生物类研究生必学DNAMANDNAstarprimerEndnote常用功能介绍

1、DNAMAN DNAMAN是美国Lynnon Biosoft公司开发的高度 集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日 常核酸和蛋白质序列分析工作，包换多重序列比对、 PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质 粒绘图等。该软件是所有生物信息学研究人员所必 备的，强烈推荐使用! DNAstar DNAstar软件，即著名的Lasergene Suite，功能 主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群 的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序 列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（PCR引 物，测序引物，探针）。由EditSeq 、MegAlign、 GeneQuest 、MapD

2、raw 、PrimerSelect 、 Protean 、SeqMan II七个模块组成。 Primer Primer是由加拿大的Premier公司开发的专业用于 PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件。 其主要界面同样也是分为序列编辑窗口 （Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和 纹基分析窗口（Motif）。 EndNote EndNote 是THOMSON 公司推出的最受欢迎的一 款产品，是文献管理软件中的佼佼者。其具有海量 文献信息的管理、全文管理、笔记管理、自动编排 论文或书籍的参考文献、利用杂志全文

3、模版撰写论 文、统计与分析等功能，强烈推荐！ 养成良好的阅读习惯，不管做实验还是写文章将会 事半功倍。 DNAMAN功能很多，这里我们主要讲以下几个常 用功能： 序列形式的变换 DNA序列的限制性酶切位点分析 序列比对分析 打开DNAMAN会出现如下界面 主菜单栏 浏览器栏 工具栏 载入序列的方法： 主菜单栏文件打开选择要载入的序列 主菜单栏文件新建直接将序列复制过来 主菜单栏序列载入序列选择要打开的文件 类型选择相应的要打开的文件 序列格式转换 载入序列 主菜单栏序列显示序列 寻找酶切位点 载入序列 主菜单栏限制性酶切限制性酶切分析 序列比对 主菜单栏序列比对多重序列比对 工具栏多重序列比对

4、 DNAstar功能强大，这里主要讲EditSeq。 file open 选择所需的序列Set Ends 输入序列起始和终止位点 该命令用来去除5和3端污染序列 寻找开放阅读框：打开序列search Find ORF 点击Find Next DNA序列翻译：找到开放阅读框后选择Goodies Translate DNA 引物设计以及Primer5.0的使用 引物设计的原则 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的 比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因， 通过序列分析软件（比如DNAman）比对各基因 相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物

5、长度一般在1530碱基之间。 引物长度常用的是18-27 bp，但不应大于 38，因为过长会导致其延伸温度大于74，不适 于Taq 酶进行反应。 3.引物GC含量在40%60%之间，Tm值在5580 之间，最好接近72。 4.引物3端要避开密码子的第3位。 如扩增编码区域，引物3端不要终止于密码 子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影 响扩增的特异性与效率。 5.引物3端不能选择A，最好选择T。 引物3端错配时，不同碱基引发效率存在着很 大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情 况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时， 错配的引发效率大大降低，G、C错配的引发效率 介于A、T之间

6、，所以3端最好选择T。 6. 碱基要随机分布。 引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有 聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3端不应超过3个连 续的G或C，因这样会使引物在GC富集序列区错误 引发。 7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列。 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠 成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结 构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自 身不能有连续4个碱基的互补。 两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3 端 的互补重叠以防止引物二聚体（Dimer与Cross dimer） 的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不

7、可避免的话，应尽量 使其G值不要过高（应小于4.5kcal/mol）。否则易 导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使 PCR 反应不能正常进行。 8. 引物5 端和中间G值应该相对较高，而3 端 G值较低。 G值是指DNA 双链形成所需的自由能，它反 映了双链结构内部碱基对的相对稳定性，G值越 大，则双链越稳定。应当选用5 端和中间G值相 对较高，而3 端G值较低（绝对值不超过9）的 引物。引物3 端的G 值过高，容易在错配位点形 成双链结构并引发DNA 聚合反应。 9.引物的5端可以修饰，而3端不可修饰。 引物的5 端决定着PCR产物的长度，它对扩增 特异性影响不大。引物的延伸是从3

8、 端开始的，不 能进行任何修饰。3 端也不能有形成任何二级结构 可能。 10. 引物应具有特异性。 引物设计完成以后，应对其进行BLAST检测。 如果与其它基因不具有互补性，就可以进行下一步 的实验了。 打开Primer5.0，会出现如下界面 选择File New DNA Sequence或者File Open DNA Sequence，输入或者打开所需的序列。 这里我们主要讲引物设计这个功能，点击Primer， 则会出现以下界面： 点击Search 引物类型 搜索模式 5引物位置范围 3引物位置范围 引物长度 产物大小 点击OK,出现搜索结果，选择其中一条 发夹结构 引物二聚体 错误引发 一

9、对理想的引物应当不存在任何一种上述结构， 但是，实际操作中我们常常遇到： 选择要修改的引物，点击Edit Primers，对引物进 行修改，修改完成后点击OK。 引物设计完之后我们再来看一下引物内部的稳定性： 主菜单栏Report Internal Stability 运行EndNote后，出现的第一个界面如下： 我们可以新建一个数据库： 如何将文献导入数据库 1. 电脑里的本地文献 选择Import File出现以下界面： 选择一个文件导入 双击该文献的标题 由于导入本地文献要编辑文件信息比较繁琐， 所以一般选择通过网络导入。这里，英文和中文 文献又有所区别，首先讲一下如何通过网络导入 英文

10、文献： 我们双击一篇文献，可 以看见其信息比较完整 选中所有文件，右键，Find Full Text，下载文献 再讲如何导入中文文献。 一般我们下载中文文献都是从一下3个网站下载： 中国期刊网、万方、维普，下面就讲讲如何用 endnote导入这三个网站上的文献。 点击存盘，选择Endnote格式输出 点击输出到本地文件并保存。打开Endnote,选择Import File出现以下界面： 点击输入，则将该文献信息导入到了Endnote里 双击导入的文献，查看文献信息 由于Endnote上没有中文数据库（没找到），所以我们要将 所导入的文献下载下来，将其复制到File Attachments下面

11、导出、保存，再将其导入Endnote，下载该文献， 复制到File Attachments下面 导出后保存，用endnote打开 导入后再将下载好的文献复制到File Attachments下面即可 载入序列的方法： 主菜单栏文件打开选择要载入的序列 主菜单栏文件新建直接将序列复制过来 主菜单栏序列载入序列选择要打开的文件 类型选择相应的要打开的文件 寻找开放阅读框：打开序列search Find ORF 7. 引物自身及引物之间不应存在互补序列。 引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠 成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结 构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自 身不能有连续4个碱基的互补。 两引物之间也不应具有互补性，尤其应避免3 端 的互补重叠以防止引物二聚体（Dimer与Cross dimer） 的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量 使其G值不要过高（应小于4.5kcal/mol）。否则易 导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使 PCR 反应不能正常进行。 9.引物的5端可以修饰，而3端不可修饰。 引物的5 端决定着PCR产物的长度，它对扩增 特异性影响不大。引物的延伸是从3 端开始的，不 能进行任何修饰。3 端也不能有形成任何二级结构