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miRNA 数据库及靶基因分析软件 1 miRBase http www mirbase org miRBase 序列数据库是一个提供包括已发表的 miRNA 序列数据 注释 预测基 因靶标等信息的全方位数据库 是存储 miRNA 信息最主要的公共数据库之一 miRBase 提供便捷的网上查询服务 允许用户使用关键词或序列在线搜索已知 的 miRNA 和靶标信息 2 miRecords http mirecords biolead org 动物 mirna 的靶相互作用的数据库 包括人工收集实验验证的 预测的 miRNA 的靶目标 靶标预测工具 DIANA microT MicroInspector miRanda MirTarget2 miTarget NBmiRTar PicTar PITA RNA22 RNAhybrid and TargetScan TargertScanS 3 PMRD http BioI PMRD 是一个关于植物 microRNA 数据库 包括了 microRNA 序列和它们的靶 基因 二级结构 表达谱 基因组搜索等等 并且该数据库尝试着整合大量的 关于植物 microRNA 的数据 4 CoGeMiR http cogemir tigem it CoGeMiR 数据库总结关于在进化过程中 microRNA 在不同动物中的保守性 该 数据库搜集已知的和预测的 microRNA 关于染色体定位 保守性和表达谱方面 的信息 5 MicroRNAdb MicroRNAdb 是一个关于 microRNA 的综合性数据库 相比其他数据库 MicroRNAdb 搜集的 microRNA 更完整且进行了充分的注释 如今 该数据库 有 732 个 microRNA 序列的条目和 439 个详细的注释 6 miRWalk http www ma uni heidelberg de apps zmf mirwalk miRWalkis 是一个综合性数据库 提供来自人类 小鼠和大鼠的 miRNA 的预测 信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点 7 TarBase http diana cslab ece ntua gr tarbase TarBase 数据库人工搜集了实验验证过的 miRNA 的靶基因 包括在人 小鼠 果蝇 蠕虫和斑马鱼中的 miRNA 的靶基因 区分出这些 miRNA 靶基因中的对 的和不对的 8 miRGator http genome ewha ac kr miRGator miRGator html miRGator 数据库是一个引导对 miRNA 进行功能阐释的工具 功能分析和表达 谱结合靶基因预测 可以对 miRNA 的生物学功能进行推测 9 miRGen http www diana pcbi upenn edu miRGen html miRGen 是一个整合型数据库 包括 i 动物 miRNA 和基因组元件之间的位置关 系 ii 通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物 miRNA 靶基因 10 miRNAMap http mirnamap mbc nctu edu tw miRNAMap 数据库搜集了多个物种的经过试验证明的 microRNA 和 miRNA 靶 基因 其中包括人类的 小鼠的 大鼠的以及其他多细胞动物的基因组 11 Vir Mir http alk ibms sinica edu tw cgi bin miRNA miRNA cgi Vir Mir 数据库提供预测的病毒 miRNA 的候选发夹结构序列 12 ViTa http vita mbc nctu edu tw ViTa 数据库搜集来自 miRBase ICTV VirGne VBRC 等数据库的病毒数据 包括了已知的病毒的 miRNA 以及相应的由 miRanda 和 TargetScan 预测的宿主 miRNA 靶基因 ViTa 还提供有效的注释 包括人类 miRNA 的表达情况 病毒 感染的组织等 13 ASRP Database http asrp cgrb oregonstate edu db ASRP 网站组织了拟南芥中的小 RNA 的信息 这些小 RNA 是通过 ASRP 或其 他实验室分离得到的 14 miRNApath http lgmb fmrp usp br mirnapath tools php miRNApath 是一个关于 miRNA 靶基因以及代谢通路的的数据库 15 miRex http miracle igib res in mirex miRex 是一个分析 microRNA 基因表达的在线资源库 搜集 整理和分析已发 表的关于 microRNA 基因表达的数据 它允许研究者通过数千数据点来分析基 因表达和提供 microRNA 基因表达数据的在线保存 16 PolymiRTS http compbio uthsc edu miRSNP 自然产生的 miRNA 的靶标位点 DNA 变异的数据库 17 SeqBuster http estivill lab crg es seqbuster a bioinformatic web interface able to custom analyze deep sequencing data to study miRNA variants or isomiRs From Genetic Causes of Disease Group Genes and Disease Program Centre for Genomic Regulation CRG Pompeu Fabra University Barcelona Catalonia Spain 18 WMD3 http wmd3 weigelworld org cgi bin webapp cgi WMD3 designs artificial microRNAs amiRNAs The 