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文档简介

1、1,关于数字 PCR 发展、原理、运用和前景 调查汇报 2017年3月,2,数字 PCR(digital PCR,dPCR) 技术是近年来迅速发展起来的一种定量分析技术。与传统定量 PCR 技术不同的是数字 PCR 不依赖于扩增曲线的循环阈值(CT值)进行定量,不受扩增效率的影响,也不必采用看家基因和标准曲线,是对起始样的绝对定量。,3,主 要 内 容,数字 PCR 的发展与原理,数字 PCR 的应用,3,1,2,数字 PCR 的前景展望,4,数字PCR的发展与原理 20 世纪末,Vogelstein 等提出数字 PCR 的概念,通过将一个样本稀释后分成几十到几万份甚至上千万份,然后分配到不同

2、的反应单元,每个单元不包含或包含一个或多个拷贝的目标分子( DNA 模板),在每个反应单元中分别对目标分子进行 PCR 扩增,扩增结束后对各个反应单元的荧光信号进行统计学分析。【1】,2006年美国 Fluidigm 公司率先推出第一款数字 PCR产基于 IFC(integrated fluidic circuit )技术的 BioMarkTM。 2009年,BioTrove 被 Life Technologies (Applied Biosystems) 收购。 QuantaLife公司开发出的微滴数字PCR技术。该产品还获得了2011年度Frost & Sullivan北美新产品创新奖。同

3、年 Bio-Rad 收 购 QuantaLife 的液滴数字 PCR 技术(ddPCR),迅速推出 QX100 液滴数字 PCR 产品。,5,6,传统 PCR 或定量 PCR 反应都是在 96 /384 孔板中进行的,因此早期的数字 PCR 技术也采用 96 /384孔板作为反应单元。这远远不能满足数字 PCR对反应单元数的需求,于是开始制造微升和纳升级别的反应室,在提高灵敏度的同时减少了反应体系的总体积。,1.微反应室/孔板数字 PCR,7,2.微流控数字 PCR 随着微流芯片技术的发展,数字 PCR 借助微流芯片,可以把样本准确并且快速的分成若干个独立的反应单元,各个单元之间互不影响,可以

4、多步反应同时进行。提高反应通量的同时也降低了反应消耗成本。,8,3.微滴数字 PCR 微滴数字 PCR 借鉴了乳液 PCR,即将 DNA 模板与连接引物的磁性微球以极低的浓度(比如单拷贝) 包裹于油水两相形成的纳升至皮升级液滴中进行 PCR 扩增,扩增后的产物富集在磁性微球上,收集破乳后进行测序。通过油水两相间隔得到的以液滴为单位的 PCR 反应体系,比微孔板和 IFC 系统更容易实现小体积和高通量,而且系统简单,成本低,因此成为理想的数字 PCR 技术平台。【2】,数字PCR的应用,9,数字 PCR 的前景展望 发展空间大 数字 PCR 与传统 PCR 不同它有多种运作方式和原理,数字 PC

5、R 技术还有很大的发展空间。在其运用方面,也可有有很大的拓展空间。因为他是对核酸的绝对定量,是一种更加直观、精确的 PCR 技术,在未来的研究中,数字 PCR 肯定会有更大的发挥空间。,10,数字 PCR 的前景展望 高需求并有小众化趋势 因为数字 PCR 在各项领域的突出表现,数字 PCR 的需求越来越迫切。例如:现在许多医疗机构提供DNA水平的疾病(主要为癌症)筛查服务,并为癌症患者提供靶向药品,虽然国内只有少数医疗机构提供该服务,但是需要这项服务的人却很多。,11,数字PCR的前景展望 发展中的难点 成本高 通量低 对引物有要求 DNA 聚合酶质量要求高 严控污染,12,1林彩琴,姚波.

6、 数字PCR技术进展J. 化学进展,2012, (12): 2 415-2423. 2詹成,燕丽,王琳,金玉麟,陈力,时雨,王群. 数字PCR技术的发展和应用J. 复旦学报(医学版),2015,(06):786-789. 3Holmberg RC,Gindlesperger A,Stokes T,et al.Akonni TruTip(R)and Qiagen(R) methods for extraction of fetal circulating DNA-evaluation by real-time and digital PCR.PLoS One,2013,8:e73068. 4Gu

7、 W,Koh W,Blumenfeld YJ,et al.Noninvasive prenatal diag-nosis in a fetus at risk for methylmalonic academia.Genetics inMedicine,2014,16(7):564-567. 5Pornprasert S,Prasing W.Detection of alpha(0)-thalassemia South-East Asian-type deletion by droplet digital PCR.Euro-pean Journal of Haematology,2014,92

8、:244-248.,13,6Podlesniy P,Figueiro-Silva J,Llado A,et al.L ow cerebrospinalfluid concentration ofmitochondrial DNA in preclinical Alzheimerdisease.Annals of Neurology,2013,74:655-668. 7Gevensleben H,Garcia-Murillas I,Graeser MK,et al.Noninvasivedetection of HER2amplification with plasma DNA digital

9、PCR.Clinical Cancer Research,2013,19:3276-3284. 8Beaver JA,Jelovac D,Balukrishna S,et al.Detection of cancerDNA in plasma of early stagebreast cancer patients.ClinicalCancer Research,2014,20(10):2643-2650. 9Ma J,Li N,Guarnera M,Jiang F.Quantification of plasma miRNAsby digital PCR for cancer diagnos

