上海超算操作及脚本.docx

上海超算中心castep任务正好赶上周末，技术人员不上班，只能自己摸索学习，记录一下整个操作过程，留待以后使用参考。使用了四天了，其中遇到了很多困难，得到了工程师很大的帮助！在此谢谢上海超算提供的计算资源！操作步骤：1.网页登陆（教育网，网通，电信等网络的地址不同），输入VPN用户名和密码2.主机应用，开始VPN客户端3.运行FTP软件（工程师提供的免安装版8uftp.exe），地址为：192.168.235.XX，用户名和密码为主机账号和密码4.运行putty软件（免安装），IP：192.168.235.XX，Connection type为Telnet，Saved Sessions下输入inode01，点击Save，会在Default Settings下新建inode01，最后Open5.在linux登陆界面输入主机账号和密码，即可进行字符操作6.新建一个工作目录（例如job1，job2等），命令为mkdir job17.将计算需要的文件*.cell，*.param和所需的赝势文件（*.cell中最后有列表）上传到对应的工作文件目录，并把主目录下的RunMS60.sh和subMS60复制到各个工作目录下，命令为cp RunMS60.sh job18.重点修改各个工作目录下的subMS60，修改时必须使用vi命令编译，如果是在windows系统下用文档编辑的subMS60，那么上传之后必须设置可执行权限：chmod +x subMS60，有时还需要转换成unix格式：dos2unix subMS60。具体修改内容见下文9.修改后，在工作目录下运行命令 bsub -J GeometryOptimination(不是必须的，只是为了区分工作） ./subMS6010.bjobs命令查看任务状态（RUN为运行，queue为排队等待） 计算及相关的准备工作1)打开MS软件，并在Castep Calculation对话框中设置好所有的计算参数，然后从下方的“Files | SaveFiles”中将参数保存下来 图12)使用Windows资源管理器，打开MS计算目录。假如在打开MS软件时，选择Crate a new project，并在D:MS目录中生成了名称为test的新任务，那么计算目录就在D:MStestfilesDocuments目录中。在该目录中，保存有Castep所需的计算文件.cell和.param文件。对于隐藏的.cell文件，需要从Windows资源管理器的“工具|文件夹选项”，选择“查看”，并将“隐藏已知文件类型的扩展名”前的勾去掉来显示文件扩展名，同时，要选择“显示所有文件和文件夹”。确定后，将能够看到该目录下的.cell文件。注：关于1）和2)，MS的教程中有详细的讲解。图23)使用任意文本编辑器打开.cell文件，在文件的最后部分将能够看到Castep计算所需要的赝势文件，例如：%BLOCK SPECIES_POTB B_00.recpotN N_00.recpot%ENDBLOCK SPECIES_POT此时，需要找到这些文件，对于MS4.3以后版本，该文件的路径为：shareResourcesQuantumCastepPotentials，早期版本在 ResourcesQuantumCastepPotentials下。4)将计算所需的.cell、.param和赝势文件上传到魔方机器工作目录下，并将计算所需的RunCASTEP.sh和subCASTEP文件也拷贝到工作目录下。此时，需要打开subCASTEP并修改APP_NAME、NP、filesurname部分。其中，APP_NAME是队列名称，在B区有snode和score两个队列可供使用，两者的区别在于snode队列所需CPU必须是16的整数倍，而score则无此限制。NP表示的是所需要的CPU总数，对于snode队列该数值必须是16的整数倍；而score则无此限制。filename是文件名称，也就是xxxx.cell文件的前半部分，不包括.cell后缀名。修改完成后需要按照以下方式提交计算作业：bsub J JobName ./subCASTEP在这里，-J JobName是任务名称，主要用于区别该任务，可不填写。./subCASTEP为当前路径下的subCASTEP路径，不要忘记”./”。5)需要注意的是，由于MS软件设置的问题，在Castep计算中，若选择了相应的性质，诸如BandStrucutre或者DOS，程序会自动生成xxxx_BandStr.cell和xxxx_DOS.cell。在Linux下进行计算时，Castep不会自动关联性质的计算工作，需要手动进行设置。首先，要将xxxx.check(结构优化的时候产生一个check文件,如果一个结构没有进行过几何优化是不能产生.check文件的，也就是不几何优化是没有办法计算Properties任务的)文件拷贝并重新命名为xxxx_BandStr.check文件。其次，修改subCASTEP文件，将filename修改为xxxx_BandStr。(也就是意味着每次只能单独计算一个性质)重新执行命令bsubJ JobName ./subCASTEP计算能带结构。诸如DOS、Phonon等性质计算与能带结构计算相类似。6)当计算完成后，需要通过ftp工具下载所有的计算结果，并替换原目录中的所有文件。打开MS软件，从左侧的Project Explorer中，单击右键选择Refresh，可以更新该目录。图3从“Modules”菜单中调用Castep | Analysis，可以直接选择相关性质进行分析。如需更新结构，则需要选择“Structure”，在原有xsd文件激活的同时，按下Update可以更新结构。如果是结构优化或者动力学计算，按下Create可以生成轨迹文件。7）.重点说下弹性常数的计算。弹性常数保存好要计算的参数设置之后，需要把所有的.cell和.param文件上传到服务器，但是在计算的过程中不会自动关联每一步的计算，需要在脚本subMS60中进行细微的修改，具体修改见下文。修改前（样本，不能用于计算）#!/bin/sh#scriptfor subing Material Studio job -SSC by TW#Usage:bsub ./subMS60#Usersshould modify filesurname to corresponding valuses#filesurnameis the surname of your input file. For example , input file is c1.input, sofilesurname is c1MY_MPI_TYPE=hpmpiMY_MPI_HOME=$HOMEAPP_NAME=snodeNP=64RUN=RAWfilesurname=0.125#exportmyapp=dmol3exportmyapp=castepexe#exportmyapp=onetep#exportmyapp=discovery#exportmyapp=gulp#exportmyapp=dftbexportMS=$HOME/MS6.0exportmymachine=$PWD/nodelist#startcreating .nodelistrm-rf $mymachine & /dev/nullfori in echo $LSB_HOSTSdo echo $i $mymachinedone#.nodelistdone./RunMS60.sh-np $NP $filesurnameoldfilesurname=$filesurnameif $myapp = dmol3 -a -e $oldfilesurname_DOS.input thenfori in car mdf tpvec tpdensk tpotldocp-r $oldfilesurname.