雨课堂学堂在线学堂云《本草基因组学(湖北中医药)》单元测试考核答案

第1题基因树能反映物种真实的进化关系第2题针对复杂的中药资源，系统基因组学的方法可以解决前期不能解决的分类鉴定问题，特别是那些存在广泛种间基因流的类群可以更好的明确物种类群的进化起源机制，为中药材源头产业发展提供支撑。第3题自然杂交是驱动生物多样性形成的原动力之一第4题自然界的物种关系都是类似一分为二的谱系关系第5题相比居群基因组学，系统基因组学则更多的是聚焦物种间的进化遗传关系，为资源的分类鉴定提供依据。第6题GWAS关联分析可以解析表型相关的基因第7题基因流不能造成居群遗传分化第8题居群基因组学研究是在传统的居群遗传学的基础上发展而来，其主要变化是相关的分子多样性评价工具从传统的分子标记变化成整基因组水平的SNP标记或者插入缺失位点，相比其分辨率得到了明显的提升，一些相关居群遗传变异和基因流的精细分析也得以开展。第9题自然界的生物在种内水平，往往存在大量的表型形态变异和多样性。以人类为例，可以从图片中直接发现，虽然同属一个物种类群，但不同地区的人群其肤色、面相、发质等都存在明显的区别。遗传多样性是生物表型和适应性变异的内在遗传基础。第10题叶绿体基因组比线粒体基因组更加保守性第11题生物基因组中紧密相连，成簇存在，在功能上相互协同，形成合成次级代谢产物完整途径的一系列基因生物合成基因簇。在植物次生代谢产物生物合成的研究中经常被发现，发挥着重要的代谢和调控作用。通过基因组研究，生物合成基因簇中某个关键基因的解析可能带动其他通路基因的解析，促进整个通路的获得。第12题基因组复制事件与次生代谢产物的产生有一定关系第13题包括中药资源在内的生物物种结构基因组研究，其研究的广度和深度与基因组测序和组装技术的发展密不可分。在结构基因组研究的早期，受限于测序能力、生物信息学组装水平以及物种本身不同的基因组复杂程度，大量发布的基因组参考序列实际为草图水平，一些基因组的高重复区域或者结构复杂区域等不能完成测序组装，导致所获得的基因组并不完整，预测注释的基因也不完全。第14题垃圾DNA序列无功能作用第15题基因相关序列包括哪些A蛋白编码基因B内含子序列C基因片段D假基因正确答案：ABCD第16题如果以每个单倍体细胞的DNA总含量，通常以皮克为单位计算生物物种的基因组大小C值，研究结果发现，C值的大小并不能完全说明生物的进化程度和遗传复杂性的高低。这种生物学上的DNA总量与复杂性的比较性矛盾称为C值悖论。第17题基因组大小与生物体所呈现的进化程度和遗传复杂性存在线性关系第18题由ATCG等碱基组成的DNA双螺旋结构并不是生物细胞DNA遗传物质呈现的最终形态。DNA的双链结构包装成染色体需要经过多级压缩，包括DNA双链与组蛋白首先形成核小体，然后核小体串珠结构进一步折叠形成螺线管结构，与染色体骨架相连进一步形成环状螺线管，最终形成具有更高级折叠结构的染色质。第19题中药作用于人体时产生多维的非线性复杂效应，发挥药效的化学成分及体内过程也不完全清楚。基于本草基因组学相关的宏基因组学、靶向代谢组学、转录组学等技术可以极大的促进中药体内过程的作用机制研究。第20题在中药新药研发过程中，本草基因组学发展相关的方法与网络药理学可以形成有机结合，提升药物筛选的通量和精准性，实现“多成分-多靶点-多通路”的同时筛选，并利用多组学进行验证，是当前中药新药研发的新方向。第21题面对多样化的中药种质资源，结合遗传多样性和代谢物质成分多样性分析的本草基因组多组学整合分析，可以对资源形成综合评价，促进初级核心种质的筛选，并根据多样性的保留情况进一步评价形成核心种质资源库，推动育种库的构建和多样化中药材新品种的高效产出。第22题诸药所生，皆有境界。道地药材的产生通常相关于特定的地理条件和生态环境，是基因组内在遗传和外在环境交互作用的综合结果。在理解生物和非生物环境胁迫压力的基础上，通过本草基因组学的研究，可以全面了解中药材在不同生态环境中形成差异化表型形态的分子遗传机制，弄清不同的次生代谢产物面对环境压力的生物合成代谢调控网络，为药效物质成分的产生和品质中药材的生成提供理论依据第23题针对复杂的中药资源类群，基于全叶绿体基因组变异形成的超级条形码序列进一步增加了资源鉴定的精准性。而利用核基因组参考序列，通过简化基因组测序、全基因组冲测序等形成的样本间的高密度SNP位点变异信息，则形成了资源鉴定的终极标记版本，在资源鉴定的精准性和种内种间应用的层级上最全面。第24题对于药用模式类群的研究，除了具有模式类群的共性之外，还应该具有完整的基因组遗传信息，具有完善的遗传转化体系，同时拥有较为丰富的突变体库。通过这些条件的具备，才能从整体上促进不同次生代谢化合物生物合成通路的深入研究，推动资源的生物育种和栽培种植技术的研究与应用。第25题作为模式类群，通常需要具有个体较小容易培养、生长繁殖和继代较快、易于遗传操作等特点。第26题模式类群的基因组学研究是开展基因功能和转录调控研究的基石。在植物中，典型的模式类群包括双子叶植物拟南芥和单子叶植物水稻等，而动物中线虫、果蝇、斑马鱼、小鼠等都是典型的模式类群。第27题从大的方面，本草基因组学研究可以应用到6个方面，包括对药用模式生物的深入研究、中药资源鉴定和质量品质的评价分析、对道地药材形成相关的生态遗传机制研究、中药核心种质资源的筛选与生物育种研究、中药合成生物学与新药研发、中药的体内过程组学研究等。第28题举例说明本草基因组学研究还可以与哪些学科形成交叉A保育遗传性B群体遗传学C植物育种学D分子生物学正确答案：ABCD第29题T2T基因组是指现代基因组学研究通常将纳米孔超长测序和HiFI高保真测序结合起来，共同构建从染色体端粒到端粒的相对完整的无缺口参考基因组，促进基因的全面挖掘和功能研究。相关的无缺口基因组也简称“T2T”基因组第30题三代测序技术产生的序列长度要小于二代测序技术第31题现代单分子测序技术有哪些AONTBPacBioCIlluminaDSanger正确答案：AB第32题2009年，国内学者陈士林研究员团队提出了本草基因组学计划，旨在对具有重大经济价值和典型此生代谢途径的药用植物、动物和菌类资源进行全基因组测序和后基因组学研究。第33题现代基因组学研究的基本内容是：现代基因组学研究的基本内容包括对生物基因组大小、结构和功能的解析，涉及结构基因组学和功能基因学等不同层面。第34题人类基因组研究计划参与国家有：人类基因组研究计划开始筹划，其早期由美国主导，包括英、法、德、日和中国的部分科学家参与。2000年6月，美、英两国领导人联合宣布人类基因组草图绘制完成，这份草图覆盖了人类基因组90%的区域，准确度在99%以上。人类基因组研究计划的实施真正拉开了现代基因组学研究的序幕，促进学科的交叉融合发展。第35题基因组学研究的源头是：基因组学是一门现代学科，其起源可以追溯到1950年代以沃森、克里克、威尔金斯、富兰克林等科学家为代表的DNA双螺旋结构的发现，以及后来对DNA转录和翻译的三联体密码机制的识别和中心法则的建立。