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文档简介
复性(退火):变性后的两条单链缓慢的冷却,重新形成双链
成核作用:互补两条链中心部分的互补碱基对先连接起来,其余部分想拉拉链一样慢慢形成双链
超螺旋有正超螺旋和负超螺旋两种
解链温度(熔点Tm):是A260的升高达到极大值一半时的温度,即是变性温度范围的中点
单一顺序:也叫非重复顺序,有一次或几次拷贝,原核生物偶大量单一顺序且都编码。
重复顺序:短片段的重复顺序有三种:正向重复(顺向重复),反向重复,回文顺序。
基因组:原核生物中指遗传物质的总量
核型:真核细胞中全套染色体,具种的特异性
C值:在原核细胞或染色体中DNA的量,真核细胞中单倍体DNA的量
基因簇:由一组相同或相关的基因排列在一起
基因家族:由一个祖先基因经过重复和变异产生的一组同源基因
假基因:指在基因家族中因突变而失去功能的基因,不能编码有生物活性的蛋白
间隔序列:基因间不能编码的部分(有转录间隔区和不转录间隔区)
间插序列:基因内部不编码的序列,即内含子
C值矛盾:C值和生物结构或组成的复杂性不一致的现象
DNA复制:亲代双链DNA分子在DNA聚合酶的作用下,分别以各单链为模板,聚合与自身碱基可以互补配对的游离的
dNTP,合成出两条与亲代DNA分子完全相同的子代DNA分子的过程。
DNA的半保留复制:复制过程中以双螺旋DNA的其中一条链为模板合成其互补链,新生的互补链与母链构成子代DNA
分子C
快停突变:把细菌培养温度提高12〜15℃复制迅速停止,快停突变涉及的产物和链的延伸有关。
慢停突变:将细菌培养温度提高,DNA合成并不立即停下来,延续一段时间后才会停止,慢停突变表明突变的基因和复制
起始有关。
DNA拓扑异构酶:是可以切断DNA链又能重新连接DNA的一种酶
半不连续复制:任何一种DNA聚合酶合成方向都是从S向3,方向延伸,而DNA模板链是反向平行的双链,这样在一条链
上,DNA合成方向和复制移动方向相同(前导链),而在另一条模板上却是相反的(后滞链),后滞链上的复制为半不连续
复制。
复制体:由解旋酹、引发酹和DNAPolIII全能组成的复合体.
回环模型;DNA合成时,沿着复制叉的承动。后随链模板形成了一个回环,使环中RN八引物和冈崎片段的合成方向与前
导链一致,以适应双链在同一生制体上进行复制。
起始地带:DNA开始合成的位置,一个初起始点(或双向复制起点一大多数起点是双向的)两侧都有一些二级起点,初起
始点通常是O.5-2kb长,而二级起点可以跨越5Okb,因此称为起始地带<
转录:以DNA为模板合成RNA的过程
复制子(复制单位或复制元):DNA中含有一定复制起点和复制终点的复制单位。
反义链:将作为转录模板的DNA单链称为模板链或反义链,非模板链称为有义链
转录后的加工:指各种前体得RNA分子加工成成熟的RNA分子
编辑(editing):是指转录后的RNA在编码区发生碱基的加入,丢失或转换等现象。
核能:是指本质为RNA或以RNA为主含有蛋白质辅基的一类具有催化功能的物质。
染色体带型:①G带:Giemsa染色,A、T丰富②C带:异染区③Q带:芥子奎叫因染色,在G带产生另外的荧光带,不
能长期保留④N带⑤R带:与G带相反的带
质粒类型:①抗性质粒(R)②致育因子(F)③Col质粒:含编码大肠杆菌素基因④降解质粒:这种质粒编码•种特殊蛋
白,可使宿主细胞代谢特殊分子如甲苯或水杨酸⑤侵入性质粒,如根癌衣杆菌的Ti质粒
DNA变性对片段的要求:(1)互补序列的碰撞和排列(2)碱基的正确配对和氢键的形成
DNA双螺旋的结构特征:1、DNA分子是由两条反向平行的多核甘酸链组成,形成右手双螺旋。2、双螺旋的直径是2nm,
螺距为3.4nm,上下相连碱基的垂直距离为0.34nm,交角为36°。3、两条链反向平行,即两条链的5'和3'的方向相
反。4、糖-磷酸键是在双螺旋的外侧,碱基对与轴线垂直。5、糖与附着在糖上的碱基近似垂直。6、藏基配对时必须是一