21mer amiRNA21mers can specifically silenceg single or multiple genes of interest in more than 90 plants From Max Planck Institute for Developmental Biology 72076 T bingen Germany 19 TargetScan http www targetscan org TargetScan 是通过搜索和每条 miRNA 种子区域匹配的保守的 8mer 和 7mer 位点 来预测靶基因 20 microRNA org http www microrna org miRanda 数据库提供了关于人类 果蝇和斑马鱼基因组的 microRNA 靶目标的 预测信息以及 miRNA 在不同组织的表达谱 21 PicTar http www pictar org icTar 是通过一定计算法则来鉴定 microRNA 的靶目标的 该可搜索的网站可以 提供以下物种的关于 microRNA 靶目标的预测详细信息 包 括 脊椎动物 七 个果蝇种类 三个线虫种类和人类的非保守但共表达的 microRNA 的靶目标 例 如 表达在同一组织的 microRNA 和 mRNA 22 RNAhybrid http bibiserv techfak uni bielefeld de rnahybrid RNAhybrid 是一种用于寻找一条长链 RNA 和一条短链 RNA 的最小配对自由能 的工具 是通过一种域码来实现的 例如一条短链序列结合到长链的最佳位置 上 该工具主要作为 microRNA 靶基因预测用 23 microInspector http bioinfo uni plovdiv bg microinspector microInspector 提供 miRNA 结合位点的预测 24 TripletSVM TripletSVM 是一个用于预测一个具有发夹结构的被查询序列是否是一个真正的 miRNA 前体物的程序 25 TransmiR TransmiR 是关于转录因子的 microRNA 调节的数据库 对于用于学术研究室免 费的 26 miR2Disease 8080 miR2Disease search jsp miR2Disease 数据库是一个人工注释的数据库 主要收录的是与人类疾病相关的 microRNA 信息 27 S MED http www oncomir umn edu SMED index php S MED 肉瘤 microRNA 表达数据库 是一个存储 miRNA 表达谱的数据库 这些 miRNA 是在多种人的肉瘤中以及一些选择的正常组织中发现的 28 PMRD 植物 microRNA 数据库 26 deepBase deepBase 从新一代测序技术 深度测序技术 deep sequencing 数据中注释和鉴定 microRNA piRNA siRNA 基因及长非编码 RNA 基因及其他们的表达模式 30 starBase starBase 从高通量的 CLIP Seq 实验数据 CLIP Seq 和 HITS CLIP 和降解组实验 数据中 degradome sequencing 搜寻 micorRNA 的靶标 提供了各式各样的可视 化界面去探讨 microRNA 的靶标 31 PITA http genie weizmann ac il pubs mir07 mir07 data html PITA 基于靶位点的可接性 target site accessibility 预测 microRNA 的靶标 32 RNA22 RNA22 基因序列特征预测 microRNA 的结合位点 33 miRTarBase http mirtarbase mbc nctu edu tw index html 一个全面收集已被实验验证的 microRNA 靶标数据库 34 miRanda http www microrna org microrna home do miRanda 是 John 等于 2003 年 5 月开发的第一个 miRNA 靶基因预测软件 miRanda 适用范围广泛 不受物种限制 同时提供了 windows linux 和 macintosh 多平台版本 可以下载到本地运行 碱基互补方面 miRanda 算法和 Smith Waterman 算 法相似 但它以碱基互补 如 A U G C 等 代替 Smith Waterman 算法中的碱基匹配 如 A A U U 等 来构建打分矩阵 允许 G U 错 配 为了体现 miRNA3 端和 5 端和靶基因作用过程中的不对称性 软件给出了 scale 参数 5 端 11 个碱基得分值乘以该值 然后和 3 端 11 个碱 基得分值相加作为 碱基互补得分 同时强调 miRNA 第 2 到 4 位碱基和靶基因精确互补 第 3 到 12 位碱基和靶基因错配不得多于 5 个 9 到 L 5 L 为 miRNA 总长 位碱基至少 一个错配 最后 5 个碱基错配不得多于两个 35 DIANA microT http www microrna gr microT 网站无 DIANA microT 是 KiriakidouM 等基于实验和计算生物学方法开发的 miRNA 靶 基因预测软件 和 miRanda 预测结果中可能出 现一个 miRNA 对应多个靶位点 或多个 miRNA 对应一个靶位点而丢掉了 miRNA 调控单个靶位点不同的是 DIANA microT 考虑了 miRNA 调 控单个靶位点的情况 DIANA microT 预测 算法基于以下两点来判别 miRNA 靶基因 miRNA 和靶基因间的高亲和力 主要通过结合能来衡量 影响 miRNA 和靶基因所形成二聚体茎环结构环部 位置和环大小的 miRNA 相关蛋白可能指导 miRNA 和靶基因的相互作用 36 RNAhybrid http bibiserv techfak uni bielefeld de rnahybrid RNAhybrid 是 Behmsmeier M 等基于 miRNA 和靶基因二聚体二