第36题本草基因组学是：从字面意思上看，本草基因组学是“本草”和“基因组学”的合成词；从研究领域上看，本草基因组学是传统中医药研究与现代基因组学研究的交叉融合。是通过现代基因组学研究的方法对中药物种的基因组大小、结构和功能进行解析，涉及基因组结构变异、转录调控、蛋白翻译和代谢等不同层面。第1题细胞群体水平和单细胞水平上的3D基因组学研究、转录调控的染色质交互组构建、探究植物发育过程中3D染色质结构的动态变化、植物中TE活性与3D基因组组织之间关系等。第2题三维基因组的层级结构包括___、___、___和___。A染色质疆域（CTB染色质区室（chromatincompartment）C拓扑关联结构域（TAD）D染色质环（chromatinloop）正确答案：ABC第3题Hi-C可以在全基因组水平上识别任何DNA片段的空间接近度，以解析基因组的3D空间结构。ChIA-PET方法能够捕获涉及整个基因组中特定蛋白质的DNA片段之间的所有远端相互作用。第4题三维基因组学的研究技术包括___和___。A细胞学和显微镜技术B基于染色质构象捕获（3C）及其衍生技术C长链非编码RNAD短链非编码RNA正确答案：AB第5题三维基因组学主要是研究细胞核中染色质的相互作用和3D空间结构以及与线性基因组序列信息结合来研究其对基因转录、DNA复制、修复和其他生物学功能的影响。第6题siRNA通过被称为RNA干扰(RNAi)的过程介导转录后沉默，在该过程中，小分子干扰RNA(siRNA)完全互补切割mRNA。第7题miRNA将通过3’UTR与靶mRNA转录本上的互补序列配对，高度互补时降解mRNA，部分互补时阻止mRNA的翻译。第8题长链非编码RNA(lncRNA)有多重作用：定位在细胞核的长链非编码RNA(lncRNA)可与DNA、RNA、蛋白质等多种分子相互作用，调控染色体的结构和功能；或顺式或反式调节基因的转录影响mRNA的剪接、稳定和翻译等。一些长链非编码RNA(lncRNA)定位在细胞核内的无膜亚结构内，如核斑、核旁斑、核内应激小体等，参与调控其组装和功能。剪接加工完全的长链非编码RNA(lncRNA)通过与mRNA类似的机制转运到细胞质中或其它细胞器内。一旦定位在细胞质，长链非编码RNA(lncRNA)多在转录后水平反式调控基因表达，如调节mRNA翻译和降解等，或者参与细胞内信号通路的调控。特殊细胞器定位的长链非编码RNA(lncRNA)可参与细胞器的功能和代谢调控，如线粒体的氧化反应和稳态平衡等。第9题调控型非编码RNA分为___和___。A长链非编码RNAB短链非编码RNAC核糖体RNA(rRNA)D转运RNA(tRNA)正确答案：AB第10题基础结构型非编码RNA的包括___、___和___等。A核糖体RNA(rRNA)B转运RNA(tRNA)C核内小分子RNA（snRNA）D调控型非编码RNA正确答案：ABC第11题非编码RNA的分为___和___。A基础结构型非编码RNAB调控型非编码RNAC5-甲基胞嘧啶DCHG正确答案：AB第12题染色质重塑就是指染色质结构在浓缩状态和转录可及状态之间发生的动态变化过程。第13题各种转录因子等相关的调控蛋白能够结合到开放染色质的这种特性叫做染色质的可及性。第14题CUT&Tag通过融合Tn5转位酶的抗体靶向标记捕获DNA-蛋白质的相互作用，在这个过程中把测序接头添加到靶序列上，后通过纯化DNA片段并进行测序来开展各种分析。第15题ChIP-Seq通过抗体免疫沉淀，来分离蛋白的目标修饰及其结合的基因组DNA，并将相关DNA进行片段化及测序，以此来确定组蛋白修饰在基因组上的位置及丰度。该技术是研究组蛋白修饰在整个基因组中定位的金标准。第16题一般情况下，组蛋白去乙酰化会激活基因的表达。第17题主要以组蛋白结构+氨基酸名称+氨基酸位置+修饰类型的形式是组蛋白修饰的描述规则。第18题组蛋白发生修饰后会使染色质的构象等发生变化，从而影响了DNA与组蛋白之间的相互作用，进而调控基因的转录表达。第19题请列出普遍发生的5种组蛋白修饰：___、___、___、___和类泛素化。A甲基化B磷酸化C乙酰化D泛素化正确答案：ABCD第20题组蛋白修饰的是一种非共价修饰。第21题全基因组DNA甲基化测序使用的最为广泛，其原理是用重亚硫酸盐处理DNA序列，首先将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U（T）碱基，从而与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来，然后进行PCR扩增，结合高通量测序技术，适用于全基因组范围内绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱。第22题植物中DNA甲基化的存在形式包括___、___和___。ACGBCHHCCHGD5-甲基胞嘧啶正确答案：ABC第23题DNA甲基化是可逆的。第24题通过转座子的高甲基化，DNA甲基化能保持基因组遗传物质的稳定性；通过顺式作用元件，如启动子或者增强子的动态甲基化，DNA甲基化能够调控基因的表达。第25题“第五碱基”指的是___。A5-甲基胞嘧啶B中草药内生菌C核心基因D非必需基因第26题DNA甲基化是DNA化学修饰的一种形式，是指DNA分子在DNA甲基转移酶的作用下将甲基选择性地添加到特定碱基上的过程。第27题一种是对基因选择性转录表达的调控，包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑等；一种是转录后的调控，即非编码RNA的调控作用等。第28题表观基因组学也就是在DNA序列不发生改变的情况下，研究基因组上的化学修饰和空间结构变化如何影响基因功能和表达调控的一门学科。第29题第30题植物内生菌可通过产生植物生长激素、促进植物对N、P、K的吸收以及改善植物生长的土壤微环境等方式刺激植物生长。植物内生菌还是一大类产生抗菌物质的微生物，能产生多种具有不同抗菌活性的抗生素物质，对植物的病原菌产生抑制活性。内生菌可通过其在植物体内存在形式、功能，以及诱导宿主植物产生系统抗性等方式来提高植物对不利自然条件的抗性。植物内生菌还可作为天然活性物质的重要来源。第31题连作障碍是指同一种植物在同一土壤中连续种植而产生的病虫害多发、品质变差、产量降低等不良影响的现象，我们也称之为“重茬问题”或“化感自毒作用”，一般与植物自身分泌释放的化学物质、土壤微生物失衡等有关。第32题中药材宏基因组的应用方向包括___和___。A中草药根际微生物B中草药内生菌C核心基因D非必需基因正确答案：AB第33题确定群落中物种组成及其相对丰度、确定微生物群落结构和功能、阐释物种间的代谢网络，发现具有应用价值的代谢产物、检出对特定生境中起关键作用的菌种和功能基因、研究微生物菌群对宿主的影响等是宏基因组的研究方向。第34题α多样性用来评估样本间微生物群的差异。