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生物学文献检索 PubMed与Highwire简介 常民 PubMed l l l/entrez/query.fc gi? lNational Center for Biotechnology Information，NCBI lNational Library of Medicine，NLM lNational Institution of Health，NIH PubMed简介 PubMed由创建机构：美国国家医学图书馆 下设的美国生物技术信息中心(NCBI)，目前美 国国立医学图书馆（NLM）、国际MEDLARS成 员（中国为第16个成员国）及合作的专业组织 共同研制开发，是目前国际上公认的检索生物 医学文献最具权威、利用率最高、影响最广的 数据库，也是我国教育部、卫生部认定的科技 查新必须检索的国外医学数据库。 PubMed lPubMed 是查找众多与生物医学健康主题密切相关 信息的优秀数据库系统。 lPubMed comprises more than 21 million citations for biomedical literature from MEDLINE, life science journals, and online books. Citations may include links to full-text content from PubMed Central and publisher web sites. lPubMed 收录了全世界70多个国家和地区1966年以 来的4600余种生物医学期刊，从1950年至今已超过 一千五百万记录。 l1997年6月起提供全免费服务，数据周二至周六每 天更新. PubMed-Entrez 检索系统 Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定 位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同 时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一 个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这 些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全 基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的 一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构，和 参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得， PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在 MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到 参与的出版商网络站点的全文文章。 PubMed 数据来源 1 MEDLINE (1966至今) 2 PreMEDLINE 3 Publisher supplied citations 4 Oldmedline(19511965) 5 In Process Citations：每天收录，尚未 经规范处理的数据。pubmed-in process MEDLINE l收录了全世界70多个国家和地区1966年 以来的4600余种生物医学期刊，目前文 摘条目1300万篇，年报道量近40万条， 英文刊物占90%、3/4有英文摘要，每周 更新。 l内容涉及：医学、药学、牙医学、护理 学、卫生保健、兽医学等专业。 l记录标注PubMed - indexed for MEDLINE PreMEDLINE l临时性医学文献数据库，每天接收 新数据，经MeSH词表标引后，每 周向Medline移加一次。 l记录标注PubMed - in process Publisher Supplied Citation l出版商直接向PubMed递送的电子文献。 其中有一部分在Medline中未收录。 l记录标注PubMed - as supplied by publisher //pubmed 常用工具常用工具 Welcome to PubMedWelcome to PubMed 使用帮助使用帮助更多服务更多服务 检索词输入框检索词输入框 在靠近页面上部的地方，即是供我们输入所需 查询内容的检索框。 在检索框中输入查询词，然后单击“Search”按钮 或按回车键，PubMed将会自动开始检索，并将检索 到的相关条目显示在屏幕上。在检索框前面，你还可 以选定所要检索内容的数据库范围，除NCBI的数据库 以外，可供选择的还有：PROTEIN, Nucleotide, STRUCTURE, POPSET等等。 如何使用PubMed 在主界面的下方框（如上图），有： Single Citation Matcher输入期刊的信息可以找到某篇的文献或整个期刊的内容 。 Batch Citution Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。 Clinical Queries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定 在4个范围：治疗、诊断、病原学与预后。 Topic-Special Queries这一部分为特殊要求设置的，主要仍是健康和医疗。 MeSH Database 可以用它来分层流览MeSH表。 Journals Database 期刊浏览。 Clinical Trials 临床试验。 E-Utilities 电子应用。 