个是喋吟一个是啥呢。7、DNA双螺旋有大沟和小沟的存在
DNA二级结构的稳定因素:1、碱基对间的氢键2、碱基堆积力a疏水作用b范德华力c磷酸基团的负电荷斥力
Z-DNA的结构特点:1、磷酸骨架呈之字形走向2、左旋3、分子外形呈波形4、大沟消失,小沟小而深5、每个螺旋有12bp
导致DNA变性的因素:高温、酸、碱、变性剂(如尿素、甲酰胺、甲酸等)
DNA变性后无力性质发生的变化:1、流为力学性质发生变化:粘度下降而沉降速度.上升2、提高了对紫外线的吸收能力,
次称为增色效应
影响复性反映因素:DNA片段大小、DNA浓度、DNA的复杂性、温度(最佳温度一般比Tm低25度)、盐的浓度
复性的检测:(【)、减色效应,检测光密度,即OD值,单链->双链,OD260值减少30%(2)、羟基磷灰石柱层析
超螺旋的两种存在状态:1、自由状态的超螺旋,可在环内传递张力2、超螺旋受束缚,不能传递张力
重叠基因只存在于原核细胞中,真核细胞中是断裂基因
质粒特点:1、环状DNA分子2、带有一些基因(抗生素抗性基因)3、具有复制起始区4、可以整合到宿主的染色体中,
和细菌染色体同步复制
重复序列:短片段:正向重复、反向重复、回文序列
轻度重复序列:在基因组中含有2-10个拷贝,例如酵母的tRNA基因、人和小鼠的球蛋白基因
中度重复序列:长约300bp,基因组中约有10-几千拷贝,AIu家族、L1家族
高度重复序列:1、卫星DNA,一般比主带轻,GC含量<30%2、隐蔽卫星DNA也叫自私DNA或伊甸园DNA3、
小卫星(同向重复序列可变数/DNA指纹):有高度的个体特异性
着丝粒的功能区组成:1、中部的元件(II),由80-90bp组成,A.T含量高>90%2、左侧的元件(I),含有PuTCACPuTC
顺序3、右侧的元件(III)是由26bp组成的保守区,也是AT丰富区
端粒的共同特点:I、都含有一系列断的正向重复序列2、缺口平移
端粒的功能:I、保持染色体的稳定2、使线件DNA顺利复制3、影响染色体的行为4、可能捽制犯胞的寿命5、遗传
信息的复制和表达6、与核骨架的组成有关
核型分析的意义:1、染色体的大小、形态和带型的资料可以用来分析与先天异常和功能紊乱有关的染色体畸变2、正常的
动植物核型还可以作为研究分类学和系统学的重要依据
内含子的结构特点:①内含子和外显子的分布②内含子的相对性
可编码的内含子:成熟酶,内切酶
DNA聚合醉的共同特点:1、需要提供合成模板2、不能起始新的DNA链,必须要有引物提供3'-OH3、合成的方向
都是5'-3'4、除聚合DNA外还有其他功能
DNA的六个结合位点:模板结合位点、引物结合位点、引物3,-OH结合位点、底物dNTP结合位点、5'~3'外切酶结
合位点、3'-5'校正位点
DNA聚合醒I的功能:I、5'-3'聚合功能2、3'-5'外切功能3、5'-3'外切活性:切口平移、链的置换、模
板转移4、内切酶活性
DNA聚合酶【II的结构特点:
DNA聚合酶III全酶在DNA上的装配分为三个阶段:①一个B二聚体加上一个丫复合体识别引物模板形成一种前起始复合
物。②DNA在于B,Y复合体结合的位点构象发生改变,而对核心酶产生了高亲和。使核心酶能与DNA结合。③丫二聚体
结合核心聚合陋,使其二聚化。
单链结合蛋白:又称为双螺旋去稳定蛋白,在原核中SSB与DNA结合表现出协同效应。①SSB之间的相互作川;②第一
个SSB和DNA的结合改变了DNA的结构。
DNA拓扑异构酶分类:I型拓扑异构酶II型拓扑异构酶
复制的起点、方向和终点研究方法:①用同位素标记电镜观察②用噬菌体插入标记法:同步培养;不同步培养③变性定
性法(denaturalionrruipping)④双向电泳法
不同生物复制起点和方向:①E.coli定点、双向对称复制。②T7在近■端的17%处开始,向两端延伸③枯草杆菌有固定的
起始点,双向不对称复制。④质粒R6K早期为单向复制,复制了约1/5时基因组进行双向复制。⑤质粒ColEl有固定起
