Atoms61软件使用指南

Atoms61软件使用指南（以金红石的晶体构造绘图为例）金红石(Rutile)的晶体构造数据P42/mnm(136)4.5941(1)4.5941(1)2.9589(1)Z=2Ti:2a(0,0,0)O:4f(0.3057(7),0.3057(7),0)一、数据输入1.程序运行主界面2.点击《New》进入选择晶系、输入轴长界面3.点击《OK》---《Continue》---《spacegroupfromtable》---《OK》进入空间群选择界面4.点击《OK》---《Continue》---《Defaultunitcell》---《OK》进入选择显示晶胞范围界面5.点击《OK》---《Continue》---《OK》---《Continue》输入原子坐标【注】：(1)Type栏目输入元素的原子序数，该数字在“化学键”、“配位多面体”作图过程中会常常用到；(2)原子半径栏目，一般地阴离子稍大，阳离子稍小；(3)颜色选择时，一般阳离子选择彩色，阳离子选择蓝色。6.原子输入完毕后，点击《OK》--《Abort》--《continue》--《Abort》进入输入文献名界面7.点击<保留>后，即显示晶体构造绘图界面二、图像的修饰及多种其他功能简介1.3D模式显示：左侧的图像显示模式处，下拉改为“3D”2.Input1重要功能简介3.Input2重要功能简介4.连接化学键(相邻阴阳离子以棒状相连接)《Input1》--《Bonds》--《AddBonds》进入化学键连接条件给定界面5.变化背景颜色《Input2》--《Backgroundcolor》把背景变化为白色6.显示晶胞《Input2》--《Unitcell》7.画配位多面体观测上图中，每个钛的周围有6个氧，因此构造的重要配位多面体是[TiO6]配位多面体，目前在途中把[TiO6]配位多面体画出来。《Input1》--《polydydra》--《AddPolyhedra》8.使配位多面体透明《Input1》--《polydydra》，点击《3DParemeters》，显示新菜单，选项具有如下Completelyopaque完全不透明Skeletal—nobonds骨架显示，无化学键Skeletal—withbods骨架显示，带化学键Translucent—nobonds半透明，无化学键Tarnslucent—withbonds半透明，带化学键9.配位多面体附带上配位的角顶离子《Input1》--《polydydra》10.变化图像显示范围《Input1》--《Boundary》三、atoms晶体构造绘图软件与ICSD无机晶体构造数据库的联合使用1.在ICSD数据库找到目的晶体构造数据，并在前面打钩2.《File》--《ExportCheckedLongView》给定文献名称，并把保村类型下拉改为*.cif(cif为晶体构造原则文献的文献扩展名)3.打开atoms软件，选择《import》找到刚刚保留的文献，即可得到前述《数据输入》的成果，再进行图像修饰等操作即可。【注】：若显示为“3D”模式时，图形如下图所示，即表达在数据库文献中，每个原子具有各向异性X射线衍射因子消除各向异性因子措施：改为“Standard”显示模式《In