第35题宏基因组测序则是将微生物基因组DNA随机打断成500bp的小片段，然后在片段两端加入通用引物进行PCR扩增测序，再通过组装的方式，将小片段拼接成较长的序列。第36题扩增子测序主要针对核糖体RNA基因上的标记进行扩增。第37题宏基因组学研究的测序方法主要包括___和___。A扩增子测序B宏基因组测序C从头组装D迭代组装正确答案：AB第38题中草药宏基因组是以多物种微生物基因组为研究对象，利用分子生物学研究手段，对中草药生长环境中微生物的多样性、种群结构、进化关系、功能活性以及微生物与中草药相互作用进行研究的一门学科。第39题在宏基因组的概念上发展而来，通过直接提取环境中微生物的DNA，从整体上对遗传序列进行拼接、分析、筛选出功能基因，来获知微生物群落的遗传、功能与生态特性是宏基因组的定义。第40题环境中所有微生物基因组的总和是宏基因组。第41题关联分析、群体基因组分析、种群表观遗传学研究、基因组选择育种和基因聚合与分子育种等是泛基因组的应用方向。第42题也采用了从头组装的策略，但是通过多个高质量基因组的精细比较获得变异图谱，实现基于图形结构的泛基因组构建，能够充分的考虑各种形式的遗传变异，完整描述和存储群体的基因组多样性是基于变异图的泛基因组的组装过程。第43题基于物种的参考基因组，将所有个体的基因组，分别与参考基因组比对，鉴定非参考序列；再把所有的非参考序列合并，剔除冗余，得到无冗余的非参考基因组；把参考基因组和无冗余的非参考基因组合并，得到泛基因组是Map-to-Pan的过程。第44题基于物种的参考基因组，将其他个体的基因组逐个与参考基因组比对，找出非参考序列，添加到参考基因组上，得到一个新的参考基因组，再进行下一轮比对和添加。通过不断的迭代，形成该物种的泛基因组是迭代组装泛基因组的过程。第45题对每一个体单独测序并从头组装，再通过多基因组比对分析，鉴定核心基因、非必需基因和基因组结构变异是从头组装泛基因组的过程。第46题泛基因组构建的策略包括：___、___、___和___。A从头组装B迭代组装Cmap⁃to⁃panD基于变异图组装正确答案：ABCD第47题通常具有特定环境适应性，与个体的特性和防御反应相关是非必要基因的特点。第48题在1个以及1个以上的动植物品系或者菌株中存在的基因是非必要基因第49题通常比较保守，多为管家基因，能够反映该物种的稳定性是核心基因的特点。第50题在所有动植物品系或者菌株中都存在的基因是核心基因。第51题泛基因组由___和___组成。A核心基因B非必需基因C细胞器基因D转录本正确答案：AB第52题真核生物和原核生物泛基因组不一样。第53题基因组包含了生物体的全套遗传信息，研究中通常会将一个物种中重要的品系或者最先测出的基因组作为参考基因组；然而，在漫长的物种进化过程中，由于自然选择和人为选择等的影响，每个个体都形成了极其独特的遗传性状，单一个体的参考基因组已不能涵盖该物种的所有遗传信息，泛基因组即某一物种全部基因组信息的总和。第三章课后习题第1题中草药合成生物学存在的瓶颈问题有：1.中草药活性成分复杂及解析方法技术不完备限制了代谢途径的解析效率；2.基因元件数量少，异源表达效率低且模块化与标准化不完善阻碍重构代谢途径；3.营养物质在底盘细胞中更多地流向了初级代谢流，只有很少一部分才流向目的代谢流。第2题中草药代谢组学研究存在瓶颈问题有：1.不能将生物体所有的代谢物全面涵盖，活的生物体的内在生物学变化，大多实验仪器存在动力学局限性，导致代谢物的化学复杂性2.代谢组学中的主要技术难点在于分析物浓度的动态范围？第3题中草药代谢组学研究检测仪器包括：核磁共振(NMR)，质谱（MS）:GC/MS/MS,LC/MS/MS,CE/MS等，LC/NMR/MS。第4题中草药蛋白组学研究包括：（1）：比较不同中草药或同一中草药不同组织器官中蛋白质组的差异，用以评价中草药活性成分于蛋白质组变化的相关性，揭示中草药活性物质形成的分子机制。（2）：比较动物细胞或组织在给予中草药前后蛋白质表达谱差异，寻找中草药靶点相关蛋白质。第5题合成生物学研究的工作流程是：设计（design）——构建（build）——测试（test）——学习（learn）或者产出（output）第6题合成生物学是生物科学在二十一世纪刚刚出现的一个分支学科，近年来合成生物物质的研究进展很快。合成生物学与传统生物学通过解剖生命体以研究其内在构造的办法不同，合成生物学的研究方向完全是相反的，它是从最基本的要素开始一步步建立零部件。合成生物学与基因工程把一个物种的基因延续、改变并转移至另一物种的作法不同，合成生物学的目的在于建立人工生物系统（artificialbiosystem），让它们像电路一样运行。合成生物学成为继“DNA双螺旋结构”“基因组技术”之后的第三次生物科技革命。第7题代谢组学(metabonomics/metabolomics)是效仿基因组学和蛋白质组学的研究思想，对生物体内所有代谢物进行定量分析，并寻找代谢物与生理病理变化的相对关系的研究方式，是系统生物学的组成部分。其研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。第8题蛋白质组学（英语：proteomics，又译作蛋白质体学），是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。这个概念最早是在1994年，由MarcWilkins首先提出的新名词。蛋白质组（Proteome）一词，源于蛋白质（protein）与基因组（genome）两个词的组合，意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”，即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识。第9题作为植物细胞底盘的必要条件有：转化体系成熟，易成活，生长周期短，基因组相对简单，遗传背景清晰等。第10题药用植物次生代谢物细胞工厂生产技术路线包括：目的药用植物——基因组测序——功能基因挖掘及合成途径解析——合成途径组装入细胞工厂——细胞工厂生产植物功效成分——药用植物功效成分第11题中草药蛋白组学研究存在瓶颈问题包括：1.中草药植物蛋白质数据库非常少，目前大多数研究都是结合拟南芥的数据库进行搜库比对，由于植物种类的自身差异，鉴定的蛋白质非常少；2.针对中草药植物蛋白质的抗体非常稀少，蛋白后期实验验证受限。第12题样品采集——样品预处理——代谢物分析和数据采集（质谱和核磁技术）——数据分析（图像分析软件、数据库）——生命现象的解释第13题蛋白质样品制备——蛋白质的分离（凝胶二维电泳、HPLC）——蛋白质的鉴定（Edman测序、质谱技术）——生物信息学研究（图像分析软件、数据库）——相互作用研究（酵母双杂交技术、免疫共沉淀、蛋白质芯片等）第四章课后习题第1题对于具有成熟遗传转化体系的植物，可以通过基因敲除或基因表达抑制来干扰全部或部分酶的功能，然后检测植物体内各种次数代谢产物含量的变化，进一步验证酶在原植物体内的生物活性。