始点,但却为单向复制⑥mtDNA进行D(displacedloop)环复制.⑦真核有多个复制起点(i),双向等速复制
E.coli复制起始区的结构特点是:①富含A—『这可能和双链易于解开起始复制有关;②含有多个回文结构(9一14个GATC)
8个GATC较保守CATC中的已甲基化;③具有4个重复顺序,作为蛋白结合位点;④此顺序的右恻毗邻区域有两个起
动子,其可能的作用是:a转录产生引物;b产生复制必要的蛋白;c产生调节功能的RNA:d起转录激活作用。
单链环状DNA的复制:滚环复制模型
滚环复制模型的特点:①共价延伸;②模板链和新合成的链分开;③不需RNA引物,在正链3,一OH上延④只有•个复制
叉;⑤形成多联体
DNA复制起始的过程:1、转录激活:在起始区双链必须打开一小段(主要是依赖RNA聚合酶在附近的转录作用),DnaA
蛋白会识双并结合在9bp重复序列上,在13bp重复序列上DNA解链2、形成预引发体:DnaB/DnaC结合成复合体,形
成复制义3、合成引物RNA4、DNA聚合的HI组装到RNA上形成复制体
DNA复制的终止:l.E.coli的复制终止(环状DNA复制终止):①现已发现有两个终止区域(terE.D,A和terF,C.B),位于相
遇点的另一侧100Kb处。每一终止顺序对某一方向移动的兔制叉来说是特异的。②ter顺序有一个23hp的区域,在体外可
以导致复制的终止,但其功能显示了一定的方向性③终止需要tus基因的产物Tus(36kD),Tus能识别ter保守顺序,并阻
止复制叉继续前进。@ter-Tus复合物可能通过抑制螺旋酶来实行终止
2.线性DNA的复制终止:①两个5'有空缺的分子通过3'端凸出的重复序列互补配对。②DNA多聚酶I从3'端延伸填
补起这个空缺,留下最后的裂隙由连接酶时闭,产生了一个大分子串联体。③由限制酶在连接处交错切割,产生3'凹端,
由DNA多聚版I在3'-OH上延伸填满新的空缺,产生两条完整的双链。
DNA复制过程的特征:1、DNA的聚合反应是以dNTP为底物,以带有引物的DNA为模板,按碱基互补配对的原则在3、OH
上加一个dNTP2、需要二价正离子如Mg2+,由引物提供的3,-OH作亲本进攻形成磷酸二酯键3、链沿5,到3,方向延
长4、碱基互补配对时,若错配则被先切除掉5、反应具有进行性,DNA聚合酶从DNA上解离下来前可催化多次反应。
DNA织制链的延伸:1、拓扑异构酶解链,单链结合蛋白(SSB)稳定单链2、后滞链首先形成引发体一引物一DNA聚合
酶HI在引物上加dNTP合成冈崎片段(l-2Kb)-DNA聚合酶I切除引物,填补缺口一连接酶封闭缺口3、前导链(延伸
方向与复制叉的移动方向一致)连续合成,后随链(延伸方向与复制叉的移动方向相反)合成较复杂
双螺旋复制是同时复制的:①每一个复制义含有特别大的多聚体III复合体,它是一个不对称的二聚体.可能同时催化两条
链.②在电镜下观察到双螺旋DNA聚合酶a也同样具有两个活件部位°
回环模型特点:①聚合能和引发体联系在一起可以协调它们的作用;②复制体中的DNAPolHI是二聚体:③后随链是形成
回环复制的。
真核生物DNA复制特点:①基因组中有多个复制起点②一般要等第一轮复制结束后第二轮才开始③真核的更制起点到两
边的复制终点称为一个复制子(replicon)或一个复制单位④真核和原核复制子的大小是非常相似的,但复制的速率真核
要比原核慢得多⑤真核的复制起始点的数目和复制单位的大小是随着细胞的特点变化而改变的,如不同的生长速率的细胞
和不同组织的细胞。⑥并非所有的复制子都同时进行DNA复制。而是有一定的起始时间顺序。不同类型的细胞复制起始
的顺序也不同。⑦在不同的发育时期,真核的复制起点和复制子的大小是会改变的,有些复制起点在有的发育阶段就不再
发挥作用⑧真核DNA复制时DNA聚合曲有五种(apy8e),原核只有三种。⑨真核细胞内DNA引物解和pola紧密
欧联,而在原核细胞内引发酶是和解旋酶偶联一起,形成复制体的一部分。
