化学信息学

化学信息学（曹郁教授） 化学信息学 主讲教师:曹郁教授 2008,2. 化学信息学（曹郁教授） 前 言 1.1 产生的背景 化学学科的重要性 化学信息量的快速增长 计算机与网络技术的发展 如何面对出现的大量化学信息如何面对出现的大量化学信息 ? ? 束之高阁 有效利用 化学信息学（曹郁教授） 现 状 截止1999年12月31日，美国化学文摘登记的分子 、化合物和物相数目已超过23,000,000种，但有百年 历史Merck Index，12th Ed.(1996)，收录的分子和化 合物只有10,330种，占0.05%，从最大的试剂商店和 药房能买到的药品和试剂不超过10,000种。 所以目前在起作用（为人类服务和为非作歹）的 分子和化合物不到0.05% ，而其中有突出贡献的更不 到0.001% 。 99.9%以上的分子深藏在文献库中。 化学信息学（曹郁教授） A discipline buried by success Nature, 24 May 2001 Vol 411 no 6836, p.399 化学形象被与交叉学科的成功所埋没 药物学 蛋白质组学 纳米技术 材料科学 . 化学信息学（曹郁教授） 1.2 化学信息学的定义 化学信息学是信息科学与化学的交叉学科 利用数学、统计学与计算机科学的理论、方 法和网络技术作为手段，研究化学信息的获取、 表示、管理、传播、分析、加工和应用，在此基 础上进行知识创新，促进化学学科的发展。 化学信息学（曹郁教授） 1.3 化学信息学的内容 化学信息的产生和获取 利用检索工具 通过实验方法 . 化学信息的表达、存储和管理 化学运筹学 数据整理可视化 数据库管理技术 . . 化学信息学（曹郁教授） 化学信息的加工和处理 化学计量学 化学软件 目的是获取更多的信息 . 化学信息的深化 化学模式识别 计算机模拟设计 . . 化学信息学（曹郁教授） 3.4 本课程的目标 化学信息的获取 (重点) 图书, 工具书, 期刊, CA 检索, 专利检索 , 网络检索等手段 网络和多媒体技术及在化学上的应用 化学信息的简单总结，表示 化学信息学（曹郁教授） 3.5 本课程的现实意义 科学研究的必需: 今后科学研究的基础 科研的第一步 文献调研 （例子） 完成本科学业的技能之一 科学方法的掌握培养科学素养 在其他领域的应用 化学信息学（曹郁教授） 1 1 教学 a 课堂学习(讲授与上网演示结合) b 结合教材内容实践(手工查与网络搜寻相结合) c 结合题目自学查阅 d 给出课题写小论文(综述性) 2 2 参考教材 1 陈明旦,化学信息学 ,化学工业出版社,2005 2 余向春,化学文献及查阅方法（第三版）科学出版社,2003 3.学习成绩记载: 平时上课10%, 作业10%, 实践查阅20%,小品文综合 查阅10%考试50% 3.6 本课程的教学与考核 化学信息学（曹郁教授） 第一章 科技文献基础知识 第一节 科技文献的基本常识 一、文献的功能与属性 二、 科技文献的级别 三、 文献的分类 第二节 科技文献的检索方法 一、科技文献的检索途径 二、科技文献检索的方法 三、查阅科技文献的基本原则 化学信息学（曹郁教授） 1.1文献的功能与属性 文献是记录知识内容的信息集合体，是人类 进步和发展的经验总结，是科技情报的源泉 。 文献有三大属性： 知识性， 记录性， 物质性。文献是信息、 知识和情报的唯一载体。文献按记录类型可 分为印刷型、缩微型、机读型、光盘型、声 像型。 化学信息学（曹郁教授） 1.2 科技文献的级别 1一次文献：一次文献也称原始文献，直接记录 科研、开发、生产中的新发明，新创造、新技术、 新知识的原始论文，习惯上称为第一手资料。（期 刊、科技报告、专利说明、书、会议论文、学位论 文） 2. 二次文献：二次文献是对一次文献加工整理的 产物，也称检索工具。（文摘、索引、题录、目录 ） 3 三次文献 ：指在选用一次文献的基础上经重 新组织、综合分析而编写的文献。