MaterialsStudio5.0培训教程专业知识讲座

Class1--MaterialsStudio迅速入门教程

该教程将介绍MaterialsStudio软件基本功能，在这一部分，你将学到：一.生成Projects二.打开并且观测3D文档三.绘制苯甲酰胺分子四.观测并且处理研究表格文档五.处理分子晶体：尿素六.建造Alpha石英晶体七.建造多甲基异丁烯酸盐八.保存Project并结束在d盘上建文献夹class1:d:\class1第1页1.建立一种新文献夹D:\MSteach\class12.运行MaterialsStudio，生成名称为MyquickstartProject或从运行菜单中运行：所有程序\AccelrysMaterialsStudio4.4\MaterialsStudio生成一个Project目:介绍MaterialsStudio中project概念模块:MaterialsVisualizer在桌面双击快捷方式第2页选择此文献夹寄存数据生成了名称为MyQuickstartProject写入Myquickstart这样就产生了新MaterialsStudioproject，开始了MaterialsStudio运行第3页3.恢复project默认设置（初学者不要做此操作）本教学过程中，每一种新project都使用MaterialsStudio自动产生templateproject设置。确保Myquickstartproject也同样。选择Tools\SettingsOrganizer，打开SettingsOrganizer对话框。1.点击此处MaterialsStudioicon，选中所有模块和图示工具。2.单击Reset，所有模块和图示工具都恢复Accelrys默认值。3.在此可变化模块和图示工具设置值。初学者慎用。在layerbuilder中试试。若干次操作后，已有某些参数设置。由于错误等原因，要反复前面一种过程。为保存两次操作同样，需返回MS默认设置。第4页二.打开并且观测3D文档目标:介绍MaterialsStudio汉字档documents概念

模块:MaterialsVisualizer

前提:已生成一种ProjectMaterialsStudio使用了多种类型文献，如3DAtomisticandMesoscale、text、chart、HTML、studytable、grid、script、和forcefielddocuments。在背面进行计算时，这些文献将逐一显示在projects中，反应了计算过程。目前教学中,主要出现是3DAtomistic类型文献。本节课包括下列内容:1.输入一种构造2.调整显示方式3.变化3D构造视图4.选择对象不一样类型第5页1.输入一种构造

File/Import，打开输入文献对话框（注意，此对话框也可用工具栏上输入按钮打开）。选择Examples/Documents/3DModel/TON.msi，单击Import按钮。zeoliteTheta-1unitcell右键旋转第6页

这个3DViewer显示一般zeoliteTheta-1单胞。文献TON.xsd是ProjectExplorer中Myquickstartproject一部分。注意文献扩展名已由.msi变为.xsd，这是3D构造XML-basednativeMaterialsStudio格式。msi?第7页2.调整显示方式在3DViewer上按右键，出右键菜单，选DisplayStyle，DisplayStyle对话框中各选项意义如下：Atom栏：

DisplayStyle:Line：线状模型。

Stick：棍状模型。

Ballandstick：球棍模型。

CPK：球堆砌模型。

Polyhedron：多面体堆积模型（晶体）。

Atom栏：用Line、Stick、Ballandstick、CPK和Polyhedrondisplaystyles显示zeoliteTheta-1构造。最后将显示方式改为CPK。LineStickBallandstickCPKPolyhedron第8页Lattice栏：

Displaystyle:显示单个晶胞或者原胞。

Range：显示在X、Y、Z方向上晶胞数量。

Lattice:显示晶胞边界格调。

用None、Dashedline、Line和Stickstyles显示zeoliteTheta-1构造。注意3DViewer边框变化。

将显示固定在Line。NoneDashedlineLineStick第9页Lighting

*将箭头移到右上方，关闭Lighting对话框。*打开DisplayStyle

对话框，在Atomtab

中，选Ballandstick

。关闭对话框。

球上箭头批示光照射方向。将鼠标移到球上，鼠标变成手形，按左键，拖动球，变化光照射方向。

在TON.xsd

3DViewer上单击右键，选择Lighting选项，该选项将指定加光情况。在此选项卡内能够设定三个光源，并变化光源照射位置（照射位置用箭头显示）。第10页3.变化3D构造视图Rotate:旋转构造视图。使用三键鼠标，右键是旋转操作。