真核生物DNA复制与原核生物的对比:①真核和原核复:制子的大小是非常相似的,但及制的速率真核要比原核慢得多②
真核的复制起始点的数目和复制单位的大小是随着细胞的特点变化而改变的,如不同的生长速率的细胞和不同组织的细胞。
③并非所有的复制子都同时进行DNA复制。而是有一定的起始时间顺序。④不同类型的细胞复制起始的顺序也不同。在
不同的发育时期,真核的复制起点和复制子的大小是会改变的,有些复制起点在有的发育阶段就不再发挥作用。⑤真核DNA
复制时DNA聚合酶有五种(aBY6£),原核只有三种。⑥真核细胞内DNA引物酶和pola紧密欧联,而在原核细胞内
引发酶是在解旋睡偶联一起,形成复制体的一部分。
真核生物复制的终止:①首先是端粒酶与端粒DNA结合,端粒酶中的RNA与凸出的3'引物配对;②以RNA为模板,在
DNA3'端上从头合成DNA;③延伸六个Nt;④合成一个重复单位后,端粒酶向DNA模板新合成的3'移动,引物再和
模板配对,就这样循环往复,周而复始。最后延伸的3'端再回折,以G-G配对的方式形成发夹结构,产生端粒。
RNA合成的基本特点:①以核糖核注三磷酸(rNTR)为底物;②以DNA为模板;③按5'・3'方向合成;④无需引物的
存在能单独起始链的合成;⑤第一个引入的rNTP是以三磷酸形式存在;⑥在体内DNA双链中仅一条涟作为模板;⑦RNA
的序列和模板是互补的。⑧RNA聚合酶无校正能力。
RNA合成和DNA复制的区别:①转录时只有一条DNA链为模板,而复制时两条链都可作为模板;②DNA-RNA杂合双
链不稳定,RNA合成后释放,而DNA复制叉形成后一直打开,新链和母本链形成子链;③RNA合成不需引物,而DNA
复制需引物;④转录的底物是rNTP,复制的底物是dNTP;⑤聚合悔系不同
RNA聚合酶与DNA聚合酶的不同点:①RNApol没有任何校对功能②能起始新的RNA链。
RNA聚合酶的功能:①识别DNA双链上的启动子;②使DNA变性在启动子处解旋成单链;③通过阅读启动子序列,RNA
pol确定它自己的转录方向和模板链。④最后当它达到终止子时,通过识别停止转录。
启动子的结构和转录起始转录基序与启动子结合,启动转录起始,••般将DNA上的转录位点定位+1来排序,其下游为正
值,上有为负值。
原核生物不同基因启动子有共同特点:①结构典型,都含识别(R),结合(B)和起始(I)位点;②序列保守;③位置和距离都
比较恒定;④直接和多聚酶相结合;⑤常和操纵子相邻;⑥位于基因的5'端;⑦决定转录的启动和方向。⑧特殊操纵子
的R,B序列不同
启动子的两个保守序列:-10序列与-35序列
-10序列(A.T较丰富,易于解链)功能:①与RNApol紧密结合;②形成开放启动复合体;③使RNApol定向转录
-35序列功能:①为RNApol的识别位点c。亚基识别-35序列,为转录选择模板
②-35和-10序列的距离是稳定的,此与RNApol的结构有关。
转录的起始:①全酶与模板的DNA接触,生成非专一的,不稳定的复合物在模板上移动;②起始识别:全酶与一35序列结
合,产生封闭的酶-启动子二元复合物③全酶紧密地结合在序列处,模板DNA局部变性,形成开放的启动子二元复合
体;④酶移动到I,第一个rNTP转录开始,。因子释放,形成随-启动子“NTP三元复合体。
转录延伸过程:稳定延伸,突然跳动(尺蟆)
原核生物转录的终止:①强终止子一内部终止子②弱终止子一需要「因子,又称为P依赖性终止子。
强终止子的结构特点:①有回文结构存在;②茎的区域内富含G-C;③强终止子3,端上有6个U
弱终止子的终止机制:RNA聚合酶转录DNA,P因子附着到RNA识别位点,P因子跟在RNA聚合酶后沿RNA移动,
RNA聚合前在终止位点停下,并被P因子追上,在转录泡中P因子使DNA-RNA杂种双链解开,转录终止,释放出RNA
聚合酶、P因子和RNA。
真核生物的转录和原核转录的不同点:①原核只有一种RNA聚合酶,而真核细胞有三种聚合两;②启动子的结构特点不同,
直核有二种不同的启动子和有关的元件:③直核的转录有很多蛋白质因子的介入.