第2题由于具有成熟高效的遗传转化体系，一些模式植物如拟南芥、烟草等也常被用于途径基因的异源表达和鉴定。第3题用于诱导基因功能缺失的方法较多，目前最常用的是RNA干扰（RNAi)和病毒诱导的基因沉默技术（VIGS）。第4题RNAi和VIGS均属于转录后基因沉默（PTGS）。第5题用于诱导基因功能缺失的方法较多，目前最常用的是_____和______。ARNA干扰（RNAi)B病毒诱导的基因沉默技术（VIGS）C基因敲除D基因表达抑制正确答案：AB第6题对于具有成熟遗传转化体系的植物，可以通过_____或______来干扰全部或部分酶的功能，然后检测植物体内各种次数代谢产物含量的变化，进一步验证酶在原植物体内的生物活性。A基因敲除B基因表达抑制CRNA干扰（RNAi)D病毒诱导的基因沉默技术（VIGS）正确答案：AB第7题由于具有成熟高效的遗传转化体系，一些模式植物如_____,______等也常被用于途径基因的异源表达和鉴定。A拟南芥B烟草C酵母D大肠杆菌正确答案：AB第8题酵母是目前应用最广泛的真核表达系统。第9题大肠杆菌是目前应用最广泛的原核表达系统。第10题_____是目前应用最广泛的真核表达系统。A酵母B大肠杆菌C拟南芥D烟草第11题_____是目前应用最广泛的原核表达系统。A大肠杆菌第12题常用于候选基因功能验证的异源表达系统包括_____,______、______、______。A大肠杆菌B酵母C拟南芥D烟草正确答案：ABCD第13题基于基因组测序的基因簇挖掘不可以筛选候选基因。第14题基于转录组测序的共表达分析不可以筛选候选基因。第15题同位素标记的前体化合物与非标记化合物可以通过质谱仪和核磁共振仪等质量分析仪器来区分。第16题同位素示踪法常用于合成途径推测及校正。第17题根据已有的知识推测出一个可能的代谢途径是天然产物生物合成途径解析的第一步。第18题MVA和MEP途径中的异戊烯焦磷酸（IPP）可以在____和____间转运，参与不同的代谢途径。A胞质B质体C转换D颠换正确答案：AB第19题MVA和MEP途径都可以生成萜类的结构单元异戊二烯，前者发生在_____中，后者发生在_____中。A胞质B质体C转换D颠换正确答案：AB第20题天然产物次生代谢途径主要有_____,______、______、______。A甲羟戊酸途径（MVA）B磷酸甲基赤藓糖醇途径（MEP）C莽草酸途径D丙二酸途径正确答案：ABCD第21题利用转录组学不可以构建系统发育树。第22题利用转录组学可以发掘和鉴定分子标记。第23题利用转录组学可以研究药用生物基因异构体和转录本可变剪接。第24题利用转录组学可以研究药用生物生长发育机制。第25题利用转录组学可以研究药用生物胁迫响应机制。第26题利用药用生物转录组可以研究次生代谢途径。第27题药用生物转录组学可以发掘与鉴定药用生物抗病、抗逆等优良性状相关功能基因。第28题药用生物转录组学可以发掘与鉴定药用生物生长发育相关功能基因。第29题药用生物转录组学可以发掘与鉴定中药药效活性成分合成途径关键基因。第30题第二代测序平台主要有454GSFLX、Illumina公司的SolexaHiseq、ABI公司的SOLiD测序平台。第31题第二代测序平台主要有_____,______、______。A454GSFLXBIllumina公司的SolexaHiseqCABI公司的SOLiD测序平台DSanger测序仪正确答案：ABC第32题第三代测序平台主要有PacBio单分子实时测序仪、Heliscope单分子测序仪、OxfordNanopore测序仪。第33题第三代测序平台主要有_____,______、______。APacBio单分子实时测序仪BHeliscope单分子测序仪COxfordNanopore测序仪DSanger测序仪正确答案：ABC第34题SNP是指在基因组上单个核苷酸由于转换、颠换、缺失、插入等导致变形而形成的遗传标记。第35题SNP是指在基因组上单个核苷酸由于______,______、______,______等导致变形而形成的遗传标记。A转换B颠换C缺失D插入正确答案：ABCD第36题EST序列长度一般为300~500bp。第37题EST是由mRNA逆转录产生的cDNA序列。第38题EST是由______逆转录产生的______序列。AmRNABcDNACrRNADDNA正确答案：AB第39题转录组序列组装的方法主要有______,______。A从头组装B参照基因组组装C细胞器组装D核基因组装正确答案：AB第40题序列组装是转录组数据分析的第一步。第41题药用生物转录组研究具有依赖药用部位与采收时间和采收方法的特点。第42题比较转录组可预测未知基因功能。第43题转录组信息具有时空特异性。第44题转录组测序不可检测基因对应转录本的结构变异。第45题它是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科，从RNA水平研究基因的表达情况。转录组测序是通过二代测序平台快速全面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，可以用来研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和预测新的转录本等等。A代谢组学B转录组学C基因组学D细胞器基因组学第46题它指特定生长阶段某组织或细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA，狭义上指所有mRNA的集合。它是A代谢组B转录组C基因组D线粒体DNA第47题转录组测序可定量检测转录本丰度。第48题mRNA是转录组的核心组分。第49题转录组的核心组分是______。AmRNABtRNACrRNADDNA第50题RNA的转录过程分为______,______,______三个阶段。A起始B延长C终止D复制正确答案：ABC第51题转录主要生产3种RNA，即______,______,______。AmRNABtRNACrRNADDNA正确答案：ABC第52题物种没有参考基因组，可以做原核转录组或者无参转录组分析。第53题在做真核生物转录组测序时，会测到线粒体、叶绿体RNA。第五章课后习题第1题三倍体，遗传学名词，是指含有三组染色体的细胞或生物。三倍体生物因难以进行减数分裂形成配子，故常不育。第2题它是指由受精卵发育而来，且体细胞中含有两个染色体组的生物个体。它是A多倍体B单倍体C二倍体D变异体第3题染色体倍性是指细胞内同源染色体的数目，其中只有一组的称为“单套”或“单倍体”。需要注意的是，单倍体与一倍体（体细胞含一个染色体组的个体）有区别。有的单倍体生物的体细胞中不只含有一个染色体组。绝大多数生物为二倍体生物，其单倍体的体细胞中含一个染色体组，如果原物种本身为多倍体，那么它的单倍体的体细胞中含有的染色体组数一定多于一个。如四倍体水稻的单倍体含两个染色体组，六倍体小麦的单倍体含三个染色体组，而不是三倍体。第4题它英文名称：polyploid

