粪便菌群检测标本采集转运标准共识（2026版）

粪便菌群检测标本采集转运标准共识（2026版）总则粪便菌群检测的核心矛盾在于：标本离开人体后，肠道微生态的平衡即刻被打破。若采集与转运环节缺乏严格控制，兼性厌氧菌过度繁殖与专性厌氧菌快速死亡将同时发生，最终测序结果反映的是"死后变化"而非"生前状态"。本共识旨在建立覆盖医患沟通、现场采集、冷链物流、质控验收的全链路标准操作规程（SOP），确保16SrRNA基因测序与宏基因组测序获得的微生物丰度数据具备临床可重复性。本共识适用于各级医疗机构检验科、第三方医学检验实验室（ICL）及肠道微生态科研样本库。涉及霍乱、炭疽等高致病性病原体怀疑时，必须按《病原微生物实验室生物安全管理条例》执行高致病性病原微生物菌（毒）种转运要求，本共识不再适用。术语与定义16SrRNA基因测序：针对细菌核糖体小亚基rRNA基因的V3-V4可变区进行PCR扩增与高通量测序，用于解析肠道菌群物种组成。宏基因组测序：对粪便中全部微生物基因组DNA进行鸟枪法测序，可同时获取物种丰度与功能基因信息。粪便基因组保护液：含有硫氰酸胍、EDTA与Tris缓冲盐的裂解保存液，能迅速裂解细胞并稳定核酸，抑制核酸酶活性，常温下维持菌群结构相对恒定。采集前准备与干扰控制患者生理状态与用药史是决定标本基线质量的首要因素，忽视前置干扰排查将导致后续冷链与质控投入全部失效。用药与饮食干扰控制接受菌群检测的患者，必须在采样前执行严格的洗脱期。抗生素干预：采样前4周内必须停用所有全身性抗菌药物（包括口服与静脉给药）。抗生素不仅直接杀灭靶标菌群，其亚抑菌浓度还会诱导细菌产生耐药基因表达波动，导致宏基因组功能注释出现严重偏差。益生菌与微生态调节剂：采样前2周内必须停用双歧杆菌、乳酸杆菌等活菌制剂及益生元补充剂。外源活菌在测序中会产生高丰度假阳性信号，掩盖患者自身菌群的真实基线。消化道造影与灌肠：采样前7天内严禁进行钡餐造影或钡剂灌肠。硫酸钡会改变肠道渗透压并物理吸附细菌于肠壁，导致标本代表性丧失。若已进行，必须重新预约采样时间，严禁强行采集中重度钡剂污染便。采便耗材与试剂准备专用采集管：必须使用含2∼3mL基因组保护液的无菌螺旋盖采集管。保护液与粪便的体积质量比应控制在辅助工具：配备一次性无菌粪便取样棉签或聚丙烯材质勺柄。严禁使用木质棉签棒（木质中的酸类物质及树脂可能抑制下游PCR反应）或普通卫生纸包裹标本（纸纤维吸水导致标本干结，且易引入外源真菌孢子）。标本采集技术规程标本采集是整个检测流程中人为干预最强、最易引入误差的环节，必须以标准化动作替代患者主观随意操作。采集场景与动作规范场景一：自然排便采集（优先方案）排便介质选择：优先使用专用粪便采集盒（内置便盆支架）。若无专用盒，可在便器水面覆盖一层保鲜膜，将粪便排于保鲜膜上。严禁直接从便器积水中捞取标本（尿液与便器水会改变标本渗透压，引发细菌细胞破裂与杂菌污染）。取材部位与量：用取样勺多点取材。若粪便表面带有黏液或脓血，必须优先刮取异常部位。正常粪便取中央内部。固态便采集200∼500mg（约黄豆至花生米大小），液态便采集混匀与保存：将标本置入含保护液的采集管中，盖紧螺旋盖。在涡旋振荡器上以2000∼2500rpm震荡场景二：便秘或排便困难患者采集若患者自然排便间隔超过72小时，优先使用开塞露（甘油制剂）或生理盐水灌肠辅助排便。严禁使用液状石蜡或磷酸钠盐灌肠液（其化学成分会裂解细菌细胞膜并抑制Taq酶活性）。场景三：婴幼儿纸尿裤标本采集纸尿裤中的高分子吸水树脂（SAP）会迅速吸收粪便水分并使细菌脱水死亡。必须在排便后30分钟内，用取样勺刮取纸尿裤内侧未被树脂层完全吸附的粪便标本。若粪便已与树脂混合呈凝胶状，必须作废重采，严禁勉强送检。不同检测项目的差异化要求检测项目采集量要求保存液要求备注16SrRNA测序200mg必须含核酸保护液关注细菌细胞壁裂解效率宏基因组测序≥500必须含核酸保护液DNA总量需求大，需多点取样真菌内部转录空间（ITS）测序200mg必须含核酸保护液避免使用易引入外源真菌的木质器具粪便钙卫蛋白测定100mg不加保护液，干管送检保护液化学成分会干扰免疫层析反应标本暂存与冷链转运管理菌群标本的降解速率与时间、温度呈指数关系。转运管理的本质是在标本离体到核酸锁定的窗口期内，通过热力学控制将生物活性变化率降至检测阈值以下。