10、is.Biomark Insights,2013,8:127-136.,14,10Persaud D,Gay H,Ziemniak C,et al.Absence of detectableHIV-1viremiaaftertreatmentcessation in an infant.New EnglandJournal of Medicine,2013,369:1828-1835. 11Aubert M,Boyle NM,Stone D,et al.In vitro inactivation oflatent HSV by targeted mutagenesis using an HSV

11、-specific homingendonuclease,Molecular Therapy-Nucleic Acids,2014,3:e146. 12Abyzov A,Mariani J,Palejev D,et al.Somatic copy numbermosaicism in human skin revealed by induced pluripotent stemcells.Nature,2012,492:438-442. 13Boettger LM,Handsaker RE,Zody MC,et al.Structural haplotypesand recent evolut

12、ion of the human 17q21.31 region.NatureGenetics,2012,44:881-885.,15,14Hindson BJ,Ness KD,Masquelier DA,et al.High-throughput drop-let digital PCR system for absolute quantitation of DNA copynumber.Analytical Chemistry,2011,83:8604-8610. 15Shlush LI,Zandi S,Mitchell A,et al.Identification of pre-leuk

13、aemic haematopoietic stem cells in acute leukaemia.Nature,2014,506:328-333. 16Johnson BE,Mazor T,Hong C,et al.Mutational analysis revealsthe origin and therapy-driven evolution of recurrent glioma.Science,2014,343(6167):189-193. 17Miyaoka Y,Chan AH,Judge LM,et al.Isolation of single-basegenome-edite

14、d human iPS cells without antibiotic selection.Nature Methods,2014,11:291-293.,16,18Abdel-Wahab O,Klimek VM,Gaskell A,et al.Efficacy of inter-mittent combined RAF and MEK inhibition in a patient withconcurrent BRAF and NRAS mutant malignancies.Cancer discovery,2014,4(5):538-45. 19Nair VD,Ge Y,Balasu

15、bramaniyan N,et al.Involvement of his-tone demethylase LSD1 in short-time-scale gene expressionchanges during cell cycle progression in embryonic stem cells.Molecular and Cellular Biology,2012,32:4861-4876. 20Gorbachev AY,Fisunov GY,Izraelson M,et al.DNA repair in My-coplasma gallisepticum.BMC Genom

16、ics,2013,14:726. 21Jiang K,Ren C,Nair VD.MicroRNA-137 represses Klf4 and Tbx3during differentiation of mouse embryonic stem cells.Stem CellResearch,2013,11:1299-1313.,17,22Guo G,Huss M,Tong G Q,et al.Resolution of cell fate deci-sions revealed by single-cell gene expression analysis fromzygote to bl

17、astocyst. Developmental Cell,2011,18(4): 675-685. 23White A K,Michael V,Oleh I P,et al.High-throughputmicrofluidic single-cell RT-qPCR.Proc Natl Acad Sci USA,2011,108(34):13999-14004. 24Cangi MG,Biavasco R,Cavalli G,et al.BRAFV600E-mutation isinvariably present and associated to oncogene-induced sen

18、es-cence in Erdheim-Chester disease.Annals of the Rheumatic,2014,doi:10.1136/annrheumdis-2013-204924. 25Chong IY,Cunningham D,Barber LJ,et al.The genomic land-scape of oesophagogastric junctional adenocarcinoma,Journalof Pathology,2013,231:301-310.,18,26Fresard L,Leroux S,Servin B,et al.Transcriptom

19、e-wide in-vestigation of genomic imprinting in chicken.Nucleic AcidsResearch,2014,42(6):3768-3782. 27Wang IX,Core LJ,Kwak H,et al.RNA-DNA differences are gen-erated in human cells within seconds after RNA exits poly-merase II.Cell reports,2014,6:906-915. 28Chen R,Mias GI,Li-Pook-Than J,et al.Persona

20、l omics pro-filing reveals dynamic molecular and medical phenotypes.Cell,2012,148:1293-1307. 29Laurie MT,Bertout JA,Taylor SD,et al.Simultaneous digitalquantification and fluorescence-based size characterizationof massively parallel sequencing libraries.Biotechniques,2013,55:61-67.,19,30White RA,Gra

21、ssa CJ,Suttle CA.Draft genome sequence ofExiguobacterium pavilionensis strain RW-2,with wide thermal,salinity,and pH tolerance,isolated from modern freshwater microbialites.Genome Announcements,2013,1 (4):e00597- 13. 31Morisset D,Stebih D,Milavec M,et al.Quantitative analysis offood and feed samples

22、 with droplet digital PCR.PLoS One, 2013,8:e62583. 32Philippe C,Somanath B,Lina P,et al.Absolute quantificationof genetically modified MON810 maize (Zea mays L.) by digitalpolymerase chain reaction.Analytical and Bioanalytical Chemistry,2010,396:2143-2150. 33Burns MJ,Burrell AM,.Foy CA.The applicability of digitalPCR for the assessment of detection limits in GMO analysis.European Food Research and Technology, 2010,20,231:353-362. 34Racki N,Morisset D,Gutierrez-Aguirre I,

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