Zoom:向上或者右侧拖动能够增大所选构造视图；向下或者向左侧拖动会缩小所选构造视图。使用三键鼠标，也可用鼠标上滚轮进行3D构造放大、缩小。

Translation:将构造沿着不一样方向平移。对于三键鼠标来说，左键执行所选操作，右键则是旋转操作，同步按下左健和右键则会完成缩放操作。另外还能够将键盘和鼠标联用来完成上述操作。下列操作将变化3D构造位置：

FittoView:根据窗口尺寸，为3D构造选择合适大小。

Recenter:将构造放置到窗口中心，构造大小不变。若选中一种原子，则将此原子移到窗口中心，整体3D构造不变。

ResetView:将构造放置到窗口中本来位置，并恢复原有大小。通过选择对应工具并在3D构造上拖动来变化构造视图。能够使用3DViewer工具栏上工具来变化3D视图。3DViewer工具栏第11页4.选择不一样对象：如原子或键3DViewerSelectionMode按钮

在3DView工具栏上选择3DViewerSelectionMode，并通过单击原子、键来选择对应对象。单击*按住鼠标左键，沿斜线托拽，能够选择一定区域内所有对象，包括原子和键。*单击一种键，此键颜色变化，说明被选中。*在TON构造上单击选中原子，此原子颜色变化，说明被选中。此区域原子和键都被选中键被选中原子被选中*在构造中某个原子或键上双击鼠标能够选择整个构造。*在3DViewer上无TON构造地方单击或双击鼠标，则取消对象选择。*需要将构造保存为project一部分时，单击3DViewer，再按Yes按钮。*File/SaveProject，Windows/CloseAll第12页引言化学家不得不每天处理大量小分子和化学中间体。迅速生成该类分子对于每一种分子建模环境都是非常主要。苯甲酰胺分子就是这样一种小分子，在下边我们将以该分子作为例子，进行研究工作。1.生成新3D文档2.设置球棍模型为默认显示方式3.绘制分子环和原子链4.绘制氧原子5.编辑原子类型编辑键类型7.添加氢原子并调整分子构造8.将分子凯库勒(Kekulé)式转化为共轭构造(resonantbondrepresentation)Tomonitorandadjustdistances

三.绘制苯甲酰胺分子目标:介绍MaterialsVisualizer中绘图工具sketchingtools

模块:MaterialsVisualizer

前提:已生成一种ProjectBenzamide(苯甲酰胺)分子第13页下面建造苯甲酰胺构造：1.生成新3D文档在菜单上选择File/New，并且选择3DAtomistic后单击OK。此时文献名称出目前左侧ProjectExplorer中，名称为3DAtomistic.xsd，在其上单击鼠标右键，选择Rename，将名称改为my-benzamide。选择File/Save

或单击工具栏上Savebutton

。这样就在myquickstartproject中建立了新my_benzamide.xsd3D文献。第14页2.设置球棍模型为默认显示方式从菜单栏中选择Modify/DefaultAtomStyle

，打开DefaultAtomStyle对话框。在DisplayStyle中选择Ballandstick

。单击Closebutton

关闭DefaultAtomStyle对话框。这样在本project中，默认显示方式被设置为ballandstick。第15页此时按下ALTkey，单击鼠标左键，则出现一种具有withresonantbonds芳香环(aromaticring)。