暂存温度与时间窗口标本加入基因组保护液并充分均质化后，稳定性显著提升，但仍需严格控制时间节点。短期暂存（24小时内）：可置于2∼8∘长期存储（超72小时）：必须置于−80∘C超低温冰箱冻存。严禁使用未加保护液的裸便标本：必须在排便后30分钟内送达实验室并完成DNA提取。超过30分钟未处理者，必须执行拒收并记录报废。冷链转运操作规程包装规范：采用三层包装系统。主容器为螺旋盖采集管（防漏）；辅助包装为带有吸水材料的密封塑料袋（若主容器破裂，吸水材料需能吸收全部液体）；外包装为EPE珍珠棉减震保温箱。温度监控：保温箱内必须放置经校准的电子温度记录仪，记录间隔设为5分钟。冷链运输全程温度必须维持在2∼8∘C（加保护液标本）或室温15运输时限：同城运输自标本采集至实验室接收，最长时限不得超过24小时；跨省运输必须采用航空冷链或高铁冷链专递，时限不得超过72小时。生物安全与异常情况分级处置粪便标本具有传播肠道病原体的潜在生物安全风险，异常情况的处置不仅关乎标本质量，更直接关系到操作人员与公共环境安全。标本泄漏与洒漏分级响应按泄漏面积与污染范围实行三级响应机制。Ⅰ级响应（轻微泄漏）：泄漏范围仅限于采集管外壁或生物安全柜内台面。判定标准：无人员直接接触，未污染公共区域。启动权限：当班检验技师。处置原则：佩戴双层丁腈手套，使用有效氯浓度为5000mg/L的含氯消毒液浸洒污染区，作用30分钟后清理。清理物置于黄色医疗废物袋双层包扎。Ⅱ级响应（局部泄漏）：标本渗漏至保温箱内，但未溢出外包装。判定标准：保温箱外包装完整，内部辅助包装已发挥拦截作用。启动权限：实验室生物安全负责人。处置原则：在BSL-2实验室内开启外包装，对完好标本进行外表面消毒转移；受污染的包装材料按医疗废物高压灭菌后焚烧处理。对接触人员进行预防性医学观察。Ⅲ级响应（严重泄漏）：标本大量外溢，污染运输工具或公共区域。判定标准：运输工具大面积污染或存在气溶胶产生风险。启动权限：医疗机构生物安全委员会主任。处置原则：立即封锁污染区域，设置10米警戒线。疏散无关人员。专业生物安全处置小组着正压防护服入场清理。向属地卫生健康行政部门及疾控中心报告。标本拒收标准清单以下情况必须执行硬性拒收，严禁妥协进入检测流程：标本量严重不足（固态便<100mg或液态便<标本明显混有尿液、卫生纸或马桶积水。采集管破损、无盖或保护液泄漏超20%。裸便标本离体时间超过30分钟且未加保护液。冷链运输温度记录显示断链，且核心温度曾达到37∘患者信息标签与申请单信息不符或字迹模糊无法溯源。质量控制与持续改进单一的标本合格并非终点，必须建立长效机制，通过对前置环节的系统性测量与干预，驱动整个粪便检测流程的质量螺旋上升。实验室核酸质量验收标准实验室接收标本后，在进行DNA提取前与提取后必须执行双重质控。提取前目视与微观质控：观察均质化程度，若存在未分散的硬结块，需重新震荡。测量保存液pH值，正常范围应为7.0∼8.5，若pHDNA产量与纯度评估：使用紫外分光光度计测定。宏基因组测序要求DNA总量>1μg，A260/A280PDCA闭环管理机制计划：设定每季度标本合格率目标≥95%，核酸抽提成功率执行：按上述SOP严格执行，每月对采集团队与物流团队进行1次专项培训。检查：每月5日前，质控专员导出上月LIMS系统中的标本拒收原因分布表，运用帕累托图分析主要缺陷项。改进：针对前三大缺陷项（如"均质化不良"、"冷链断链"），由质量负责人发起整改单，要求责任部门15个工作日内提交根本原因分析（RCA）与预防纠正措施（CAPA），并跟踪闭环。附录附录一：粪便菌群检测标本采集登记表样表患者姓名张某某门诊/住院号12345678采集日期2026-XX-XX采集时间08:30标本性状成形软便/稀水样便/黏液脓血便标本重量350mg末次抗生素使用停药时间2026-XX-XX末次益生菌停药时间2026-XX-XX采集场景自然排便/灌肠后排便/纸尿裤提取保护液批号Lot2026XX01采集人签名李某某采集时间距保护液加入时间<5冷链物流接收温度4.2∘运输时长18小时实验室接收人王某某接收时间2026-XX-XX02:30附录二：粪便菌群标本采集转运SOP检查清单[]确认患者采样前4周内无全身性抗菌药物使用史[]确认