LinkOut 这是文献的数据库链接。 Pubmed检索规则 Automatic Term Mapping词汇自动转换 1、 MeSH Translation table Vitamin c 转换为 “ascorbic acid”Mesh Terms OR vitamin cText Word 想要查验检索词的转换情况，并进行调整和保存检索策 略，可查看“Search details” 词汇自动转换 2、Journals Translation table lNew England journal of medicine 转换为 “N Engl J Med”Journal l三种不同表达方式 刊名全称、MEDLINE刊名缩写格式、ISSN JrId: 1 JournalTitle: AADE editors journal MedAbbr: AADE Ed J ISSN: 0160-6999 ESSN: IsoAbbr: NlmId: 7708172 JrId: 2 JournalTitle: AANA journal MedAbbr: AANA J ISSN: 0094-6354 ESSN: IsoAbbr: NlmId: 0431420 3、Phrase List lCold compresses 在前两个表中均未找到，而在短语列表中找到这个词 4、Author Index l姓前（全称）、名后（首字母缩写）Smith JC 当一个短语在前三个表中都找不到匹配词，并且有1或 2个字母在词后时，PubMed就会到作者索引中查找。 词汇自动转换 词汇自动转换 如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹 配的词时，PubMed就将短语劈开，用AND 将 短语中的单个词连接起来在全部字段中查找， 直到找到相应的词为止。 例：pressure point转换为(“pressure”MeSH Terms OR pressureText Word) AND pointAll Fields) Pubmed检索规则-短语检索 l如果在短语上加双引号，系统将只在 Phrase List中查找 ，不再进行转换。 例如： “single cell” “oxygen free radicals” AND、OR、NOT必须大写。 lung AND apoptosis; vitamin c OR ascorbic acid； Lead poising NOT children l运算优先级为（） NOT AND OR。 例如：drug therapy AND （asthma OR hay fever） l布尔逻辑检索允许在检索词后面附加字段标识 例如：dnamh AND crickau AND 1993dp l查带文摘的文献（1975年以后出版的文章） 检索词 AND hasabstract 例如，Neoplasms AND hasabstract Pubmed检索规则- 布尔逻辑运算： Pubmed检索规则- 截词检索：* l例：输入infect*，可检出infection、 infectious,infective,infectivity,infector等 l输入depend*，可检出depend, dependent, dependable, dependence, dependency等 l截词检索只限于单词，对词组无效， Pubmed检索规则-检索途径与方法 基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search (preview/index) 限定检索 - Limits Search 期刊检索 - Journal Databases 主题词检索 - MeSH Databases 引文匹配 - Citation Matcher 临床查询 - Clinical Queries Pubmed基 本 检 索 直接输入检索词或检索式 Pubmed基 本 检 索 l检索步骤：输入检索词，点Search按钮或按回车 l检索词的输入形式： 输入单词或短语或表达式，也可用*及“ ” 如，aspirin；stomach ulcer Iddm AND apoptosis asthma Kamada A 或asthma,Kamada A 著者姓名：weng xz、 “ weng xz ”au 刊名标题：刊名全称、缩写、ISSN Journal of leukocyte biology、J leukoc biol、 0741-5400 基 本 检 索 备注： l刊名后附加字段标识符 刊名与主题词相同的期刊 gene therapyta、scienceta、cellta 单个词刊名的期刊,Scanningta l带括号刊名的期刊，录入时应将括号省略 J Hand SurgAm输入格式为J Hand Surg Am l分析该检索课题，包含两个方面： 肝癌：liver cancer； 治疗：therapy l两个主题之间的逻辑关系是AND，即 liver cancer AND therapy （liver cancer） AND therapy 基本检索举例1：肝癌的治疗 l分析该检索课题，包含两个方面： 作者为：施一公（Shi Yau）； 作者单位为： 清华大学（Tsinghua universityad）。 用AND将二者组合起来。 l结果为： Results: 1 to 20 of 45；但分析具体结果， 第三个结果不是命中结果，主要原因是重名的问题。 基本检索举例2：清华大学施一公教授发表的文献 高级检索 l分析该检索课题，包含两个方面： 作者为：施一公（Shi Y）； 作者单位为： 清华大学（Tsinghua universityad）。 l作者为：施一公（ Shi Y ）的检索结果； 作者单位为：清华大学（Tsinghua universityad ）的检索结果