在绘图工具栏(Sketchtoolbar)上单击SketchRing按钮，松开，然后鼠标移动到3D文档中。这时鼠标看起来象一只铅笔，其右侧数字表达将要绘制环上原子数(能够在键盘上按下数字键3-8来变化环大小）。这里键入6，在3DViewer上单击左键，则出现一种六边形碳环。Sketchtoolbar3.绘制分子环和原子链第16页SketchAtom按钮能够画任意元素原子，默认画碳原子。下面要将双碳原子侧链接到环上。在绘图工具栏(Sketchtoolbar)上单击SketchAtom按钮，松开，然后鼠标移动到环3D文档中，这时鼠标看起来象一只“铅笔”。将“铅笔”移到环一种碳原子上，这个碳原子变蓝。左键单击此碳原子，将键连接到该原子上。移动“铅笔”并在3D合适位置单击左键，设置另一种碳原子。键自动加在此碳原子与环之间。将“铅笔”移到另一位置，双击左键，又画出一种碳原子。这样就作出了连到碳环上一种双碳原子链。另一种终止链延续办法：在3D某一合适位置单击左键，画出最后一种碳原子，然后按一下键盘上ESC键即可。化学键自动加在新画碳原子之间。注意，对错误操作，可用工具栏上Undo按钮取消。第17页4.绘制氧原子单击，则激活。在其下拉选项中，选择Oxygen。将鼠标移到侧链第一种碳原子上，这个碳原子变蓝。左键单击此碳原子，将键连接到该原子上。移动鼠标并在3D合适位置双击左键，这样设置了一种氧原子，终止了链延续。

在3DViewer工具栏上，单击3DViewerSelectionMode按钮

。

假如3DViewer工具栏没有出现，在View/Toolbars中选3DViewer即可。目前处于原子和键选择模式(selectionmode)。

第18页5.编辑原子类型

左键单击侧链终端碳原子，选中后此碳原子变为黄色，Sketch工具栏中ModifyElement按钮被激活。

一般选中某个原子后，在Modify菜单下ModifyElement中选择Oxygen或其他原子来变化原子类型。NC

点击ModifyElement按钮

右侧箭头，在下拉选项中选择Nitrogen，则碳原子变为氮原子。在3DViewer任意位置点击左键，取消原子选择。第19页

总之，首先选择两个原子之间键，然后在Sketch工具栏上ModifyBondType按钮来变化键类型，同样选项也能够在Modify菜单下ModifyBondType中找到。假如要选择多种原子或键，请按下Shift后再进行选择。如要取消选择，请在构造外单击鼠标左键。*在3DViewer构造外任意处单击左键，取消选择。6.编辑键类型*按住SHIFTkey，交替单击环上三个键。如图，这样就选中了四个键：3个C-Cbonds和一种C-Obond。*点击ModifyBondType按钮

右侧三角，在下拉选项中选择DoubleBond。四个选中键都成了双键。*在3DViewer上，单击C-Obond，键变成黄色，表白已经选中。ModifyBondType按钮同步激活。第20页7.调整氢原子并进行整顿这样调整过几何构造中，分子键、键角和扭转角都会变得具有化学合理性。能够通过程序自动加氢而不需要单独为每个原子加上合适氢原子。*在Sketch工具栏上，单击AutoHydrogen按钮，为结构加入适当数目氢原子。*按下Sketch工具栏上Clean按钮，修正分子几何构造。第21页8.将分子凯库勒式转化为共轭构造*单击Calculate按钮。则苯基环成键显示为resonantbondingrepresentation。*单击关闭按钮，关闭BondCalculation对话框。MaterialsStudio

BondCalculation工具很方便地进行Kekulé和resonant两种bondingrepresentation之间转换(在共轭构造和凯库勒式之间进行转化)。*选择Build/Bonds，打开BondCalculation对话框。*在BondingScheme栏中选项部分，确定Convertrepresentationto被选中，并在右侧下拉菜单中选择Resonant(默以为Kekule构造)。*选择Edit|UndoCalculateBonds或单击Undo按钮，苯基环成键恢复为Kekulé表达。resonantKekulé第22页说明：*Kekulé构造为早期对苯环成键结识，但不便构造拓扑。Resonant构造表达了成键电子离域，是人们对苯环构造更实际结识。*能够用Undo按钮右侧箭头进行多步恢复。作业1：指出哪门课讲到Kekulé构造？哪门课讲到Resonant构造？第23页9.监控和调整原子间距离Measure/Changetool