体细胞中含有三个或三个以上染色体组的个体．它在生物界广泛存在，常见于高等植物中，由于染色体组来源不同，可分为同源多倍体和异源多倍体。它是A多倍体B单倍体C基因型D变异体第5题细胞质遗传（cytoplasmicinheritance）是指子代的性状由细胞质内的基因所控制的遗传现象和遗传规律。细胞质基因：线粒体、叶绿体中的DNA上和细胞质粒上的基因。细胞质遗传现象表明，细胞质内具有控制某些性状的遗传物质——细胞质基因（简称质基因）。但是，科学家用电子显微镜观察，在细胞质内并没有找到像染色体一样的结构。1962年，科学家里斯（Ris）和普兰特（Plant）等用电子显微镜观察衣藻、玉米等植物的超薄切片，发现在叶绿体的基质中有长度为20.5nm左右的细纤维存在。用DNA酶处理，这种细纤维就消失。由此证明，这种细纤维结构就是叶绿体DNA。第6题细胞质雄性不育(cytoplasmicmalesterility，CMS)是广泛存在于高等植物中的一种自然现象，表现为母体遗传、花粉败育和雌蕊正常。可被显性核恢复基因恢复育性。迄今已在150多种植物中发现了CMS。利用CMS培育不育系进行杂交制种，已成为国际制种业的主要趋势，其可免去人工去雄，节省大量的人力物力，并可提高杂交种子的纯度，增加农作物的产量。但在实际的选育过程中经常会遇到所选的不育系胞质单一、配合力低及不育性不稳等诸多问题，而这些问题的解决又缺少足够的理论依据。同时它又是研究核质互作的理想材料。因此，长期以来人们对不育机制的探讨从未终止过。对CMS从形态学、细胞学、生理生化学及分子生物学方面进行了大量的研究。第7题RFLP标记是发展最早的DNA标记技术。RFLP是指基因型之间限制性片段长度的差异，这种差异是由限制性酶切位点上碱基的插入、缺失、重排或点突变所引起的。第8题RAPD技术是1990年发明并发展起来的，RAPD是建立在PCR(PolymeraseChainReaction)基础之上的一种可对整个序列的基因组进行分析的分子技术。其以DNA为模板，以单个人工合成的随机核苷酸序列(通常为10个碱基对)为引物，进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖或聚丙烯酰胺电泳分离、溴化乙锭染色后，在紫外透视仪上检测多态性。扩增产物的多态性反映了基因组的多态性。RAPD技术现已广泛的应用于生物的品种鉴定、系谱分析及进化关系的研究上。第9题ISSR(inter-simplesequencerepeat)是Zietkiewicz等于1994年发展起来的一种微卫星基础上的分子标记。其基本原理是:用锚定的微卫星DNA为引物，即在SSR序列的3'端或5'端加上2-4个随机核苷酸，在PCR反应中，锚定引物可引起特定位点退火，导致与锚定引物互补的间隔不太大的重复序列间DNA片段进行PCR扩增。所扩增的interSSR区域的多个条带通过聚丙烯酞胺凝胶电泳得以分辨，扩增谱带多为显性表现。ISSR引物的开发不像SSR引物那样需测序获得SSR两侧的单拷贝序列，开发费用降低。与SSR标记相比，ISSR引物可以在不同的物种间通用，不像SSR标记一样具有较强的种特异性;与RAPD和RFLP相比，ISSR揭示的多态性较高，可获得几倍于RAPD的信息量，精确度几乎可与RFLP相媲美，检测非常方便，因而是一种非常有发展前途的分子标记。ISSR标记已广泛应用于植物品种鉴定、遗传作图、基因定位、遗传多样性、进化及分子生态学研究中。第10题MNP是一组长度小于300bp的基因组片段内的多个分散的SNP。MNPs标记的开发目的是针对目标物种进行品种鉴别，鉴别力的大小取决于标记的多态性、标记的数量和基因分型的准确性。基因组内存在许多的SNP位点，将这些不同SNP位点的等位基因型组合起来，用于区分不同的个体DNA，当用多个个体的MNP位点构成具体物种的MNP标记位点数据库后，鉴定新材料时只需要将待测样品DNA和混合MNP标记引物在一次PCR体系中扩增，并利用二代测序检测扩增出的这些位点的序列即可，所以检测的实际操作非常便捷。第11题snp分子标记是指在基因组上单个核苷酸的变异，形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。第12题SSR是SimpleSequenceRepeat的缩写，意思是简单重复序列标记，SSR)是以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，或称微卫星序列标记(Microsatellitesequence，MS)，或短串联重复标记(ShortTandemRepeat，STR)。第13题为了从各种测序数据中高效准确的获取以AGS为代表的低拷贝基因，四川大学生命科学学院余岩副教授团队开发了Easy353工具包，能够直接从包括浅层基因组测序的各类高通量测序中获取AGS等低拷贝基因。该研究成果以Easy353:AtooltogetAngiosperms353genesforphylogenomicresearch为题，2022年12月在进化生物学国际顶级刊物MolecularBiologyandEvolution(5-yearImpactFactor:20.074，中科院大类1区)在线发表(AdvanceAccess)。Easy353是基于reference-guided策略的拼接工具，使用deBruijngraph的算法进行有权重的从头拼接，具有极高的准确性和敏感度。该工具使用流程比较简单，研究者无需进行任何前置实验，仅仅提供同科/属的参考序列和测序的原始数据就可以直接获取各类低拷贝/单拷贝基因。第14题空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。第15题千种植物转录组研究计划旨在利用第二代测序技术完成约1000种植物转录组的测序和组装。第16题2010年，陈士林研究团队提出本草基因组计划，针对具有重大经济价值和典型次生代谢途径的药用植物进行了全基因组测序和后基因组学研究，取得了包含人参、灵芝、黄花蒿、紫苏、菊花、黄连、丹参、卷柏、红豆杉等一批高质量药用植物基因组序列。第17题人类基因组计划（英语：HumanGenomeProject,HGP）是一项规模宏大，跨国跨学科的科学探索工程。其宗旨在于测定组成人类染色体（指单倍体）中所包含的30亿个碱基对组成的核苷酸序列，从而绘制人类基因组图谱，并且辨识其载有的基因及其序列，达到破译人类遗传信息的最终目的。“人类基因组计划”在研究人类过程中建立起来的策略、思想与技术，构成了生命科学领域新的学科——基因组学，可以用于研究微生物、植物及其他动物。