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文档简介

1、 Before After Quantile normalization Affymetrix，illumina芯片由于有探针重复，可以利用统计方法 计算出一个统计性的P值或者score值，筛选差异表达基因 单通道单通道Oligo芯芯 片，尤其是片，尤其是 affymetrix芯片芯片 数据分析用得数据分析用得 较多较多 双通道双通道cDNA芯片数据分析用得较多芯片数据分析用得较多 基因表达数据矩阵基因表达数据矩阵 (Affymetrix GeneChip oligonucleotide arrays) sam/ref 基因表达数据矩阵基因表达数据矩阵 (glass slides) 数据矩阵数

2、据矩阵, ,基因数远大于样品数基因数远大于样品数 对任意一个基因来说对任意一个基因来说,样本值是特征值样本值是特征值,数据的维数是数据的维数是M 对任意一个样本来说对任意一个样本来说,基因值是特征值基因值是特征值,数据的维数是数据的维数是N 聚类时考虑基因之间的相似性，从数学上讲聚类时考虑基因之间的相似性，从数学上讲 就是看对应的就是看对应的M维数据之间的相似性维数据之间的相似性 新算法新算法 新角度新角度 合并多种方法合并多种方法 降维是指将样降维是指将样 本从输入空间本从输入空间 通过线性或非通过线性或非 线性映射到一线性映射到一 个低维空间。个低维空间。 降维可以减少无用信息和冗余信息，将高维数据转换降维可以减少无用信息和冗余信息，将高维数据转换 为易于处理的低维数据，减少了后续步骤处理的计算量为易于处理的低维数据，减少了后续步骤处理的计算量 ，当降至三维以下时还可用于可视化技术，当降至三维以下时还可用于可视化技术，从而发挥人从而发挥人 在低维空间感知上的优点，发现数据集的空间分布、聚在低维空

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