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文档简介

1、Illumina 450K基本内容实验数据：原始数据：数据文件格式为.idat 格式，需要用GenomeStudio 打开；每个样本有两个，分别是_Grn.idat、_Red.idat结尾的文件。甲基化总表：格式为.txt 格式，包括每个样本的 AVG_Beta 值、Detection_p_val 及注释信息。注释列的说明请参见illumina 甲基化表头说明。甲基化比较（客户需事先指定比较分组，否则此文件夹为空）：格式为.txt 格式，包括每组的_AVG.Beta 值、diff_score 值、delta_beta 值以及两组比较的p_value 和adjust pval。其中对照样本的di

2、ff_score 都等于0，delta_beta 都等于1，因此diff_score 和delta_beta 只需要参验样本即可。值：衡量该位点甲基化程度的指标，该值区间（0,1），越接近于1 该位点甲基化程度越高，越接近于0 该位点甲基化程度越低计算公式：PCABox_plotMatrix_plot表格的表头说明为的差异显著性水平的差异显著性水平的校正P-ValueAdjust Pval在两组样本的差值beta-Difference*组的平均值*组的平均值Mean_*Mean_*甲基化表达谱的联合分析将每组比较互相对应的两个差异表（GE和450K），用gene_symbol作为对应ID进行匹配对应，其对应列名在GE中为symbol，在 450K中为UCSC_REFGENE_NAME相反趋势的定性寻找2.2.1 所采用的方法为定性的方法，即：当GE的fc0（即上调）；当GE的fc1（即上调），挑选对应2.1.2的450K须diffscore0（即下调）；关联好的进行cross_plot的绘制Go1.1 使用DAVID的Function Annoon模块（计算。进行柱状图的绘制。）进行富集度pathway2.Pathway富集分析：结果参见pathway文件夹1.1 使用DAV

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