（综述性报告、 进展和评述、数据手册、年鉴、百科全书等） 化学信息学（曹郁教授） 1.3文献的分类 科技期刊 科技图书 专利文献 科技报告 会议文献 学位论文 技术标准 产品资料 电子出版物 化学信息学（曹郁教授） 期刊 期刊（Periodical, Journal or Magazine），正式 出版的期刊通常都有ISSN号（International Standard Series Number）。 期刊论文: 首次发表、内容新颖、丰富，及时反映 水平动向。 化学领域的期刊：1996年，CA摘录的期刊有 18000多种。 和专利文献、科技图书三者素有科技文献三大支 柱之称。 在原始性期刊中发表的论文通常有三种：论文全 文（Paper）、简报或摘记（Note）和通讯（ Communication or Letter）。 化学信息学（曹郁教授） 图书 对已发表的科技成果、生产技术知识和经 验的概括论述， 是经过总结和重新组织的三次文献。 均有ISBN号（International Standard Book Number）。 从时间上看，比其他类型的科技文献要晚 ，通常不反映最新的科技情报。 图书中所提供的资料比较系统、全面，是 一种较成熟的科技资料。 化学信息学（曹郁教授） 专利 专利制度 专利文献：指向专利局申请专利时所呈交的 一份详细说明发明的目的、意义、特点用途 的书面技术文件专利说明书。 由于审查上滞后的原因，我们所见的专利说 明书有各种形式：公开专利、批准专利。 化学信息学（曹郁教授） 科技报告 是研究或承包单位向为其提供经费的部门反映研究 过程、阶段进展情况的备忘录或报告，以及工作最 终成果的正式技术文件。它是科技工作者围绕某一 专题从事研究所取得的进展情况和结果的记录，也 是科技人员用来交流自己的开发和研究活动成果的 重要手段。 类型包括技术报告书、技术备忘录、札记、通报等 等。 保密性，比期刊论文详尽。 有失败的记录，常常还附有大量图表及原始数据等 。 出版单行本的办法（而不论其篇幅长短）提供使用 。 化学信息学（曹郁教授） 会议文献 学术会议上所提出的论文。 科学研究的新结果往往在会议上先发表。 参加科技会议不仅能得到会议的文献，更 重要的是可以通过会议中的交流了解正在 进行中的科学研究的动向。 美国化学会每年两次年会，会议的论文摘要 (Abstracts of National Meeting of American Chemical Society)就是很价值的文献资料，具有相当高的引文影响 因子。 化学信息学（曹郁教授） 学位论文 高等学校或科研单位的研究生为取得 某种学位而撰写的研究性论文。 英国称为Thesis, 美国称为 Dissertation。 内容一般都参考了大量国内外文献资 料，对研究的课题有详细的记述和论 证。 主要精髓通常会在期刊上发表。 化学信息学（曹郁教授） 技术标准 对产品和工程建设的质量、规格及其检验方法等 方面所作的技术规定。它是从事生产、建设的一 个共同的技术依据，是一种规章性的文献，有一 定的法律约束力。 需不断修订、每一件技术标准都是独立、完整的 资料，并编有一定的标准代码与编号。在 对各种产品的规格均有详细规定，是产品的质量 检验标准。 国际上最重要的标准化组织为ISO（International Standard Organization）。我国的标准体系均冠 以GB(Guo Biao的汉语拼音首字母)。 化学信息学（曹郁教授） 产品资料 产品目录、产品说明书 在化学领域，许多公司（如Merck、 Alderich等试剂公司）都提供自己的化学品 目录。 广告也是了解产品信息的重要来源。 化学信息学（曹郁教授） 电子出版物和联机系统 最初载体是磁带，二次文献，它们是作为 书本式检索工具的副产品而出版发行的。 光盘出版物已经从单纯的检索型发展到全 文型和多媒体型。 网络出版。 商用联机检索系统（如Dialog, STN等）已 有20多年的历史，而Internet中众多的数据 库更大大丰富了联机系统的内容。 化学信息学（曹郁教授） 2. 科技文献检索基础知识 科技文献检索的意义 假如一个化学家懂 30 国语言，每小时读 4 种 杂志，一周阅读 40 小时，从年初开始，要读完全 年化学文献，需要 10 年以上的时间 美国前化学文摘总编辑 Bernl