人类基因组计划与曼哈顿原子弹计划和阿波罗计划并称为三大科学计划，是人类科学史上的又一个伟大工程，被誉为生命科学的“登月计划”。人类基因组计划由美国科学家于1985年率先提出，于1990年正式启动的。美国、英国、法国、德国、日本和中国科学家共同参与了这一预算达30亿美元的人类基因组计划。按照这个计划的设想，在2005年，要把人体内约2.5万个基因的密码全部解开，同时绘制出人类基因的图谱。换句话说，就是要揭开组成人体2.5万个基因的30亿个碱基对的秘密。截止到2003年4月14日，人类基因组计划的测序工作已经完成。其中，2001年人类基因组工作草图的发表（由公共基金资助的国际人类基因组计划和私人企业塞雷拉基因组公司各自独立完成，并分别公开发表）被认为是人类基因组计划成功的里程碑。第18题某种DNA是种植物体内的遗传物质，它能为细胞产生能量（ATP），是一种脱氧核糖核酸特殊形态。它是为细胞提供能量（ATP）的细胞器。植物中它所在的基因组是一个大小变化很大的松散环状结构。请问这种DNA是A线粒体DNAB叶绿体DNAC核基因组DNAD核糖体DNA第19题纳米孔测序技术（又称第四代测序技术）是最近几年兴起的新一代测序技术。目前测序长度可以达到150kb。这项技术开始于90年代，经历了三个主要的技术革新：一、单分子DNA从纳米孔通过；二、纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制；三、单核苷酸的测序精度控制。目前市场上广泛接受的纳米孔测序平台是OxfordNanoporeTechnologies（ONT）公司的MinION纳米孔测序仪。它的特点是单分子测序，测序读长长（超过150kb），测序速度快，测序数据实时监控，机器方便携带等。第20题第三代测序技术是指单分子测序技术。DNA测序时，不需要经过PCR扩增，实现了对每一条DNA分子的单独测序。第三代测序技术也叫从头测序技术，即单分子实时DNA测序。第三代测序技术发明人：StephenWTurner1&JonasKorlach博士。基因测序技术逐渐成为临床分子诊断中重要技术手段，三代测序技术是未来主要发展方向，第三代测序技术应用在基因组测序、甲基化研究、突变鉴定（SNP检测）这三个方面上。第21题叶绿体基因组分子标记可以来源于—————，————————。A基因编码区B基因间区C转录组D代谢组正确答案：AB第22题能够用于植物药的分子标记可以来源于——，———，———。A核基因组B线粒体基因组C叶绿体基因组D表型组正确答案：ABC第23题能够用于动物药的分子标记可以来源于——，———。A核基因组B线粒体基因组C叶绿体基因组D表型组正确答案：AB第24题下列属于基因间区分子标记的一项是ArbcLBmttBCcox1DpsbA-trnH第25题下列属于叶绿体基因组分子标记的一项是AITSBITS2Ccox1DpsbA-trnH第26题下列属于叶绿体基因组分子标记的一项是AITSBITS2Ccox1DmatK第27题下列属于叶绿体基因组分子标记的一项是ArbcLBITS2CITSDcox1第28题下列属于核基因组分子标记位点的是AITSBITS2CpsbA-trnHDmatK正确答案：AB第29题下列属于核基因组分子标记位点的是AITSBrbcLCpsbA-trnHDmttB第30题下列属于核基因组分子标记位点的是AITS2BrbcLCmatKDcox1第31题chloroplastDNA（cpDNA），存在于叶绿体内的DNA。高等植物叶绿体的DNA为双链共价闭合环状分子，其长度随生物种类而不同，其大小在120kb到217kb之间，相当于噬菌体基因组的大小，例如，T4噬菌体的基因组约165kb。叶绿体DNA不含5-甲基胞嘧啶，这是鉴定cpDNA及其纯度的特定指标。通常一个叶绿体含有10~50个DNA分子。叶绿体内有少量的核糖体，而叶绿体本身也是半自主性细胞器，具有遗传信息的表达系统，可以转录、翻译生成蛋白质，但是叶绿体中绝大多数蛋白质都是由核DNA编码并在细胞质核糖体上合成后再运送到叶绿体各自的功能位点上。第32题第二代DNA测序技术又称下一代测序技术，是对第一代测序技术的划时代变革的核心。现有的技术平台主要包括Roche/454GSFLX、Illumina/Sol-exaGenomeAnalyzer、HelicosBioSciences公司的HeliScope™SingleMoleculeSequencer、美国Dana-herMotion公司推出的Polonator；以及连接法测序(sequencingbyligation)，即通过引物来定位核酸信息，技术平台有AppliedBiosystems/SOLiD™system。以上技术平台所运用的测序原理均为循环微阵列法第33题环介导等温扩增技术，英文名称为loop-mediatedisothermalamplification，能在等温（60-65℃）条件下，短时间（通常是一小时内）内进行核酸扩增，是一种“简便、快速、精确、低价”的基因扩增方法。第34题高分辨率熔解曲线(high-resolutionmelting，HRM)是一种基于单核苷酸熔解温度不同而形成不同形态熔解曲线的基因分析新技术，具有极高的敏感性，可以检测出单个碱基的差异，并且成本低、通量高、速度快、结果准确、不受检测位点的局限，实现了真正的闭管操作。在突变扫描、单核苷酸多态性分析、甲基化研究、基因分型、序列匹配等方面HRM分析技术发挥着重要作用。第35题TaqMan荧光探针是一种寡核苷酸探针，其5’末端携带荧光基团，如FAM、TET、VIC、HEX等，3’端携带淬灭基团，如TAMRA、BHQ等。PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收；PCR扩增时，Taq酶的5'－3'外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，从而荧光监测系统可接收到荧光信号，即每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。第36题目前成功率最高的DNA条形码序列是AITS2BrbcLCmatKDpsbA-trnH第37题中草药DNA条形码鉴定技术设想包括哪些？A以常用中草药为研究对象B筛选获得通用DNA条形码C确定标准化操作流程D转化为二维码，便携移动终端方便使用正确答案：ABCD第38题DNA条形码的应用领域有如下这些：1.药用动植物和药材鉴定；2.检验检疫；3.发现新种；4.生物多样性；5.遗传进化分析第39题下列选项属于DNA条形码优势的内容是A通用性好B不受形态特征限制C鉴定准确高效D价格昂贵正确答案：ABC第40题请描述DNA条形码的六大优势有哪些：1.只需选用一个或少数几个基因片段即可对绝大部分物种进行准确鉴定；2.鉴定过程快速，可在短时间内鉴定大量样本；3.