在MSStudio中，能够使用绘图工具栏(Sketchtoolbar)中Measure/Change工具，对任意构造中原子间距、键角和扭转角进行监控和调整。*移动鼠标到O原子上，O原子变蓝后，单击鼠标左键，O原子上出现十字叉丝。*移动鼠标到与O原子相连C原子上，C原子变蓝后，单击鼠标左键，这时这两个原子之间距离会显示出来，数值为红色，单位为Ångstroms。*点击Measure/Change右侧选择箭头，在下拉菜单中选中Distance。第24页*3DViewer图上，鼠标右侧有标识。原子间距离显示为红色。在分子外合适地方，按住鼠标左键，向上移动鼠标，则C-O伸长。长至0.999时停下。点击Clean按钮，键长由0.999变回0.511。对于成键原子(或者完全不有关原子)，能够通过在窗口中按住鼠标左键进行拖动来变化互相之间距离（第一种选中原子将会被固定）。角度和扭转角操作同上。拉伸*点击3DViewer上RotationMode，旋转分子模型，从不一样角度观测。注意，表达C－O原子间距数字已由红色变化为绿色－inactive，不能拉伸键长。第25页*能够用MaterialsStudio窗口左侧PropertiesExplorer看分子信息第26页

说明：完成份子建模后，就能够使用View|Explorers|PropertiesExplore来查看所构造分子信息了。

PropertiesExplore能够自动显示所选对象性质，包括原子、键、分子以及距离、角度和扭转角等。能够在对应条目上双击鼠标左键进行改动，变化后变化会出目前构造上。在benzamide分子上单击某个原子或键，选中(颜色变黄)，则PropertiesExplorer自动显示选中对象性质。能够对选中对象性质进行编辑。如单击C－O键，此键变黄色。在PropertiesExplorer中，双击BondType，打开EditBondType对话框。点击选择箭头，出现下拉菜单，在其中选择Double,然后点击OK按钮，则单键变为双键，这是正确。选择File/Save或单击工具栏上Save按钮

，这样就在myquickstartproject中保存了my_benzamide.xsd3D文献。关闭3Dview。第27页四.观测并且处理研究表格文档目标：介绍MaterialsStudio中研究表格(studytables)概念。

模块：MaterialsVisualizer

前提：已建立一种project引言

Studytables是MaterialsStudio工作流中主要一部分，这些文档(.sdf)都会以电子数据表形式显示，包括了数学体现赋值和对已有化学数据控制。其中每一种单元格都能够包括字符串、3D分子模型和图表。这一部分告诉使用者如何打开studytable，输入分子构造，计算输入分子某些基本性质。内容

1.打开一种新研究表格文档

2.将分子模型输入到研究表格中

3.在研究表格中观测分子构造

4.从ProjectExplorer

中插入分子模型

5.研究表格支持其他文献格式

6.基本描述符计算

7.处理研究表格中数据第28页1.打开一种新研究表格文档从File菜单中选择New，单击New打开NewDocument对话框，选择StudyTable，单击OK按钮。或者在常规工具栏上选择New，甚至能够在Project对话框上单击右键选择New。出现新建studytable文献以电子数据表形式，显示在StudyTableViewer上。下面介绍如何在表中插入分子。第29页2.将分子模型输入到研究表格中

从Edit菜单中选择InsertFrom，单击InsertFrom，打开InsertIntoActiveDocument对话框。双击Structures，显示出不一样类型物质。在origanics上双击，打开有机物文献夹，按住shift，左键点击所有.msi文献，都选中。然后单击Insert按钮，将选中有机分子插入到studytable中。1.Edit/InsertFrom2.单击InsertFrom，双击Structures。3.双击origanics5.按住shift，左键点击所有.msi文献，全选。4.显示有机物第30页3.在研究表格中观测分子构造表格列A中包括了分子名称和3D构造文献图标，能够通过简单双击该图标观测分子构造。双击包括135benz单元格，出现135benz构造。双击第31页

能够操纵该3D构造，例如编辑、缩放、平移、旋转等。将苯环上一种H原子改为甲基。左键单击三个H原子中一种，颜色变黄，表达已选中。点击ModifyElement按钮选择箭头，下拉菜单中有不一样元素，选择C，这样苯环上H原子就变成了C原子。H原子就变成了C原子单击AdjustHydrogen按钮