$i$oldfilesurname_DOS.$idonefilesurname=$oldfilesurname_DOS./RunMS60.sh-np $NP $filesurnamefiif $myapp = dmol3 -a -e $oldfilesurname_BandStr.input thenfori in car mdf tpvec tpdensk tpotldocp-r $oldfilesurname.$i$oldfilesurname_BandStr.$idonefilesurname=$oldfilesurname_BandStr./RunMS60.sh-np $NP $filesurnamefiif $myapp = castepexe -a -e $oldfilesurname_DOS.cell thenfori in checkdocp-r $oldfilesurname.$i$oldfilesurname_DOS.$idonefilesurname=$oldfilesurname_DOS./RunMS60.sh-np $NP $filesurnamefiif $myapp = castepexe -a -e $oldfilesurname_BandStr.cell thenfori in checkdocp-r $oldfilesurname.$i$oldfilesurname_BandStr.$idonefilesurname=$oldfilesurname_BandStr./RunMS60.sh-np $NP $filesurnamefirm-rf $mymachine & /dev/null修改后:#!/bin/sh#script for subingMaterial Studio job -SSC by TW#Usage: bsub ./subMS60#Users should modifyfilesurname to corresponding valuses#filesurname is thesurname of your input file. For example , input file is c1.input, sofilesurname is c1MY_MPI_TYPE=hpmpiMY_MPI_HOME=$HOMEAPP_NAME=snodeNP=64NP_PER_NODE=1去掉这行RUN=RAWfilesurname=0.125(输入文件名需要根据你提交的任务修改)#export myapp=dmol3（这行前面添加#注释掉否则是用dmol3计算的）export myapp=castepexe(这行去掉前面#，表示用castep计算)#export myapp=onetep#export myapp=discovery#export myapp=gulp#export myapp=dftbexport MS=$HOME/MS6.0(路径是这个路径)exportmymachine=$PWD/nodelist#start creating .nodelistrm -rf $mymachine& /dev/nullfor i in echo$LSB_HOSTSdo echo $i $mymachinedone#.nodelist done./RunMS60.sh -np $NP$filesurnameoldfilesurname=$filesurnameif $myapp = dmol3 -a -e$oldfilesurname_DOS.input thenfor i in car mdf tpvectpdensk tpotldocp -r$oldfilesurname.$i$oldfilesurname_DOS.$idonefilesurname=$oldfilesurname_DOS./RunMS60.sh -np $NP$filesurnamefiif $myapp = dmol3 -a -e$oldfilesurname_BandStr.input thenfor i in car mdf tpvectpdensk tpotldocp -r$oldfilesurname.$i$oldfilesurname_BandStr.$idonefilesurname=$oldfilesurname_BandStr./RunMS60.sh -np $NP$filesurnamefiif $myapp = castepexe-a -e $oldfilesurname_DOS.cell thenfor i in checkdocp -r$oldfilesurname.$i$oldfilesurname_DOS.$idonefilesurname=$oldfilesurname_DOS./RunMS60.sh -np $NP$filesurnamefiif $myapp = castepexe-a -e $oldfilesurname_BandStr.cell thenfor i in checkdocp -r$oldfilesurname.$i$oldfilesurname_BandStr.$idonefilesurname=$oldfilesurname_BandStr./RunMS60.sh -np $NP$filesurnamefirm -rf $mymachine& /dev/null弹性常数循环计算脚本#!/bin/sh#script for subing Material Studio job -SSC by TW#Usage: bsub ./subMS60#Users should modify filesurname to corresponding valuses#filesurname is the surname of your input file. For example ,input file is c1.input, so filesurname is c1MY_MPI_TYPE=hpmpiMY_MPI_HOME=$HOMEAPP_NAME=snodeNP=16RUN=RAW#export myapp=dmol3export myapp=castepexe#export myapp=onetep#export myapp=discovery#export myapp=gulp#export myapp=dftbexport MS=$HOME/MS6.0export mymachine=$PWD/nodelist#start creating .nodelistrm -rf $mymachine & /dev/nullfor i in echo $LSB_HOSTSdo echo $i $mymachinedone#.nodelist donefor filesurname in 0.2_cij_1_1 0.2_cij_1_2 0.2_cij_1_30.2_cij_1_4do./RunMS60.sh -np $NP $filesurnameoldfilesurname=$filesurnameif $myapp = dmol3 -a -e $oldfilesurname_DOS.input thenfor i in car mdf tpvec tpdensk tpotldocp -r $oldfilesurname.$i$oldfilesurn