重复性和稳定性高；4.实验过程标准，操作简单，容易实现物种鉴定自动化；5.可有效缓解分类鉴定人才短缺的现状；6.可通过互联网和信息平台对现有物种序列等信息进行集中统一管理，并可实现共享。第41题它是指生物体内能够代表该物种的、标准的、有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段。它是利用生物体DNA中一段保守片段对物种进行快速准确鉴定的新兴技术。它叫做ADNA条形码BNCBI数据库CPython语言DR语言第42题请解释蛋白质组学的概念是：蛋白质组学（英语：proteomics，又译作蛋白质体学），是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。这个概念最早是在1994年，由MarcWilkins首先提出的新名词。蛋白质组（Proteome）一词，源于蛋白质（protein）与基因组（genome）两个词的组合，意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”，即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识。第六章课后习题第1题基因组变异类型中的结构变异，通常认为变化的片段至少大于（）A10bpB25bpC50bpD100bp第2题下列关于全基因组关联分析的说法，不正确的是（）A可利用自然群体作为关联群体B为了保证检测效力，目前全基因组关联分析研究普遍样本量大于200份C必须要构建遗传群体D结合基因组高密度的单核苷酸多态性分子标记，检测与目标性状表型相关基因处于连锁不平衡状态的标记，从而发掘功能性标记位点第3题下列遗传群体中，属于永久性分离群体的是（）AF1群体BF2群体CBC群体DRIL群体第4题丹参是我国的常用大宗中药材之一,始载于《神农本草经》，为（）鼠尾草属植物丹参的干燥根和根茎。A菊科B十字花科C唇形科D毛茛科第5题（）是丹参中萜类骨架物质氧化修饰的主要酶类，通过氧化、脱羧、脱氢和还原作用将碳骨架逐步转化为隐丹参酮、丹参酮IIA等活性成分。AUGTsBCYP450sCPKSDTPS第6题下列关于药用植物育种研究现状的说法，不正确的是（）A药用植物栽培历史长，育种研究起步早B药用植物种类多、生长周期长、育种目标特殊C用于育种的种质缺乏且杂合度高，对性状遗传规律认识还非常不足D当前主要采用系统选育和杂交选育方法进行良种选育第7题与农作物相比，药用植物的育种有诸多不同的特征，下列描述不正确的是（）A药用植物栽培驯化程度低B人工创制的药用植物种质资源少，野生资源杂合度高C在药用植物育种中人工杂交的推广和应用相对滞后D药用植物育种目标主要是稳定的为人类提供包括淀粉、蛋白质和油脂等生命活动所需的物质第8题药用植物育种主要目标是提高___的产量。A有效成分B单株重量C单株高度D居群数目第9题GenomicSelection(GS)指___。A基因组选择B全基因组关联分析C模式生物实验D小鼠实验第10题GWAS指____。A全基因组关联分析B细胞器总DNAC模式生物实验D小鼠实验第11题DH群体指___。A近等基因系群体B重组自交系群体C双单倍体群体D居群第12题RIL群体指___。A近等基因系群体B重组自交系群体C双单倍体群体D居群第13题NIL群体指___。A近等基因系群体B重组自交系群体C双单倍体群体D居群第14题作图群体可以根据亲本数量分为___、____和____等。A双亲群体B多亲群体C自然群体D双单倍体群体正确答案：ABC第15题个体之间的基因组结构变异包括____、____、____、倒位、易位和拷贝数变异。A缺失B插入C重复D结构变异正确答案：ABC第16题高通量测序在检测遗传变异方面的广泛应用表明，个体之间的基因组差异通常表现为_____、_____和_____。A单核苷酸多态性B插入或缺失C结构变异D双单倍体群体正确答案：ABC第17题近年三代测序技术广泛普及，利用二代Illumina、三代Pacbio或Nanopore以及Hi-C挂载技术，已有上百种药用植物获得了全基因组序列，其中大量药用植物获得了染色体水平的基因组测序和组装，为中药材的基因组辅助育种研究提供了生物信息基础。第18题丹参生长世代周期短、基因组小、染色体数目少、繁殖方式多样，是理想的药用研究模式生物。第19题基因组数据库的主要功能已经从数据存储发展成为整合各种基因组信息的基因组门户或中心，以及提供在线基因组学分析的网络服务器，引领基因组测序和重测序项目的开展。第20题药用植物的驯化程度高，栽培稳定，易于获取稳定的品系。第21题药用植物与作物在育种基础材料、育种目标和必需遵循的法律规范等方面都有一些明显的区别，这决定了实现药用植物育种不能完全照搬作物育种的模式，还需要探索适合药用植物的育种模式。第22题双亲群体主要包括杂交F2群体、回交群体、重组自交系RIL群体、近等基因系NIL群体、双单倍体DH群体以及巢式关联作图NAM群体等。第23题F2群体是最常用的作图群体，配置简单，不需要很长时间就可完成，属于永久群体。第24题SNP只存在于基因序列内，不可能在基因以外的非编码序列上。第25题SNP由单个碱基的转换或颠换所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。第26题InDel变异，即小片段插入或缺失，指基因组中小片段的插入或缺失序列，其长度在50-100bp之间。第27题模式生物需具备的条件应该有：（1）模式生物必须是世代周期短、子代多、遗传背景清楚；（2）表型要稳定，并且有具体可行的表型分析方法；（3）模式生物必须容易进行实验操作，特别是具有遗传操作的手段，便于进行遗传改造；（4）模式生物的基因组大小要相对较小，便于开展基因组学研究，容易获取基因组信息；（5）对人体和环境无害；（6）模式生物要具备良好的前期研究基础，如能够开展有效活性成分分析与制备，能易于在室内栽培（养殖）或繁殖，已建立稳定的遗传转化体系，具有可参考的遗传信息（如遗传背景、分子标记、遗传图谱等）。第28题生物学家通过对选定的生物物种进行科学研究，用于揭示某种具有普遍规律的生命现象。此时，这种被选定的生物物种就是什么？A模式生物B表型生物C细胞生物D植物第29题基因组选择育种流程的主要步骤有：（1）创建训练群体，并对训练群体进行表型和基因型鉴定，结合相应的统计模型分析表型和基因型数据；（2）构建基因组预测模型，该模型可估算所有标记位点的等位基因的标记效应并能从基因型预测表型；（3）预测模型的验证，即使用测试群体，筛选最优的模型参数，对模型的实际预测能力进行评估；（4）应用构建的模型预测非表型个体的基因组估计育种值，并根据育种值对育种群体中各个体进行选择，从而选育出综合性状优良的育种材料。第30题全基因组关联分析主要步骤有：（1）多样性遗传材料的选择。（2）群体内每份遗传材料基因型和表型数据的测定与收集。