美国国立医学图书馆生物技术信息中心可编程开发工具简介

1、好国国坐医教藏书楼死物妙技疑息中心可编程开拓工具简介好国国坐医教藏书楼死物妙技疑息中心可编程开拓工具简介自2022年，好国国坐医教藏书楼部下的死物妙技疑息中心宣布初版NL回档战交换标识表记标帜套件以去1，基于NBI可编程开拓工开拓的数据开挖的产品便年夜量问世。如由陈晨好开拓的可视化文献引文阐收工具iteSpae2，也有多个针对某一特定范围的数据开挖工具3。1使用程序编程接心API是供应使用程序取开拓人员基于某硬件或硬件得以访谒的本领，而又无需访谒源码，或年夜黑内部工作机造的细节。一些桌里操做系统如inds、Linux，挪动端操做系统Andrid、IS等皆供应有响应的API于开拓人员，以便开拓人

2、员开拓用户需要的硬件。E-utilities即是NBI供应应开拓人员操做的规划化接心-API接心。2E-utilities组成E-utilities是一组9个处事器端程序组成的，包含：Einf：供应正在给定数据库的每个字段索引纪录的数量；数据库的终了更新日期；从数据库中可用的链接到其他Entrez数据库；ESearh：正在给定的数据库中查询婚配的独一标识符列表的文本查询的响应；查询的术语翻译；EPst：从指定数据库中担任UIDs列表，正在历史处事器上存储该套内容；响应查询战搜集情况，上传数据散；ESuary：给定的数据库经由过程UIDs列表，响应的文档摘要反响；EFeth：给定的数据库经由过程

3、UIDs列表，响应数据纪录的以指定的格局反响；ELink：给定的数据库响应UIDs列表，既有一样数本文由搜集拾掇整顿据库相闭的UIDs列表，又有其他Entrez数据库中的UIDs列表；从一个年夜要多个UIDs中检查指定链接的存正在；经由过程本Linkut供应的一个创坐出格UID战数据库年夜要LinkutURLs战多个UIDs属性创坐超链接；EGQuery：正在每个Entrez数据库中，反响一个使用年夜量数据婚配的文本查询；Espell：给定的数据库查询用的一个文本拼写的建议；Eitath：检索PID相闭的一组输进援用字符串。3Entrez数据库Entrez是NBI开拓的跨数据库检索系统，经由过

4、程一个统一的检索界里战检索词，可以检索NBI开拓的部分数据库，包含Pubed正在内的40个数据库。任何策画机语止都可经由过程E-utilities访谒Entrez数据库。经由过程策画机语止将输进到硬件的参数翻译为可用于检索战检索恳供的统一资本定位器语法。结开E-utilities组件，正在使用中组成定造数据管讲。每个Entrez数据库中的数据纪录皆带有UID，一个没有成反复的ID。例如，有的UID为核酸战卵黑的GI数字，Pubed的PIDs，又年夜要是份子模型数据ID。经由过程E-utilities访谒Entrez数据库的过程睹图1。图1Entrez数据库访谒的过程4Entrez的历史处事器E

5、ntrez系统的一个强衰成效是正在处事器上可以贮存一组检索UID，以便他们可以大概随后组开年夜要供应其他E-utility输进响应。Entrez历史处事器供应那一处事，并且可正在Entrez检索页里操做Previe/Index或Histry键正在eb上访谒。每个E-utilities组件皆能访谒历史处事器，query_key标签分拨UID战ebEnv编码kie字符串。EPst容许任何一组UID上传到历史处事器中，并返回查询键战搜集情况。正在usehistry被设置为y时，ESearh一样可以大概将输出一组UID到历史处事器；正在d被设置成neighbr_histry时ELink也可以输出到历史

6、处事器。EPst或ESearh的结果查询战搜集情况皆能被用于交换ESuary、EFeth战ELink。正在历史处事器上的每个搜集情况皆能担任尽情数量标查询闭键词。经由过程采取布我逻辑操做符组开的没有同的数据散年夜要举止其他Entrez查询。必须正在统一个搜集情况下两个数据散的组开。默许情况下，连续的E-utility恳供收死查询键，假设没有是正在一样的搜集情况下，为了克制那一面，每个E-utility恳供皆正在最后恳供以后正在已有的搜集情况下设置ebEnv参数值。5操做E-utility恳供创坐Entrez使用可以操做单个的URL经由过程E-utilities访谒Entrez；当连续的E-ut

7、ilityURL结开，那么需要创坐一个数据管讲，即可阐扬其最年夜做用。操做多么的管讲时，Entrez历史处事器会经由过程容许正在连续E-utility响应举止简朴数据传输而简化庞年夜的检索任务。E-utilities组开睹表1，箭头代表的是从一个E-utility到另外一个的db，ebEnv战query_key值。6E-utilityDTDs除EFeth，每个E-utilities组件均能输出单个的切开NL文档标准定义标准的可扩大标识表记标帜语止输出格局。E-utility返回的XL题目中，供应了那些NLDTDs的链接。ESuary可以为每个Entrez数据库天死独一的XLDSus。正因为如此，每个Entrez数据库对于DSus去讲，有一个独一的NLDTD。Efeth可以