真核生物启动子U与原核生物的区别:①有多种元件:TATA框,GC框,CAAT框,OCT等;②结构不恒定;③它们的位
置、序列、距离和方向都不完全相同;④有的有远距离的调控元件存在,如增强子;⑤这些元件常常起到控制转录效率和
选择起始位点的作⑥不直接和RNApol结合;⑦需多种转录因子介入。
增强子的特点:①具有远距离效应。②无方向性。③顺式调节。④无物种和基因的特异性。⑤具有组织的特异性。⑥
有相位性。其作用和DNA的构象有关。⑦有的增强子可以对外部信号产生反应。
IRNA加工分为三个阶段:①“斩头”,形成5'末端;②去尾,形成3'-OH末端。③修饰:通过甲
基化酶,硫醉酶,假尿唯噬核昔化酶等进行修饰,如氨基酸臂的4-硫尿苗(4tu),D臂的2甲基鸟昔(2mG),T6C臂的
假尿口:(*)和反密码子环上的2异戊腺苜(2ipA)
rRNA的加工;内切酶与外切酶共同作用<
真核IRNA的基因和原核不同:①真核的前体分子tRNA是单顺反子,但成簇排列,基因间有间隔区:②真核tRNA基因
一般都比原核(RNA基因多得多,如酵母约有400个tRNA基因;③5'端单磷酸核甘酸,表明已被加工过;④IRNA的前
体分子中含有内含子
酵母tRNA的加工主要分成两个步躲:切除内含子、连接外显子
真核tRNA内含子切除的特点:(1)没有交界序列,也没有内部引导序列:2)剪切反应的信号是二级结构,而不是一级结构;
(3)是依赖于蛋白质性的RNase,而不是核糖拟睡或snRNP;
(4)反应的本质不是转酯反应
真核mRNA的前体的加工一般要经过五个阶段:(1)5'加帽;(2)3'加尾;(3)切除内含子;(4)修饰:对某些碱
基进行甲基化。(5)某些前体分子还要进行编辑。
帽子结构的功能:(1)有助于mRNA越过核膜,进入胞质;(2)保护5'不被酶降解:(3)翻译时供IFIH(起始因子)和核糖
体识别
II类内含子的结构特点:(1)边界序列为5'IGUGCG……YnAGI;(2)有6个茎环结构:有分支点顺序(branch-point
seguence)
II类内含子的剪接机制:1、无需鸟昔的辅助,但需镁离子的存在。2、分枝点A的2'-OH对5'端交界处的磷酸二酯键
发动亲核进攻,产生了套索(lariat)结构(图13-31);3、切下的外显子1其3'-OH继续对内含子3'端的交界序列进行
亲核进攻,同时释放出套索状的内含子。
hnRNA的结构的特点:①5'端有帽结构;②3'端有poly(A)尾巴;③帽结构后有3个寡聚U区,每个长约30nt;④有
里复序列,位于琼聚U区后面;⑤有茎坏结构,可能分布于编码区(非里复序列)的两侧:⑥非重复序列中有内含子区
核酶与传统酶的区别:(1)•般的酶是纯的蛋白质,而核酶是RNA或带有蛋白的RNA:
(2)
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