使用CANOCO进行CCA或RDA

1、使用CANOCO 4.5进行CCA/RDA分析的方法、郑有用性、作者水平有限，因此本篇不是关于蒙特卡罗检查的。其他课程必须参考Canoco for Windows 4.5简体中文教程和multivariate analysis of ecological data using Canoco。这篇文章的内容参考上述资料。数据文件预处理、WCanoImp是将excel数据转换为CANOCO可以处理的数据格式的程序。方法：1，打开excel文件，然后将数据组织为“将样例显示为行，将变量显示为列”格式。2，选择此部分并复制(在本例中，数据位于画板上，WCanoImp直接从画板读取数据)。3，打开WCa

2、noImp，然后单击“保存”(如果数据类型已按上述方法配置在excel文件中，则无需单击选择框直接保存)。将文件后缀保存为“dat”。4，按照上述步骤处理环境变量和物种变量，以获得两个dat文件。这是我们排序的原料。RDA排序分析，CANOCO for Windows 4.5是我们执行排序任务的程序。方法：1，打开程序，然后单击“新建项目”开始新的排序。2，程序显示名为“Available Data”的对话框，如下图所示。完成选择后，单击下一步(以RDA分析为例)。当物种数据和环境数据都存在时选择(CCA、RDA必须同时存在这两种数据)。直接拔模分析，包括、RDA和CCA。执行此类分析时选择。

3、此处隐藏的行是间接渐变分析，包括PCA、CA等。3，导航到表示要处理的数据文件的数据文件对话框。指定后，单击下一步。分别选择、以前处理的环境和物种数据文件(dat文件)。然后选择结果输出文件。程序没有自动创建结果输出文档的功能，必须手动创建。只需创建一个空文本文件，然后将后缀更改为“sol”。创建并在此对话框中指定。4，转到表示所需分析类型的“分析类型”(Type of Analysis)对话框。以RDA为例。指定后，单击下一步。如果以前在“可用数据”对话框中选择了间接渐变对齐，则在“可用数据”对话框中选择了直接渐变对齐，因此在此只能选择几种直接渐变对齐方法(包括CCA、RDA)。导航到、5、

4、Scaling: Linear Methods对话框。此处的参数选择列在multivariate analysis of ecological data using canoco的P55中，然后单击下一步。请在注意样品情况时选择这个。在关注物种时选择。钟箭头长度表示排序空间中物种的可变性。选择这个时，物种的箭头长度表示该物种是如何被序列解释的。(阿尔伯特爱因斯坦，动物名言)，样品情况和物种情况要注意的时候选择。、这两个选项的选择也会影响解释。也就是说，不同种类变量箭头线上的种类变量箭头的垂直投影表示两者之间的相关性。后者：两个变量箭头之间的cosine值表示两者之间的相关性。但是两种Speci

5、es scores的物种相关性解释结果相似。和CCA类似于RDA，但各个参数设置因模型而异。此处仅介绍其他部分，选择前面的CCA分析，然后启动“Scaling: Unimodal Methods”对话框。与RDA部分一样，biplot scaling适用于物种比较集中，渐变较短。“定位台阶比例曹征”选项适用于纵向渐变较长的尺寸类型。一般来说，选择电子就可以了。提供排序图的更量化说明。导航到、CCA中的“选择此对话框”、6、“Transformation of Species Data”对话框。在此选择参数指定multivariate analysis of ecological data us

6、ing canoco，然后单击下一步。常规日志转换，默认值A、B为1适用于大多数情况。但是，如果物种数据的值太小(例如，低于0.1)，则B=1可能会导致结果受参数B的影响太大。此时，必须更改A的值。例如，需要更改为10。一般程序默认值在物种数据约0100左右的规模下运行良好。7，启动“中心和标准”对话框。仅线性模型的分析(PCA或RDA)包含此参数设定。其中，参数选择显示在multivariate analysis of ecological data using canoco的P51中。指定后，单击下一步。在物种数据集中和标准化后，各列变量的平均值均为0，方差均为1，样品并不总是需要中心化和

7、标准化。物种数据需要中心化，标准化不是必需的。但是物种数据的杨怡不同的时候，其数据必须标准化！如果物种数据大小相同，未标准化的物种数据可能会更好。因为当其他物种的平均风向也差别很大时，标准化会增加稀有物种的权重。(David aser，Northern Exposure，动物)，当物种数据尺寸相同时，请选择这个。当物种数据大小不同时选择此选项。8，导航到Data Editing Choices对话框。此对话框用于选择数据。指定后，单击下一步。如果要从分析中排除不想分析的环境变量，删除不想分析的物种数据，并分析所有数据，则可以直接选择以下选项：9，进入“Forward selection of”

8、对话框。此对话框用于预先选择环境数据。指定后，单击下一步。不是所有的解释变量都对响应变量的解释有很大的贡献。环境变量预选的目的是筛选有明显解释的环境变量。手动预选，查看每个环境变量的解释量。选择，10，这是最终确认对话框。单击完成后，参数存储在con文件中。选择保存的文件即可。11，Project对话框出现。单击Analyze开始分析。12，如果之前选择了手动预选，请转到Forward Selection Step对话框。总解析量，变数Salinity的解析量，目前选取的变数可以解析的解析量，使用Include variable按钮将选取的变数加入至分析，使用Stop selection按钮结

9、束选取。完成后，取得分析结果。13，分析结果显示在“日志”对话框中。可以保存log文件，并在需要时重新打开。、现在，您获得了日志文件和con文件。con文件用于映射。映射和CanoDraw for Windows程序用于映射。方法：1，打开通过分析获得的con文件，然后按照提示将映射结果保存在CDW文件中。2，creat biplot and joint plots species and env。variables(根据所需图形单击即可。这里以物种和环境变量的重叠为例。)，3，美化排序图。右键单击要更改的部分，然后选择Select Suchlike以同时选择相似的部分，然后按F5键更改属性。

10、在、4、FileExport中，选择要导出的格式后，即可获得成品图。RDA/CCA方法的选择，两种方法的原理相同，但使用的模型不同，因此必须首先确定要分析的数据适用的分析方法。方法是先做DCA分析。选择，此处，使用方法：1，选择DCA分析。指定数据文件等步骤与前面的步骤相同。通常可以选择此选项，2，“Detrending Method”对话框。3，转换。本节中的参数设置与上一排序简介中介绍的参数设置相同。4，直接单击“下一步”。5，在“项目”对话框中，直接单击“分析”，然后在6，“日志”对话框中，找到下图中显示的行。如果四个轴中渐变最大值大于4，则建议选择单峰值模型(CCA)。如果小于3，则线

11、性模型(RDA)更适合。在34之间，两种型号都合适。物种数据的尺寸不同，即使渐变长度大于4，也不适合单峰模型对齐。，解释结果，1，解释日志文件，在这里直接粘贴了中文简要教程，日志文件的其他部分请参考此资料。2，如何解释对齐图。RDA排序的说明，一般只提供对感兴趣的种类和环境变量的关系图的解释，其他部分参考中文教程。钟箭头之间的关系一般表示箭头角度的馀弦，接近直角则表示几乎没有关系。(阿尔伯特爱因斯坦，Northern Exposure(美国电视剧)，动物名言PPT中的P8，Scaling: Linear Methods对话框选项。物种和环境变量之间的关系空箭头表示环境变量，实心箭头表示物种。其馀弦表示之间的相关性。CCA排序的说明，物种和环境变量之间关系中的空箭头表示环境变量，三角形为物种。物种垂直投影在环境变量的延长线上，物种2的变量箭头的相对位置比物种1的位置