，将3个H原子加到新C上；单击Clean按钮，初调构造。单击CommitEditToStudyTable按钮，然后用关闭StudyTableDetailView。第32页4.从ProjectExplorer中插入分子模型分子模型建好后，能够将其插入到研究表格中。如将前面作好my-benzamide分子插入研究表格，过程如下：在ProjectExplorer中单击研究表格，使其成为目前文档，然后在要插入my-benzamide文献名上单击右键，选择InsertInto。则建好分子构造插入到表格最后一行中。在研究表格中双击my-benzamide，则出现其3D构造。第33页6.基本描述符计算研究表格顶头一行，包括了列标A、B等单元格，被称为列头。第二行，包括了对该列内容描述，例如“Structure”，被称为列描述。当计算完多种模型性质之后，其值会出目前研究表格中。例如，在研究表格中双击，则出现my-benzamide3D构造。

然后在Model按钮右侧下拉选项中，单击QSARJob…，设置见右图，用本地机计算。5.研究表格支持其他文献格式研究表格也支持3D周期体系，如晶体和无定型晶胞构造；支持图表文献、轨迹文献(.xtd)文献输入，轨迹文献每一种桢都会放置到研究表格一行上。注意：研究表格不支持Mesoscale文献。第34页

然后在按钮右侧下拉选项中，单击Model。在出现对话框中，选择Output列ElementCount；按下Ctrl键，再选择Atomcount。注意：进行ElementCount计算时默认选项为计算分子中碳原子数量，要变化默认，可双击ElementCount条目，也可单击对话框右上角EditModel按钮，在弹出对话框中，打开Input部分，选择要计算元素；类似操作对于其他计算同样有效。这里选O原子。Save后，关闭此对话框。第35页

如图，排列激活次序。不然Run是灰色，处于非激活状态。单击Run按钮，几秒钟后出现任务完成信息，点击上面OK，再关闭对话框。132第36页

计算成果出目前D、E两列中，显示my-benzamide分子共有16个原子，其中1个是O原子。第37页

利用研究表格，能够同步计算A列中所有构造。选择列A（单击研究表格上A，整个列变成蓝色，表达被选中，任何时候都能够使用Esc键取消选择）。

在所有3D文献都被选中情况下，单击QSARModels工具栏Model按钮，在出现对话框中，选择Output列ElementCount；按下Ctrl键，再选择Atomcount。第38页双击ElementCount条目，也可单击对话框右上角EditModel按钮，在弹出对话框中，打开Input部分，选择C原子，恢复默认（进行ElementCount计算时默认选项为计算分子中碳原子数量）。Save后，关闭此对话框。单击Run按钮，几秒钟后出现任务完成信息，点击上面OK，再关闭对话框。第39页

计算成果出目前B、C两列中，分别显示各个分子中原子数和其中碳原子数。假如计算前B、C列已存在，则显示成果列顺延为D、E。第40页7.处理研究表格中数据左键单击B，选择列B。选择StudyTableViewer工具栏上FilterSelection按钮，则只有列B被显示，其他部分都被清除。此办法适合于表格内数据非常多情形，使用此办法能够清楚地看到所需要内容。此命令对于某行来说同样有效。第41页假如工具栏中没有，则用下面步骤显示StudyTableViewer工具条。第42页恢复filtering前StudyTable：

单击FilterSelection按钮右侧选择箭头，在下拉菜单中选择ShowAll，所有数据都恢复了。第43页

选中StudyTable表B列,单击SortAscending按钮，则数据按原子数上升方式排列。第44页

选中StudyTable表B列,单击QuickPlot按钮，则表中数据以图方式显示（.xcd文献）。这就是将有关性质对行数作图。第45页选中C列，如图，按右键，增加一列D。第46页

选中空D列,单击DefineFunction按钮，弹出DefineFunction对话框。在Expression文本框中，写入C/B。Name栏中，写入Ratio。在Description栏中，写入Fractionofcarbon。单击OK按钮。说明，这里是自定义函数，详细过程类似于微软Excel中函数功能。第47页D列是每个分子中C原子百分比。选择Window/CloseAll关闭窗口保存时选YestoAll。第48页五.处理分子晶体：尿素目标:介绍晶体建模工具

