生物医学信息资源及其检索

生物医学信息资源及其检索第1页/共71页PubMed概况创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)1997年6月开始向全球开放特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。与Medline光盘数据库的区别：检索机制、检索界面、检索方法以及收录文献数量不同。第2页/共71页PubMed数据来源MEDLINE：

[pubmed-indexedformedline]InProcessCitations：每天收录，尚未经规范处理的数据。[pubmed-inprocess]Publisher-SuppliedCitations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有[PubMed-assuppliedbyPublisher]。第3页/共71页自动转换匹配功能(AutomaticTermMapping)对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表(MeSHTranslationTable)、期刊刊名表(JournalTranslationTable)、短语表(Phraselist)、作者索引(AuthorIndex)。如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。PubMed检索机制第4页/共71页短语检索(PhraseSearching)也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“

”将其引起来。如：“drugtherapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。PubMed检索机制第5页/共71页PubMed检索运算符逻辑运算符：逻辑与：AND，逻辑或：OR，逻辑非：NOT。当一个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符，chem*表示用词根进行检索。双引号：“

”，表示对引号中的短语进行检索。检索字段标识符：[tag]，tag为字段名称。

[ti]，[au]，[ta]，[la]，[pt]。第6页/共71页常用字段组成标识符字段名称中文释义TITitle题目AUAuthor作者ADAffiliation作者单位ABAbstract文摘DPPublicationDate出版日期TAJournalTitleAbbreviation刊名缩写MHMeSHTerms主题词PTPublicationType

出版类型第7页/共71页/pubmed/PubMed网址第8页/共71页高级检索主题检索期刊检索文献匹配临床咨询特定主题咨询第9页/共71页PubMed检索方法基本检索高级检索主题检索辅助检索第10页/共71页基本检索默认检索字段为主题、作者、期刊第11页/共71页关键词、词(词组)或短语：⑴输入任意关键词：livercancer、Lungcancer；⑵带有双引号”

”作为短语检索：”cancertherapy”；⑶带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如livercancer[ti]作者：SmithJ、Smith[au]2002年以后的文献如果作者有全称，可用全称基本检索第12页/共71页期刊刊名：⑴可用期刊全称：GENETHERAPY[TA]；

⑵可用期刊简称：JAMA[TA]；(TheJournaloftheAmericanMedicalAssociation)⑶刊名中含有特殊字符，如[]、&等，要去掉：如JHANDSURG[AM]输入时要写成JHANDSURGAM截词：chemo*复杂表达式：livercancerANDtherapy带有摘要文献的检索：livercancerANDhasabstract基本检索第13页/共71页分析该检索课题，包含两个方面：肝癌：livercancer；治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，即livercancerANDtherapy

基本检索举例1：肝癌的治疗第14页/共71页分析该检索课题，包含两个方面：作者为：马大龙（madl）；作者单位为：北京大学（pekinguniversity[ad]）。

基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献第15页/共71页得到了两个检索结果：作者为：马大龙（madl）的检索结果作者单位为：北京大学（pekinguniversity[ad]）的检索结果利用检索史把这两个检索结果用AND组合起来基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献第16页/共71页高级检索第17页/共71页第18页/共71页第19页/共71页限制检索或条件检索：Limit(1)全文、摘要

(2)动物、人类

(3)文献类型

(4)语种

(5)数据库子集的限定

(6)年龄组第20页/共71页分析该课题：主题为肝癌治疗，即livercancerandtherapy限制条件有两个：语种为英文（English）；文献类型为综述（Review）高级检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献第21页/共71页主题检索medline数据主题标引规范，用主题词检索，可以提高查全率、查准率点击MeSHDatabase打开主题检索界面第22页/共71页主题检索第23页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献该检索课题有两个概念：长春新碱（Vincristine）、白血病（leukemia）长春新碱治疗疾病，组配副主题词治疗应用（therapeuticuse）白血病药物治疗，组配副主题词药物疗法（drugtherapy）这两个概念之间是AND的关系第24页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用第25页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用第26页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用副主题词第27页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用第28页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用第29页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用第30页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法第31页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法第32页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法第33页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法第34页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法第35页/共71页主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法第36页/共71页通过两个主题检索得到：“长春新碱/治疗应用”的检索结果“白血病/药物疗法”的检索结果两个检索结果用AND组合起来，需要用到检索史主题检索举例：

长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第37页/共71页文献匹配器临床咨询和系统评价辅助检索第38页/共71页文献匹配器系统提供有两种用来查找特定文献的方式：单篇文献匹配器（SingleCitationMatcher）和多篇文献匹配器（BatchCitationMatcher）。如果要查找某一篇文献，点击单篇引文匹配器，输入刊名、日期、卷、期、页码、作者、题目中的一项或多项内容进行检索，系统返回文献记录结果。如果要同时查找多篇文献，则点击多篇引文匹配器，然后在输入框内分行输入每篇文献的查询项目。其中刊名为必需项，其他项目没有时可省略。

第39页/共71页单篇文献匹配器（SingleCitationMatcher）第40页/共71页多篇文献匹配器（BatchCitationMatcher）

输入格式第41页/共71页临床咨询和系统评价用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；检索临床实践过程中的问题，如系统综述、多元分析、临床试验、循证医学、实践指导、遗传学方面。

第42页/共71页临床咨询和系统评价临床咨询第43页/共71页临床咨询和系统评价系统评价第44页/共71页PubMedClinicalQueries

临床咨询第45页/共71页DirectoryofTopic-SpecificPubMedQueries

PUBMED学科、专题数据库/bsd/special_queries.html

第46页/共71页第47页/共71页ClinicalQueriesusingResearchMethodologyFilters临床研究方法第48页/共71页

ClinicalQueriesusingResearchMethodologyFilters

临床研究方法的检索

/entrez/query/static/clinicaltable.html

第49页/共71页SummaryofEnhancementsforClinicalQueriesforMEDLINEforStudies

MEDLINE数据库如何强化临床信息检索功能？

/pubs/techbull/jf04/cq_info.html

第50页/共71页NLMResourcesforInformingComparativeEffectiveness

医学科研信息检索

/nichsr/cer/cerqueries.html#pubmed第51页/共71页/sites/myncbi/recentactivity/

PUBMED上检索当天全球医学科研活动第52页/共71页科学网许培扬博客/home.php?mod=space&uid=280034&do=blog&view=me&from=space第53页/共71页PUBMED数据库高效科研信息的检索方法

/home.php?mod=space&uid=280034&do=blog&quickforward=1&id=417271

第54页/共71页医学语义智能检索平台

/v2/search?s=r&query=Genome-sequencing&so_a=&so_j=第55页/共71页全球语言翻译支持第56页/共71页第57页/共71页全文链接BioMedCentralPubMedPubget

第58页/共71页结果的显示、保存显示保存第59页/共71页结果的显示显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：（1）Summary：为默认显示格式。显示的