OX NCBI_TaxID=5888； 头部区，15，学习交流PPT，引文区，rn1rpnucleotidesequence.RC s

4、train=51 s； RX MEDLINE=99448661； PubMed=10519216； rx doi=10.1111/j.1550-7408.1999.TB 06065.x。 拉张h .贝格尔j.d . rtanovelmemberofthecyclin -从属dependentkinasefamilyinparameciumrttetraurelia . rlj.eukaryot .微软. 463360482-491 (1999 ) 评审区域cc- seeccdistributedunderthecreativecommonsattribution-noderivslicense

5、cc-。 相关文献编号或提交序列的注册信息、序列注释信息、16、学习交流PPT、交叉表丙二烯数据库区域、DR EMBL； AF126147； AAD34354.1； -； Genomic_DNA. DR HSSP； P24941； 1 oiq.dr属性模型入口； Q9XYV1；-. DR GO； GO:0005524； f :可承诺量绑定； IEA :单机版kw.dr go； GO:0004674； f 3360保护序列/三联网连接活动。 IEA :互联网协议； IPR011009； 中国国际航空运输协会； IPR000719； 关键字：出图，出图。 IPR017441； protein _

6、kinase _ ATP _ bs .驱动程序。 IPR002290； 游戏名称：战斗机/双人机/战斗机。 IPR008271； 卡片/卡片/卡片。 PF00069； p金丝； 1 .灾难智能； SM00220； S_TKc； 1 .灾难恢复收发机； SSF56112； Kinase_like； 1 .灾难保护； PS00107； protein _ kinase _可承诺量； 1 .灾难保护； PS50011； PROTEIN_KINASE_DOM；属性_关键字； 1 .灾难保护； PS00108； protein _关键字_ ST； 1、17、学习交流PPT、序列区、KW ATP-bind

7、ing； 环丙烷； 金丝； 空间绑定；空间绑定； 传输序列301 aa； 34675 MW毫瓦； E839F1A5EA0D5CB5 CRC64。 mdlaqseeryqklekigegtyglvykardnqtgdivalkkirmdhedegvpstaireislkevqhpnivplkdvydesrlylifdfvdlkkymesvpqldrmqvkfinqmiqalnychqnr glplktythevitlwyrapeillgqrqystpvdiwslgcifaemaqkrplfcgdseidqlfkimgtpkestwpgvstlpdfkstfprwptppatlgkdittlgk

8、kmityd pyaritaeea l 氨基酸序列、18、学习交流PPT、DNA查询密码、氨基酸查询密码、19、学习交流PPT、FASTA文件格式、20、头部区域的主要领域的含义。 用Uniprot研究了(1)拟南芥的油菜素内酯接纳体gibberellin receptor GID1C，(2)水稻独角金内酯水解作用酶催化剂strigolactone hydrolase D14的蛋白质序列，这两种蛋白质是多少个氨基写出与它们对应的mRNA检索编号(这样的格式N*_* )和GeneID编号。 工作，21，学习交流PPT，双蛋白质结构数据库，PDB Protein DataBank，美国Brookh

9、aven国家实验室管理生物大分子三度空间结构原子坐标数据库NCBI structure:MMDB (molecularmodelling，22，交流ppb 学习PDB数据库(protein data bank )、1 .美国Brookhaven实验室于1971年成立的大分子结构数据库PDB蛋白质结晶结构数据库(protein data bank )。 PDB数据库维护由结构生物学研究合作组织(researchcollaborationforstructuralbioinformatics，RCSB )负责。 学习23、交流PPT，2 .通过数据源实验(x射线晶体衍射、核磁共振、电子显微镜法等)

10、测定的生物大分子三次元结构。主要是蛋白质的三次元结构，也包括核酸、糖类、蛋白质和核酸复合物的三次元结构. 24、学习交流PPT，3 .数据统一修订截止到2013年11月，PDB数据库包含95644个结构数据，其中约92.5%为蛋白质结构。25、学习通信PPT、26、学习通信PPT、4 .数据查询PDB中记录有唯一的PDB-ID，可包括4个字符串，能够组合大写AZ和数字09。 PDB及其镜像站点可提供每个PDB报告查询密码的查询，并可检索每个特定查询项，如提交数据、作者姓名和结构表示。 27、学习交流PPT，检索演示，例1 :调查人泪液载脂蛋白结构数据(1)在pdb网站上网站数据库(2)在检索栏

11、中选择“Everything”，在字符框中输入“humantearlipocaace” 第一步：选择人泪液脂蛋白1XKI，30，学习Seq.Similarity，3D Similarity，第二步：选择人泪液脂蛋白1XKI，30，学习Seq.Similarity，3D Similarity (返回Summary标签，可以在右侧的Biological Assembly区域观察蛋白的三次元结构。 (5)也可以喀呖声右侧目录查询上的Download Files，下载不同格式和内容的文件或下载FASTA序列文件的PDB文件(1XKI.pdb )。 在31、学习交流PPT、第三步骤：观察数据信息1XKI

12、、32、学习交流PPT、33、学习交流PPT、第四步骤： 1XKI构造展示图、34、学习交流PPT、第三步骤各查询密码中37、学习交流PPT，在PDB文件中，将牛鼻子字SEQRES作为显式序列标记，以该牛鼻子字开头的各行是序列的相关信息，即PDB的隐式序列是包含各原子的名称和原子的三维坐标的立体化学数据。 38、学习交流PPT、PDB文本文件，在平板电脑上打开，标题部分、分子种变压器波特酒、该文件的发表日、该化合物的PDB查询密码、该化合物的出处、结构测定者姓名、REMARK是该PDB文件的参考文献、最学习交流PPT、二级结构、连接符单元特征和坐标变换，42，学习交流PPT，连接部分，坐标部分

13、，1-6 “ATOM或HETATM”，7-11原子序列号，13-16原子名称47-54 Z坐标，55-60位置，61-66温度因子，79-80原子带的电荷，77-78元素符号，、 是选择的对象按钮A:对该对象的各种action， s :显示该对象的某个样式，h :隐藏某个样式，l :显示某个标签，c :显示显示的颜色，44，学习交流PPT，以喀呖声all的cartoon形式显示蛋白质3ODU中的c，by 当喀呖声右下犄角旮旯的s时，在窗口上出现蛋白质氨基酸排列顺序，找到1164位的ITD，配体，45，学习交流PPT，喀呖声并选择ITD后，选择sele中包含的rename selection，在窗口中显示并选择sele 喀呖声行中的s以选择“sticks”，喀呖声c以选择“by element”，然后调整窗口以使该分子清晰可见。、46、交流PPT、IDT行喀呖声a选择find、polar contacts，进而根据需要进行选择，当在此选择to other atoms in object时，分