模块:MaterialsVisualizer

前提:已有一种project引言在工业制造过程某些阶段，医药、农药、色素、染料、专用化合物以及爆炸物等都是晶体材料。对这些材料进行模拟，能够扩展我们对它们结识，最后帮助我们控制其性质，例如溶解性、储藏期限、形态、生物药效率、颜色、抗震性、气压和密度等。在本练习中，我们将使用尿素作为一种简单例子进行分子晶体材料模拟。内容

1.打开分子晶体文档

2.计算氢键

3.调整晶胞显示范围

4.变化晶胞显示格调

5.检查urea晶体中氢键连接第49页1.打开分子晶体文档*File/Import，打开输入构造对话框。*Examples/Documents/3DModel/urea.msi，单击Import按钮，输入

urea晶体晶胞构造。*注意，文献由.msi改为.xsd。2765431第50页计算完成后，氢键以蓝色虚线显示。2.计算氢键*从菜单中选择Build/HydrogenBonds，该操作会打开氢键计算对话框。*注意，你能够使用不一样方案和键几何参数来计算氢键，能够产生并保存自己方案。*在这里，我们将使用默认设置，单击Calculate按钮。*注意，该计算也能够在AtomandBond工具栏上，使用CalculateHydrogenBond按钮来进行计算。*单击，关闭HydrogenBondCalculation对话框。1234作业2：什么是氢键？第51页3.调整晶胞显示范围在urea3Dviewer上单击右键，在快捷菜单中打开DisplayStyle对话框，点击Lattice栏，将Display部分沿X、Y、Z轴方向最大晶胞数（Max）改为2.0。那么目前我们就能够得到一种2x2x2尿素晶体了，更清楚地看到氢键。3

21第52页4.变化晶胞显示格调在Lattice栏中，选择None，关闭对话框，将清除晶胞边界限。第53页5.检查urea晶体中氢键连接*单击ResetView按钮，然后使用键盘上上、下、左、右键，按照45°为单位旋转晶胞，观测氢键网络。*也可在urea3Dviewer上按右键，或用连续旋转晶胞。*用关闭urea.xsd，按save保存。Upkey第54页六.构造

－石英晶体目标:介绍晶体建模工具

模块:MaterialsVisualizer

前提:已有一种project引言对无机晶体材料进行建模是一种主要领域，尤其是对于有关应用，例如多相催化剂设计（如沸石催化剂），在石油、天然气探测中矿物采样分析等。本教案通过构造

－石英晶体，介绍某些MaterialsStudio晶体建模功能。内容

1.建立

－石英晶体

2.加入硅原子和氧原子

3.对比

－石英晶体构造两种版本第55页1.建立

－石英晶体*File/New...

，在出现对话框中，选3DAtomistic

，然后单击OK

按钮，打开一种新3DViewer。*在ProjectExplorer中，新3DViewer是3DAtomistic.xsd。选中3DAtomistic.xsd，按右键，选择Rename

，键入my_quartz_alpha

，按ENTER完成命名。162354第56页*选择File/Save

，这样就在myquickstartproject中建立了一种名为my_quartz_alpha.xsd

3DAtomistic文档。*在新建my_quartz_alpha.xsd3D文档中，从Build

菜单选择Crystal下

BuildCrystal...，打开有关晶体模建对话框。在SpaceGroup

栏中，选择

EnterGroup，输入P3221，并且按下Tab

键进行确认。也能够从下拉菜单中选择该空间群；假如你懂得该空间群序号，也能够直接输入该序号。*在LatticeParamenters

栏中，在对应地方输入Alpha石英晶胞参数a和

c，a=4.910Å

，c=5.402Å

。注意，一旦选中了空间群，那么对应晶胞参数b,α,β,和γ就会根据群限制，被自动设定。*按下Build按钮，一种空晶胞就会出目前文档中，关闭对话框。第57页12345687910空晶胞第58页2.加入硅原子和氧原子

由于已经定义好了晶体对称性，只需要加入一种硅原子和一种氧原子，那么根据对称操作，会产生整个晶体对应原子。从Build菜单中选择AddAtom。此选项会打开AddAtom对话框，也能够在AtomandBond工具栏上单击AddAtoms按钮，打开AddAtom对话框。进入Options栏，确认Testforbondsasatomsarecreated被选中。当该选项被选中时候，MaterialsStudio会在晶体建造过程中，自动产生对应键。MaterialsStudio也有一种通用BondCalculation工具，能够从Build菜单中调用，该工具允许你选择、编辑并定义最佳成健方案。在本例中，默认值就已经足够了。仍然在Options栏中，确认CoordinatieSystem是Fractional。12打开AddAtom对话框第59页