（3）进行基因型分型。（4）分析群体结构及亲缘关系。（5）关联分析及基因挖掘。第31题它可视为系统的研究某一生物或细胞在不同环境条件下所有表型(从基因、蛋白质到代谢各尺度)的学科,其主要研究的是某一生物的物理和化学性状随着基因突变及环境改变而变化的规律。A转录组学B表型组学C基因组学D细胞器组学第32题它是以一种变异，即单核苷酸多态性，指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是ASNPBSSRCISSRDRAPD第33题重测序的概念是：对基因组序列已知物种的个体进行基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。第七章课后习题第1题Orthologous指直系同源。与其对应的一个概念是旁系同源paralogous。只要记住Ortholog基因是由Speciesdifferentiation形成的，而paralog基因是由geneduplication形成的就可以区分清楚。第2题一种软件是由theBroadInstitute开发的转录组denovo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm,Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。它是APAML软件BMEGA软件CUnicycler软件DTrinity软件第3题一种软件主要用于基因组拼接，也可用于一、二、三代测序的混合组装；还可用于转录组从头组装（rnaSPAdes）和宏基因组拼接（metaSPAdes）。它是APAML软件BMEGA软件CUnicycler软件DSPAdes软件第4题一种软件是组装细菌基因组的软件套装。它既可以使用SPAdes组装纯Illumina短读长的二代数据，也可以使用miniasm+Racon管道组装三代长读长数据（PacBio或Nanopore）。进一步，可以同时给它二代和三代数据，它将进行短读长优先的混合组装，以获得最好的的组装结果。它是APAML软件BMEGA软件CUnicycler软件DSPAdes软件第5题一种软件的全称是MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis分子进化遗传分析。它可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。它还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。是一款免费软件。它是APAML软件BMEGA软件CUnicycler软件DSPAdes软件第6题一种软件是一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包，该软件包由著名华裔科学家、英国皇家科学学院士、伦敦大学统计遗传学教授杨子恒开发并免费提供给学术研究使用。它是APAML软件BMEGA软件CUnicycler软件DSPAdes软件第7题一种子系统是与Docker类似的容器工具。所谓容器指的是一个标准的软件单元，它打包代码及其所有依赖项，以便应用程序从一个计算环境快速可靠地运行到另一个计算环境。它的优点包括：不需要sudo权限即可运行（与Docker不同）；在多节点环境中与HPC资源管理器很好地互操作；默认情况下，轻松利用集群或服务器上的GPU、高速网络、并行文件系统。它是AConda子系统BDocker子系统CPBS子系统DSingularity子系统第8题一个子系统是为Python程序创建的，是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。它的适用系统包括Linux，OSX和Windows，是最流行的Python环境管理工具。这个子系统是AConda子系统BDocker子系统CPBS子系统DSingularity子系统第9题它是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。它属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。它是ANCBI数据库BGenBank数据库CCNKI数据库DPubMed数据库第10题它的基因数据库是一种将基因相关信息集中到单个记录中的资源。许多不同类型的基因特异性数据与记录相关联，包括序列登记、命名法、基因组位置和组织、出版物、基因产物及其属性、表达、相互作用、途径、同源性、变异及其表型后果以及与数据库的有用链接它的内部和外部。其中Gene的内容来自自动数据流和它的工作人员的管理。起点通常是从公开的、带注释的基因组序列中提取基因特异性信息。根据每个合作数据库提供的信息，该基因被分配一个类别，例如蛋白质编码RNA、非编码RNA、假基因、核糖体RNA或未知。这个数据库是ANCBI数据库BGenBank数据库CCNKI数据库DPubMed数据库第11题它由荷兰国家数学与计算机科学研究中心的吉多·范罗苏姆于1990年代初设计，作为一门叫做ABC语言的替代品。它提供了高效的高级数据结构，还能简单有效地面向对象编程。它语法和动态类型，以及解释型语言的本质，使它成为多数平台上写脚本和快速开发应用的编程语言，随着版本的不断更新和语言新功能的添加，逐渐被用于独立的、大型项目的开发。它在各个编程语言中比较适合新手学习，它的解释器易于扩展，可以使用C、C++或其他可以通过C调用的语言扩展新的功能和数据类型。它也可用于可定制化软件中的扩展程序语言。它丰富的标准库，提供了适用于各个主要系统平台的源码或机器码。它是APerl语言BR语言CPython语言DC语言第12题一种语言是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。它是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。它是APerl语言BR语言CPython语言DC语言第13题一种功能丰富的计算机程序语言，运行在超过100种计算机平台上，适用广泛，从最初是为文本处理而开发的，现在用于各种任务，包括系统管理，Web开发，网络编程，GUI开发等。它易于使用、高效、完整，而不失美观（小巧，优雅，简约）。同时支持过程和面向对象编程，对文本处理具有强大的内置支持，并且拥有第三方模块集合之一。它借取了C、sed、awk、shell脚本语言以及很多其他程序语言的特性，其中最重要的特性是它内部集成了正则表达式的功能，以及巨大的第三方代码库CPAN。这种语言是APerl语言BR语言CPython语言DC语言第14题以下软件属于开源统计绘图语言的是AR语言BSSPSCSASDS-PLUS软件第15题以下操作系统基于linux架构的系