高通量测序原理和应用-课件

高通量测序原理和应用高通量测序原理和应用Illumina/SolexagenomeanalyzerIllumina/Solexagenomeanalyze可逆阻断技术可逆阻断技术CTAGCTA5’-基于SBS的Solexa测序技术3’-…-5’GT

合成第一个碱基Cycle1:按顺序加入反应试剂

清除未反应的碱基和试剂

激发碱基荧光并收集荧光信号

去除阻断基团和荧光基团Cycle2-n: 重复前面的步骤GTCTAGTCTGCTAGACTAGCTA5’-基于SBS的Solexa测序技术3’-…每一个基因簇就是信号收集照片上一个亮点每一个基因簇就是信号收集照片上一个亮点BaseCalling123789456TTTTTTT

G

T…T

G

C

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A

C

G

A

T…TheidentityofeachbaseofaclusterisreadofffromsequentialimagesBaseCalling123789456TTTTTCS负责将待测样品“种植”于检测芯片(FlowCell)中并进行扩增。GA负责对芯片内的基因片段进行边合成边测序反应(SBS)，收集碱基信息。ClusterStation

GenomeAnalyzerCS负责将待测样品“种植”于检测芯片(FlowCell)中SOLEXA测序种类Single-ReadSequencing

单向测序Paired-EndSequencing

双向测序IndexedSequencing

混合样品测序SOLEXA测序种类Single-ReadSequencSingle-ReadSequencingSingle-ReadSequencing(SR,单向测序)指只检测基因片段一端的序列信息。接头接头互补接头基因序列Single-ReadSequencingSingle-Paired-EndSequencingPaired-EndSequencing(PE,双向测序)是指检测基因片段的两端序列信息。PEmodulePaired-EndSequencingPaired-ESR与PE的FlowCell接头对比SingleReadPairedEndSR与PE的FlowCell接头对比SingleReIndexedSequencing是指将多种样品混合后进行测序的技术。这是为了充分利用solexa高通量的特点，有助于降低成本。ABCDEA:AdaptersB:GenomicDNAC:IndexSeqPrimerD:IndexE:AdaptersIndexedSequencingIndexedSequencing是指将多种样品混合后进行IndexedSequencingIndexedSequencing应用

DNA水平

全基因组测序（denovo和Resequencing）目标区域测序(外显子测序)表观（bisulfite、MeDIP、ChIP-seq）RNA水平小RNA测序RNA-seq（DGE、转录本）

应用DNA水平RNA水平全基因组测序全基因组测序全基因组测序在医口中的应用

单个临床细菌、真菌等微生物的基因组研究多个同属菌株的基因组比较及群体进化宏基因组疾病样本的重测序……全基因组测序在医口中的应用目标区域测序目标区域测序目标区域测序目标区域测序目标区域测序目标区域测序目标区域测序在医口中的应用

单基因病外显子测序复杂疾病外显子测序某种疾病已知的相关基因深度测序以挖掘突变位点等……目标区域测序在医口中的应用表观-Bisulfite表观-Bisulfite表观-Bisulfite表观-Bisulfite表观-MeDIP表观-MeDIP表观-MeDIP表观-MeDIP表观-ChIP-seq表观-ChIP-seq表观-ChIP-seq表观-ChIP-seq高通量测序原理和应用--课件表观在医口中的应用

组蛋白修饰及转录因子研究全基因上的DNA甲基化图谱高CpG区域的甲基化图谱……表观在医口中的应用SmallRNA测序Day1Day2Day3Day4SmallRNA测序Day1Day2Day3Day4SmallRNA测序SmallRNA测序SmallRNA在医口中的应用

两种差异样本之间的SmallRNA比较MicroRNA和基因表达差异综合生物标记……SmallRNA在医口中的应用RNA-seq基因表达差异（DGE）转录本RNA-seq基因表达差异（DGE）DGEDGEDGEDGEFragmentbufferN6primermRNADNARNaseHdscDNASuperscriptIIIDNApolymeraseI转录本FragmentbufferN6primermRNARN

转录本转录本RNA-seq在医口中的应用

用于癌驱动基因的筛选用于融合基因的筛选用于可变剪接的筛选用于RNA水平的SNP分析……RNA-seq在医口中的应用Hiseq2000Hiseq2000Hiseq2000Hiseq2000High-seq2000High-seq2000

SomeofourpartnersoncancerandcomplexdiseasestudiesSomeofourpartnersoncanc高通量测序原理和应用--课