进入到Atoms栏中，从Element下拉菜单中选择Si，并输入对应a、b、c数据。a=0.480781,b=0.480781,c=0.0。

Si原子和其对称原子加入到晶胞内。123465第60页

同样，我们能够加入氧原子。氧原子参数为a=0.150179，b=0.414589，c=0.116499。氧原子和其对称原子加入到晶胞内，程序会自动计算并加入有关键。3214321原子加入后检查晶体对称性，序号没变，正确。若原子分数坐标有误，对称性变化。第61页25431763.对比

－石英晶体构造两种版本

下面向比MaterialsStudio构造数据库中Alpha石英晶体和自构造Alpha石英晶体。按下列途径输入数据库中Alpha石英晶体，File/Import.../Examples/Documents/3DModel/quartz_alpha.msi，单击import按钮。ProjectExplorer中出现quartz_alpha.xsd文档。第62页*按住Ctrl键，选中所有O原子。在quartz_alpha.xsd3DViewer上单击右键，选中DisplayStyle，将O原子颜色改为*同样，按住Ctrl键，选中所有Si原子。在quartz_alpha.xsd3DViewer上单击右键，选中DisplayStyle，将Si原子颜色改为*从Windows菜单中选择TileVertically将两个构造横向平铺。转动方向，使二者取向尽也许相近，方便比较构造。由右图可见，晶胞外有O原子。*在my_quartz_alpha.xsd上打开DisplayStyle，在Lattice栏中，从Style下拉菜单中选择In-Cell，则晶胞外原子都会被清除，两个构造目前都以同一格式显示。注意：也能够使用Build菜单下CrystalRebuild命令来进行。第63页*MaterialsStudio提供了3DAtomisticCollectiondocuments，在这样文献中，能够显示几组原子或分子，组与组之间无作用。用于晶体与晶体之间、分子与分子之间构造比较。*File/New...打开NewDocument对话框，选中3DAtomisticCollection，单击OK按钮。第64页*在ProjectExplorer中，选中my_quartz_alpha.xsd，单击右键，选择InsertInto。则my_quartz_alpha.xsd构造出目前3DAtomisticCollection.xod中。对quartz_alpha.xsd反复此操作。这样my_quartz_alpha.xsd和quartz_alpha.xsd两个构造都出目前3DAtomisticCollection.xod中。*在3DAtomisticCollection.xod中，可用键盘上上、下、左、右键转动这个重合构造，从多种角度观测二者是否重合。由下列图可见，两个版本构造一致。第65页*同样，将my_quartz_alpha.xsd和TON.xsd两个构造都放在3DAtomisticCollection.xod中。由下列图能够看出，二者构造不重合。*保存文献File/SaveProject

关闭窗口Window/CloseAll第66页七.建造聚甲基丙烯酸甲酯目标:介绍聚合物建模工具

模块:MaterialsVisualizer

前提:已有一种project引言聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)是一种主要商业热塑性材料，在玻璃、上光等行业有主要应用。生产上一般使用过氧化物(或含氮前驱物），或者通过加热、光化学引发，通过甲基丙烯酸甲酯自由基聚合反应，合成聚甲基丙烯酸甲酯。在这个例子中，将使用MS聚合物建模工具来构造全同立构PMMA20个基体，进而进行构造和性质模拟和研究。注意MSModeling允许构造均聚物(homopolymers)、嵌段共聚物(blockcopolymers)、无规共聚物(randomcopolymers)和多分叉枝晶聚合物(dendrimers)。内容

1.构造全同立构PMMA

2.

选择并且标识一种单独反复单元

3.

研究构造第67页1.构造全同立构PMMA*选择Build菜单中BuildPolymers下Homopolymer。均聚物对话框出现。*在Polymerize栏单击Library下拉菜单，找到acrylates。在RepeatUnit下拉菜单选择methyl_methacrylate，*目前检查Tacticity